突破了火船的陣列的五艘驅逐艦己經來不及組成縱隊，只能各自為戰，分別殺入到清軍的主力船隊的陣列中。
驅逐艦的噸位大約在六百到七百噸之間，一般都是二層甲板，裝配的火炮約有四十到六十門左右，其中重炮為六到八門。無論是噸位還是火力都比巡洋艦差一個等級，但操作更為靈活。
其實清軍的戰船中，三四百噸級的戰船也有十餘艘，論噸位和這幾艘驅逐艦的差距並算不太大，但雙方裝配的火炮數量可就差得遠了，可以說清軍所有戰船的火炮數量相加，也沒有這五艘驅逐艦裝配的多。因此在五艘驅逐艦同時殺入清軍的船陣中，左右船舷的火炮一齊開火轟擊，立刻就將清軍的主力船陣給攪亂了。
在火船戰術失敗以後，清軍現在唯一的辦法就是依靠船的優勢，靠近商家軍的戰船，實行蹬船作戰。由於驅逐艦在噸位上的優勢並不大，因此在清軍的這種圍攻戰術下，有兩艘船分別都被六七艘清軍的戰船纏住，動彈不得。但商家軍戰船上計程車兵們都裝配了步槍手榴彈，還有管風琴槍，而且就是在船上進行白刃作戰，淸兵也沒有任何的優拷，因此清軍想要殺上商家軍的戰船，可沒那麼容易。雙方就在戰船上展開了激烈的爭奪。
不過這個時候，第一分艦隊的第二梯隊也趕到了戰場，他們穿越火船陣列的時侯，僅僅只損失了兩艘護衛艦，一共有十五艘戰船趕了過來，其中還有兩艘噸位超過八百噸，火力兇猛的巡洋艦，他們加入了戰鬥之後，立刻改變了戰場的局面，清軍的戰船被一艘艘的擊沉，勝利已經開始轉向商家軍這一邊來。
其實清軍唯一依靠的就是火船，其他用商船貨船改造的戰船根本不可能是商家軍這樣專業戰船的對手，因此一但火船戰失效了，失敗也就是遲早的事情。
結果在第二梯隊加入戰鬥之後，清軍很快就招架不住，紛紛敗退。而商家軍又乘勝追擊，俘虜了清軍二十餘艘戰船，終於獲得了全面的勝利。
這一戰最後的結果是清軍一共損失各種戰船二百五十七艘，損失兵力達一千一百多人，逃回龍山船廠的戰船不足五十艘，而商家軍的長江艦隊僅僅只損失了四艘驅逐艦，三艘護衛艦，戰死一百六十七人，另外還俘虜了二十二艘戰船，俘虜清兵四百零七人。
因此在這一戰之後，長江艦隊不僅僅是報了上一次敗陣的一箭之仇，而且重創了清軍的水師，重新奪回長江水道的控制權。更為重要的是，長江艦隊己經找到了對付火船戰術的辦法，就算清軍的水師還能再湊出一支艦隊來，也己經沒有辦法再製約住長江艦隊了。
這時在南京周邊的地區中，商家軍和淸軍正在寧國府、鎮江兩地將持不下，而水戰獲勝以後，長江艦隊立刻乘勝進軍，一直殺到南京附近的江面上，第一、三分艦隊炮轟南京的金川門，而第二分艦隊帶著增援湖北的彈藥物資，逆江而上，向湖北駛進。
而在南京的多鐸得知水師慘敗，商家軍的戰艦一直開到南京附近的江面上，炮轟金川門，也不禁大為震驚，還以為這一次商家軍是要全力進攻長江了。因為這時淸軍在南京城內的守軍不足三萬，根本防不住南京漫長的城牆，如果商家軍派出一支部隊在南京附近登陸，攻入南京城裡來，也不是不可能的。
雖然這並不意味著南京就一定失守了，但如果讓商家軍在南京城裡站穩腳跟，再想把他們趕出去，可就不那麼容易了。多鐸可是知道，在阿濟格攻取南京的時候，商家軍以不足三萬的兵力，守在南京城裡，和近十萬清軍對抗了近一個月的時間。因此多鐸可是說什麼也不敢讓商家軍殺入南京城裡來。
於是多鐸也做出了商毅最希望他做出的選擇，下令命鰲拜率部渡江，進駐南京駐守。
而就在鰲拜部從廬州重新開拔之後，這一次作戰的目地也達到了，於是商毅也下令成進、楊武丞收兵回浙江，暫時駐紮。等待最後的時機。
不過就在這時，福建又傳來了最新的訊息：隆武帝朱聿鍵被清軍抓獲。
原來朱聿鍵一行離開福州以後，沿海邊北進，趕往福寧州。這時清軍的兵鋒己經到達離福州不足四十里的竹琦鎮。但甴於鄭芝龍將所有軍隊幾乎全都帶來，因此朱聿鍵等一行對清軍實際已經接近了自己，還一點都沒有查覺到。