而這時朱聿鍵身邊只有鄭成功留給他的不到五百名士兵保護，而在這樣的情況下，朱聿鍵還帶了大批書籍和宗室、內待、宮人、隨駕官員一起出發，根本沒有輕裝前進。結果一行人走得極慢，走了一天才到達羅源縣，連福州府境內都沒有走出去。
就在朱聿鍵剛離開福州不到兩個時辰，覺羅巴哈納就率軍攻入了福州，從投降的官員那裡得知朱聿鍵己經北逃，準備進入浙江去投奔商毅。覺羅巴哈納當然不知道，商毅根本就沒打算接納朱聿鍵，再他看來，現在商毅本來就己經很難對付了，如果讓朱聿鍵逃進浙江，讓商毅獲得了擁立皇帝的正統名議，說不定就能以此號招整個南方，共同來抵抗清軍。因此說什麼也不能讓朱聿鍵進入浙江。
於是覺羅巴哈納也連夜派人飛報駐守在邵武府的尚可喜，讓他立刻出兵攻佔建寧、政和等地，封鎖住從福建通向浙江的各條道路。而自已也帶領著人馬，從福州出擊，追擊朱聿鍵一行。
而朱聿鍵尚不知大難就在眼前，當夜就在羅源縣休息，因為隨行攜帶的東西太多，因此朱聿鍵在晚上招見羅源知縣吳德操，讓他招集民役千名，馬驢牲口二百匹聽用。但這時羅源縣的百姓聽說清軍殺到福州府，早就嚇待四處逃竄，誰還願意給朱聿鍵當民役，而馬驢牲口更是一匹都找不著，結果到了第二天，吳徳操也只能兩手空空來見朱聿鍵交差。
朱聿鍵自然不高興，正要申訴吳徳操幾句，就在這旪，隨行的忠誠伯周之藩來報，清軍己經追來了，離羅源縣已不足十里。朱聿鍵聞迅之後，也不由大驚失色，也顧不得再責備吳徳操，趕忙帶著曾皇后、沈嬪、陳嬪，在大學士何吾騶、忠誠伯周之藩、給事中熊偉、錦衣衛陸昆亨等人的保護下，出城向北狂奔。其他的隨行官員、士兵、內待等等也都作鳥獸散了。
何吾騶十分滑頭，估計跟著朱聿鍵一起沒有好結果了，因此假裝墜馬垂死，然後在山林裡躲了幾天，從小道逃脫，返回自己的原籍廣東。而朱聿鍵一行慌不驛路，逃進了霍童山裡，結果朦頭轉向，分不出方向來。
而在一天之後，覺羅巴哈納率領大軍趕到，分兵搜山，在一處山凹中發現了朱聿鍵一行，結果朱聿鍵、曾皇后、沈嬪、陳嬪都被清軍抓獲，周之藩、熊偉力戰而亡，只有陸昆亨殺出了重圍，僥倖逃脫。
雖然這時鄭成功終於在泉州府一帶招集到一批人馬，並且找到十幾艘大船，沿著閩江溯江而上，想到解救朱聿鍵，可惜遭遇到清軍的大軍，被一戰擊敗，只好退回到安平城。
覺羅巴哈納帶著抓住朱聿鍵一行返回福州時，勒克徳渾、洪承疇也都到達福州，同時在福建被抓的明朝宗氏還有陽曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演漢、西城王朱通簡等人，在幾天以後，都被勒克徳渾下令，就在福州一同處斬。
南明的隆武朝廷，也被清軍滅亡。
隨後清軍乘機進軍，又連續佔領福寧州、汀州府、興化州、漳州府等地，整個福建省只剩泉州府一地還未被清軍佔領了。
福建省雖然不能和浙江、廣東這些地方相比，也算是中國比較畗裕的地區，由其是福州，也是中國古代主要的對外貿易港口之一，加上鄭芝龍在這裡經營了多年，因此雲集了不少商人，富豪之家。而且這時朱聿鍵也已被抓，鄭芝龍又有投降之意，整個福建也算是大局己定，於是勒克德渾也下令在福建搜刮財物、糧食、物資供南京所用。
於是清軍立刻在福建省境內燒殺搶掠，無惡不做，無所不為，一開始還是在州府縣城裡面，但很快就發展到鎮鄉村落之中，只要是稍反抗，動輒就將全村、全鄉的人都殺光。不少地方都被清軍屠殺殆盡了。
在短短几天的時間裡，清軍也立刻掠奪到了鉅額的財富。雖然洪承疇也知道，這樣的掠奪方式無異於飲鴆止渴，但一來這是清軍的傳統，二來南京的財政確實十分緊張，就連北京都盯著南方，因此也就默然不語。
而就在這時，鄭芝龍寫信給洪承疇，大臺老少牢騷，認為自己將軍隊都撤出險要，讓清軍得以順利進軍福建、並擒殺了朱聿鍵，己經表現出了足夠的誠意，而清軍現在還對自己步步緊逼，做得實在太過份了。