長江艦隊是在七月八日從通州的基地出擊,在江陰、靖江等地匯合聚集，然後分成三隊，逆江而上，向南京方向駛進。同時成進、楊武丞兩路人馬也分別向鎮江、寧國府逼近。
坐鎮南京的多鐸也收到了尚善發回來的告急，在得知清軍在湖北戰區慘敗，就連黃州都岌岌可危，多鐸也覺得大為震驚，但這時南京一帶的守備兵力己不足十萬，根本派不出援軍。
幸好就在這時鰲拜率領第二批援軍南下，多鐸也立刻下令鰲拜部在廬州、舒城、六安州一帶駐紮，準備進入湖北戰場，再一次對湖北地區的商家軍發動進攻。多鐸也估計到，商家軍雖然擊敗了清軍的第三次進剿，但自身也不可能一點損失都沒有，同時兵力也一定疲憊，如果這時鰲拜部加入湖北戰場之後，立刻對商家軍再次發動進攻，取勝的機會還是很大的。
但就在這時，浙江的商家軍也又一次向南京發動了進攻。因此多鐸也不敢大意，只好先命鰲拜在廬州駐紮，靜觀其變。如果南京能夠抵抗得住商家軍的進攻，那麼鰲拜就仍然率軍進入湖北地區作戰，如果南京危急，就立刻調鰲拜渡江，増援南京。
同時他也立刻調兵遣將，命鑲藍旗固山額真屯齊率領三萬人馬，駐守寧國府，命貝孑滿達海，率兩萬人馬，駐守鎮江，同時也命水軍出擊，迎戰商家軍。
自從上一次水戰取勝之後，清軍也認識到火船進攻戰術確實是十分有效的一招，雖然在上一戰中，清軍自己也燒掉了二百多艘船，實際損失的戰船數量比商家軍還多，但仍然還是按這個思路備戰，因此從湖廣調來近大量的船隻，又湊齊了二百多艘船隻，還是按三艘一組,用鐵鎖連起,組成了七十多組火船。只是由於火船屬於一次性用品，清軍不敢輕易出擊，只能等著商家軍主動進攻過來。
因為這時洪承疇正在江西督戰，因此這次水戰也由水軍提督劉夢蛟親自指揮。不過在上一戰中清軍是如何取勝的，劉夢蛟跟洪承疇在一條船上坐鎮指揮，可是看得清清楚楚，回到南京之後，劉夢蛟也把這一戰的經也反覆思考研究，做到心裡有底。這一次出戰，劉夢蛟也自信可以再把商家軍的水軍燒一個落花流水。
清軍依然還是以火船為先驅，每二十組火船一排，在江面上橫向展開，一共排了三排，最後才是清軍的八十餘艘主力戰船。
但等劉夢蛟看到商家軍的戰船時，也不禁有點傻了眼，因為商家軍一共只出動八艘戰船，排成了兩條縱隊，逆江而上，向清軍的陣列衝殺了過來。而在遠遠的數里之外，隱隱約約還可以看到無數的帆蓬正在起伏晃動。
“商家軍怎麼就派出這麼幾條船來了呢。”
現在讓劉夢蛟感覺到左右為難的是，自己到底該不該放火船呢。如果放出火船，眼前可就只有這麼八艘船，其他的大隊戰船都在數里之外，就箅火船可以順著江遊飄，但等漂到商家軍的大隊戰船那裡，估計自己也先燒得差不多了，用二百多艘火船去燒這八艘船，值得嗎。
但如果不放火船，對方可馬上就要殺到自己的陣前了，自己怎麼應戰呢。雖然商家軍只來了八條船，但劉夢蛟可是一點也不敢掉以輕心啊，因為他可是記得十分清楚，在上一戰中，商家軍就是一艘戰船，競然就硬從清軍的一百多艘戰船的陣列中殺入，擊沉擊傷清軍的戰船達近三十艘，然後又平安的殺出重圍，順利返航，現在想起來，劉夢蛟都覺得有些不可思意。
雖然這八艘船比上一次突入清軍船隊的那艘戰船要小一些，但如果讓這八艘船都殺入自己陣中，將會是一個什麼樣的後果，劉夢蛟真的都不敢再想下去了。
但究竟放不放火船迎戰呢。這可真是一個難以選擇的問題。這個時候劉夢蛟也不禁有氣，商家軍打仗，怎麼就不按套路來呢。明明有那麼多戰船，為什麼就只派出八艘船出戰呢。這不是為難人嗎。
事實上這就是黃震和長江艦隊的各分艦隊指揮官想出的應對火船的戰術之一，因為火船一但燒起來，必須是成片成排，只有這樣才能夠形成規模，讓敵人難以躲避，因此黃震首先只派出八艘逐驅艦，由第一分艦隊的指揮官何濱親自指揮，做為第一批進攻戰船，看清軍怎麼辦。如果清軍放火船，商家軍最多也就是損失這八艘戰艦，主力仍在，等火船都燒光之後，再出動主力船隊與清軍決站。
當然這第一批的八艘戰船都需耍冒很大的風險，為了方便穿透火船的陣列，全部都是使用的操縱更加靈治的逐驅艦，第一分艦隊的兩艘巡洋艦，都被放在第二梯隊中。
如果清軍不放火船，那麼這八艘戰艦就直接殺入清軍隊中，和清軍展開混戰，主力船隊再隨後跟上，讓清軍根本就沒有施放火船的機會。
果然這一招使出之後，馬上就讓清軍手足無措，不知道該如何應對。