鄭鴻魁所部水師，由於要進入長江作戰，故船隻相對要小，戰船基本上是二號福船為主。
二號福船體形底尖上闊，船首昂起張開，尾部高聳，吃水約一丈有餘, 艦首備紅夷炮一門、千斤佛郎機六門、碗口銃三門，迅雷炮約二十門，還有噴筒六十個，嚕密銃十支，弩箭五百支，火藥機弩約十餘張, 火箭三百餘支, 火磚一百餘塊, 及其他刀槍劍戟千餘。
二號福船，鄭鴻魁手中約有百艘，其餘海滄船、草撇船以及蒼山船等小型戰艦以及連環船差不多有一百五十艘，運兵沙船五十七艘。
這樣的艦隊規模，在長江上已經算是無敵的存在了，鄭鴻魁在收到靖北軍主力渡江的訊息後，知道自己再呆在南都已經沒有任何意義了，這個時候最佳的選擇就是撤離八卦洲，順江東下返回福建，要不然補給一斷，那豈不是要餓著肚子退回去。
七月五日，八卦洲鄭軍水師拔錨啟航，在次日匯合了司業洲留守施琅後，旋即向崇明島，長江入海口方向撤離，鄭鴻魁的算盤打的很精，他就是想依靠已方水師的速度優勢, 趁靖北軍陸師尚未攻取蘇松的時機，在崇明島獲的相當的糧秣和淡水補充。
七月十三日, 鄭軍水師在經過江陰和蘇州河後終於抵達位於長江入海口處的崇明島。
熟料，崇明知縣徐鼎以及因靖北軍南下，逃奔崇明的淮河鎮總兵張士儀、淮海鎮總兵張鵬翼以及崇明副將施鴻仕等此前對鄭鴻魁極盡奉承的南明官吏，居然對上島索取糧秣的鄭軍閉門不納，而且扣押了鄭軍使者。
“徐鼎這是想死嗎？施琅、楊秋你二人速點陸師上島，將徐鼎等人的人頭給本將取來。”
鄭鴻魁聞報大怒，鄭家縱橫東南沿海十餘年，各地督撫哪個不賣鄭家幾分面子，現在一個小小的知縣居然敢抗拒已方大軍，當真是活膩味了。
“鄭帥，崇明縣城雖然不甚堅固，然張士儀等人手中猶有兵馬三千餘，為防有變，咱們還是要拆卸部分紅夷大炮，要不然恐怕一時半會拿不下縣城。”
施琅字尊侯，號琢公，福建省泉州府晉江縣人，早年一直跟隨鄭芝龍行商，精通水戰，在南洋不光和葡萄牙人和荷蘭人交過手，而且和明朝福建水師也打過好些仗，在他看來，崇明縣城雖然是土城，但鄭軍不善於陸戰，若是沒有火炮配合，根本沒可能拿下崇明城。
鄭鴻魁點頭道：“施將軍說的有理，這樣，爾從船上拆卸二十門重炮，今日務必攻破崇明，本將要讓徐鼎那老小子知道，我鄭家不可輕辱。”
“鄭帥，徐鼎前恭後倨，一反常態，是不是有所倚仗，末將以為咱們不得不防啊。”
楊秋是福建安平人，和鄭芝龍乃是同鄉，素有謀略，他雖然對鄭軍拿下崇明城沒有懷疑，可徐鼎等人一反常態的行為卻令他生出了疑惑。
鄭鴻魁笑道：“楊兄弟多慮了，據本帥估計，徐鼎和張士儀等人是看到北軍飲馬長江，生出了首鼠兩端的心思，崇明江面開闊，緊臨大海，誰敢來捋我軍水師的虎鬚。”
“是呀，咱們陸戰雖然不是北軍的對手，論海戰，就是北軍水師抵達長江口，咱們打他們還不跟玩一樣嗎？”
施琅哈哈大笑，鄭家水師可不是吹出來的，而是在南洋和弗朗機人實實在在交過手的，強如弗朗機和荷蘭水師，都在鄭家水師面前折戟沉沙，就算北軍水師抵達，他也有足夠的信心一戰而勝。
“那，施將軍，咱們還是快些行動吧，遲則生變。”