三百年來養士朝，
如何文武盡皆逃。
綱常留在卑田院，
乞丐羞存命一條。”
黃文昌兵不血刃，一舉拿下南都城，城中，除留守太監韓贊周誓死不降，在南都紫禁城大明門前橫刀自刎, 此外還有一乞丐，據說是秀才出身，見錢謙益等人毫無廉恥的醜態，憤然跳河自殺，在其餘諸官要麼表示奉朝廷號令，要麼閉門謝客, 不再過問朝廷之事。
一朝權在手，便把令來行。在看到南都如此繁華後, 趙國公黃文昌就動了心思，燕王殿下讓咱攻略南都，這是什麼意思？不就是想補償俺老黃嗎。
於是在入城後，就是令人侯方域替自己傳下話去，雖然燕王殿下口諭，南都諸官只需繳納五成的家產，便可保留爵位和官職，但是前幾日南都方面炮擊王師水軍，令官軍損失大小戰船五百六十艘，大小火炮兩千門，士兵傷亡一萬六千四百人。
按每艘戰船一千兩、火炮六百兩、士卒的撫卹費，以及趙國公的精神損失費，共計要繳納五百六十萬兩，誰敢不主動繳納，就以抗拒王師，大不敬之罪處罰，趙國公可不怕燕王殿下問罪，他手裡有實實在在的證據, 不信可以問南都城內的百姓，誰不知道七月四日，偽明水師大捷，炸燬王師戰船無算，江面上當真是血流擼。
錢謙益、王鐸等人傻眼了，浦口那一仗，你要是損失這麼大，還能過得了長江，到這個時候，誰還不知道徐允爵他們和你趙國公勾結在一起，也是他籌備的船隻，放你們過江的，現在開口就損失五百六十萬兩，這是把咱們當傻子在愚弄呢。
可人在屋簷下，不得不低頭，您黃國公要，咱能不給嗎？不給那可真就要抄家滅族了。
當然黃文昌，身為大明的國公老爺，還是有體面的，說收五百六十萬兩，就絕不會收五百六十一萬兩，當然作為親密友軍的南都勳貴們是不需要繳納的，畢竟人家出了力。
在得了銀子後，黃公爺就是將已經抵達淮揚的內閣大學士孫可望請進了南都，將善後政務以及收繳家產的事情全都丟給了孫可望，自己則令張達、徐志堅等人率部追擊桂王朱常瀛以及馬士英等人，並行文南直隸各府，奉燕王口諭，只拿周延儒全家，馬士英和桂藩若肯返回南都，朝廷依舊既往不咎，倘若被官軍擒獲，那便以謀逆罪處置。
南都被破的同時，太平府治所當塗亦被朝廷徵東大軍包圍，七萬大軍將城池圍了個水洩不通。
圍城後，湖廣剿總總督楊彪即以南都城破，東林諸官皆以奉朝廷之事，射書城內，著史可法立即開城納降。
面對朝廷大軍，史可法無有一策應對，南直隸總兵潘大可、李棲鳳本是魏國公所屬，竟趁機襲擊史可法督師行轅，斬殺親兵統領馬應魁、幕僚何剛，莊子周，生擒炮隊專家陳於階，總兵劉肇基以及史可法及其養子史德威，開當塗南城迎接朝廷王師。
攻破當塗後，楊彪即將史可法等人押入大堂，詢問他為何抗拒朝廷大軍。
楊彪也知道史可法在江南負有盛名，遂和聲道：“前以書謁請，而先生不從。今先生忠義既成南都已降，當畀重任，為燕王收拾江南。”
史可法回答道：“我既兵敗，只求一死耳。”