暴戾的察合臺，知道這片土地，以後是大哥朮赤的領地，在強烈嫉妒心的驅使下，在殺死城裡的男人之前，竟然讓士兵放出一萬隻凶神惡煞的藏獒和蒙古獒，先對這些男人進行撲咬，等咬得血肉模糊時，才讓士兵上前用刀捅死。
他還喪心病狂地唆使士兵，連城裡的孕婦也不放過，竟然剖開孕婦的肚子，直接刺死腹中的胎兒。
窩闊臺實在看不下去了，勸說無效後，只得祭出最後一招，說要向成吉思汗告狀，察合臺才悻悻地讓士兵放下了屠刀。
屠城之後，兩兄弟帶著大軍和海兒汗，開始向撒馬爾罕進發，與等在那裡的成吉思汗會師。
見了海兒汗，成吉思汗並沒有發怒，只是冷冷地丟擲一句：“聽說你貪婪成性，連蒙古國商人的東西也敢搶劫，那就讓銀子為你陪葬吧。”
他命令士兵用火將銀子熔化後，直接灌進海兒汗的嘴巴、雙眼和雙耳之中，海兒汗這個殺死蒙古商人的花剌子模人，就這樣慘死了。
撒馬爾罕非常富庶，原本是西遼的都城，摩訶末和古出魯克兩人瓜分了西遼的土地，花剌子模佔領了撒馬爾罕之後，才將都城從玉龍傑赤搬到了這裡。
在花剌子模，如果說不花剌是宗教文化中心的話，那麼撒馬爾罕無疑是經濟貿易中心，這裡產的織品、帳篷和馬具，在整個中亞地區都非常有名。
撒馬爾罕城外的郊區，到處是水渠、果園、花園和別墅，城裡也花園密佈，各家各戶都有或大或小的一個花園庭院，足見當地人的富庶程度。
可是，野蠻的成吉思汗和蒙古大軍來了，這裡又將慘遭荼毒。
真是兵熊熊一個，將熊熊一窩，親自坐鎮撒馬爾罕的摩訶末，聽說蒙古大軍攻破了不花剌城，早已嚇破了膽，在成吉思汗率領大軍到來之前，就帶著一部分士兵倉皇逃走了。
撒馬爾罕的城牆，高大厚實，城壕裡蓄滿了水，連城門也是鐵的，上面還建有箭樓，為了加強防守，摩訶末在逃跑之前，還在城的四周，構築了三十多公里長的外壘防線。
守城士兵足有十一萬人，除了本地人，還有突厥人、欽察人和大食人等，城中還配備了二十頭戰象，戰鬥力不容小覷。
一向謹慎的成吉思汗，帶著大軍到了之後，沒有貿然地發起進攻，而是等察合臺和窩闊臺率領大軍來了之後，才準備開始進攻。
察合臺和窩闊臺到了後，成吉思汗帶著耶律楚材和各位將軍，花了兩天的時間，沿著撒馬爾罕四面的城牆，將城內的防守情況，仔細地察看了一遍。
開攻城會議前，察合臺不由感嘆：“撒馬爾罕不愧是花剌子模的都城，城牆比金國的中都還牢固！”
成吉思汗立即訓斥二兒子：“什麼叫牢固，漢人的長城，女真人的界壕，不是一樣的牢不可破嗎？結果怎麼樣，還是被我們蒙古人攻下了！”
他還用犀利的眼光，掃視了一遍手下的將軍，“至於打仗，除了虛設的城牆，主要還得靠守將的謀略和勇氣！”
這天晚上，在成吉思汗的親自督戰下，蒙古大軍先架起拋石器，向城內拋石頭，來作為掩護，然後搭起雲梯，將抓來的本地人作為先鋒，在蒙古士兵的監督下，這些人手持弓箭和噴火筒，爬上雲梯後，向城樓上的同類發起了攻擊。