原來的三部設定太粗糙，尤其是生產部，要協調管理的事太多，每日安排上工計分也是項繁重的任務，隨著山上人數增多，生產任務增加和細化，這套制度已經越來越不能適應發展形勢了。
新的編制三部名稱分別改為外務廳、生產廳、保障廳，三廳職能變化不大，主要是增加下設機構。
外務廳增設情報處、訓練處和管理處，負責人分別是王四、梁義和杜遷。
生產廳增設規劃處、督導處和銷售處，規劃處負責人由徐澤暫代，督導處、銷售處負責人分別是張大嫂和田異。
保障廳下設運輸處、供應處和財計處，財計處負責人由褚青暫代，陳淳跟著熟悉情況，運輸處、供應處負責人分別是黃仲和褚垠。
徐澤原本打算使用堂、司、局、科、院作為下設二級機構名稱，為此詢問了書生陳淳，陳淳說宰相以下治事之所稱呼省、臺、部、寺、監、院，在外監司、州縣稱衙，朝廷組織的考試稱“進士科”“制科”“恩科”“明經科”，今上登基後，大設金明、造作、官制、六尚、太官、禮制等局。
梁山就這麼點人的民間組織，貿然使用部、堂、院、司、局、科這些朝廷已經使用的名稱作部門名稱，很犯忌諱，容易遭才學之士鄙夷，最好別用。
徐澤從諫如流，想來想去，也只剩用“廳”“處”這類稱呼了。
在三廳十處之下，還有新增的水丁隊、基建隊、養殖隊、被服坊、煤炭坊、制皂坊等機構。
各部門雖說搭建了初步框架，但在一段時間內，還會困於人手不足，一些部門只是個空殼子，遇有大項任務，還要依靠規劃處和管理處協調人員，各部門的具體負責人也不可能脫產，承擔其他日常任務是經常的事。
二是改革制度，逐步打破大鍋飯。
第一，推進工分券貨幣化，逐步放開工分券流通限制。
第二，逐步減少派工比重，同舟社所需被服、魚肉、碳爐等物資，直接向各隊、坊下單，各隊、坊根據任務量自行招工，個人從事工種和完成任務量、質不同，工分將有起伏，身無長技又不願學習改進之人，在梁山將很難出頭。
第三，放開家庭經營，除保丁、捕魚隊（水丁隊平時也擔負捕魚任務），以及無人照管的孩童外，其餘人不再集中供夥。不符合條件者若想吃食堂，要提前預定，並多交工分。
鼓勵發明或改進工序工藝，允許個人在工時之外，製作木器、被服等物品自用，或在梁山內部出售。
但為了防止亂砍亂伐和人員失管，所需原料要到工分鋪兌換，也不允許個人在自家小院之外私自開闢菜地。