這時候皇甫嵩與朱儁軍發兵進擊汝南、陳國的黃巾、、
被皇甫嵩派兵追擊的波才一直逃到陽翟，最後在西華被漢庭彭脫襲擊大敗，想帶領剩下黃巾、與同樣落敗逃到宛城張曼成部下的黃巾集合、
但皇甫嵩派孫堅帶領大部隊先前去宛城圍城，經過十來天朱儁和曹操先後帶著援兵前來，孫堅登城先入，殺進城池，眾人蟻附般推進，大破敵軍，最終成功討平豫州一帶的黃巾軍，但是黃巾主要將領還是逃跑了。
而另一方面，盧植數戰間大破張角，大傷斬殺萬多人，小傷幾千，而數天後張角，收到訊息豫州黃巾全敗，個別將領逃出，黃巾士兵要麼死要麼投降了。
張角無奈，自己這邊也被盧植打得節節敗退、唯有撤到廣宗。
盧植一路追擊張角至廣宗，而張角進了廣宗城後，下令緊閉所有城門，關注一切朝廷軍隊訊息。
盧植下令圍城，城外紮營，廣造建築攔擋、挖掘壕溝，製造雲梯，雲梯建成將可攻下城池。
這段時間正值靈帝派左豐視察軍情，奉旨視察的左豐高高在上，處處刁難盧植將士，但是皇帝派來的，也沒人敢於左豐發難。
有人勸盧植賄賂左豐，但盧植不肯，左豐回帝都便向漢靈帝誣告盧植圍而不攻作戰不力。
靈帝大怒，下令捉拿盧植，用囚車關盧植回皇都，關進大牢。
下詔再重新調整:皇甫嵩率眾北上東郡
而朱雋則去南陽平殘餘黃巾、、
而派董卓領軍代替盧植。
另一邊朱儁領兵與荊州刺史徐璆及秦頡集合共一萬八千兵圍攻另一邊黃巾，從6月至8月也不能攻克，皇帝見朱儁遲遲不能攻破、奸臣推動、皇都有奏議徵朱儁回師，幸而張溫上表說情，靈帝才放過朱儁。
但朱儁仍急攻黃巾，最後黃巾首領被殺，由其他人頂上代替。
朱儁又因兵少不敵，擔憂攻城時、反被黃巾偷襲、便擴大防圍、建築陣壘，堆砌土山觀望城內。
待一切準備完畢。
朱儁軍鳴鼓攻打西南，黃巾軍被引開，朱儁則親率五千精兵掩殺東北，偷襲敵人後方，攻入城池，黃巾唯有退保內城、出入不得、像是等待被圍捉的野獸。
幾天後、
黃巾軍受挫，士氣低迷，過些時日待糧食吃盡、就不知如何是好了。
最終、向漢軍乞降。
張超、徐璆和秦頡等副將都認為可以接受，但朱儁認為如接受的話，會給百姓有利為賊，無利乞降的錯誤觀念，便不接受並打算急攻敵軍破入砍殺。
可是數戰也不能攻克，朱儁登上土山觀望黃巾軍，黃巾明白沒有退路，漢軍不接受他們的投降、反而激起盡力一戰，所以造成朱儁遲遲未能攻克。
最後朱儁便解開圍軍，黃巾果然出戰，被朱儁大破，朱儁向北追擊黃巾數十里，斬殺黃巾萬多人。
黃巾再次投降，秦頡一向與黃巾首領不和，便將他殺死。這舉動反令黃巾軍不安，又推孫夏為帥、拼命反抗、最終屯兵宛中城。