接近3月以何進為大將軍
率領左右羽林五營軍士屯于都亭，整點武器，鎮守皇都
又以自函谷關、大谷、廣城、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津等各皇都關口，設定都尉駐防;又下詔各地嚴防，命各州郡府作戰黃巾、日夜訓練士兵、整點武器、召集義軍。
而另一方面最早期發精兵鎮壓各地主力黃巾亂事的朝廷軍隊:
在盧植領著副將宗員率領北軍五校士一直負責以北戰線，與張角主力周旋;大大小小數十戰，死傷無數，雙方都有敗有勝，一時之間誰也奈何不了誰、
而皇甫嵩及朱儁各領一軍、
控制五校、三河騎士及剛剛招募來的精兵勇士共四萬多人
在潁川一帶平反黃巾軍，開始漢庭還可打的黃巾軍節節敗退，久而久之，黃巾越戰越勇，與漢軍交戰不分平色，甚至有時還小勝。
朱儁上表下的孫堅為佐軍司馬更是表現出色，帶領著同鄉裡青狀年千餘人、期間招募近萬人，在孫堅有勇有謀帶領下，連破幾城，殺得黃巾落方而逃，收降過萬黃巾，幾次戰下孫堅部隊越發越大。
孫堅十分英勇，數次遇上黃巾軍大部隊都讓孫堅以少勝多殺得黃巾片甲不留，一路殺去與朱儁軍連軍，對抗在潁川的黃巾主力。
而這個時候卻傳出黃巾軍張曼成攻殺入南陽太守秦頡郡守褚貢陣亡，守兵陣亡近萬，南陽大部地域被黃巾佔領。
訊息傳出後、、、漢庭將領十分憂心。
一時間，各大黃巾士氣大漲這是黃巾軍起義後首次拿下主要城池，南陽的失守，給了朱儁鎮守的潁川和洛陽鎮守的朝廷軍隊非常大壓，不敢隨意調動軍隊，深怕南陽黃巾突襲洛陽。
如果南陽黃巾張曼成連線潁川黃巾的話，朱儁與孫堅鎮守的潁川一帶就比較危險了、如果朱儁與孫堅失敗，朝廷軍隊就只有皇甫嵩在潁川另一邊，就難以獨守，潁川在落在黃巾手裡，帝都就更危險了。
到時候張曼成、波才等黃巾主要將領就會帶領黃巾迎合張角，一舉包圍洛陽，到時候大漢朝廷就萬分危險了。
直至4月，朱儁軍終於被黃巾波才所敗而撤退，撤到長社。
朱儁找到皇甫嵩相量，為了不被各個唯有與他一起進駐長社防守。
而波才率眾黃巾軍大軍圍城，皇甫嵩和朱儁加起來的漢軍都沒有黃巾多，漢軍士氣低落。
這時候又傳來汝南黃巾軍在邵陵打敗太守趙謙，廣陽黃巾軍殺死幽州刺史郭勳及太守劉衛，黃巾軍一時氣勢高漲，並未因漢室的各洲郡參戰動作而有敗退的跡象。
5月初，皇都見皇甫嵩被圍。
而這時候招兵買馬的曹操已經招募差不多了，事情又比較緊急，皇帝派曹操率軍救援。不過援軍還未來到時。
皇甫嵩和朱儁想到一計，在傍晚時分吹起大風，皇甫嵩命士兵偷偷出城，到了敵軍營，點亮火把，利用黃巾軍營寨周圍的雜草，用火燒敵人軍營，大呼進攻，城上亦舉出火把來應響，皇甫嵩以鼓助戰，衝入敵陣，黃巾軍大亂，四處奔走，而波才一路被皇甫嵩派兵追殺著。
又遇上正好來支援的曹操，這時候黃巾軍，被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夾擊，斬殺數萬人，漢軍大獲全勝。
6月，皇甫嵩命曹操與孫堅為左右先鋒，帶領軍士前去與張曼成戰鬥，而皇甫嵩和朱儁留守陣地，經過幾天的較量，最終斬殺了張曼成，黃巾見主帥已死，毫無戰意紛紛逃跑。
張曼成死後，這一帶黃巾軍便改以韓忠為帥，（書上記載，張曼成死後是趙弘統帥的，但是我個人比較喜歡趙弘，所以不忍他身亡，改了下，原諒我的自私）帶領以十多萬黃巾轉去佔據宛城，修生養息，等待張角指示。
留下除了守城將領，