趙元佐在雍熙元年（984年）聽到廷美在房州去世的訊息頓時精神失常，他的病實在是受到太宗迫害廷美的刺激而引起的，病情來勢洶洶，已經不能上朝。
次年重陽節，太宗召諸子會飲；未召他參加，趙元佐縱火焚宮；宋太宗不得不將他廢為庶人，幽禁起來。
宋太宗次子趙元佑接替長子元左當上了開封府尹，取得了準皇儲的地位。
趙元佑又叫趙元僖，與元佐不是同母所生；他擔心太宗的心理天平會再次傾向元佐，也知道趙普與元佐的關係；便趁著太宗優遇入朝的趙普那當口，建議太宗重新起用趙普。
宋太宗採納了這一建議，端拱元年（公元988年）宰相李昉罷政，趙普與呂蒙正同時被任命為宰相。
宋太宗有意讓趙普代呂蒙正，但對趙普並不放心，當面敲打他：“勿以位高自縱，勿以權勢自驕”。
趙普這次入相已經六十七歲，即便心有餘也力不足了；他在中書判事不到一年就請假養病了。
次年七月，有彗星現，有人鼓吹是滅遼的好兆，趙普抱病上《彗星疏》痛斥其說；使太宗打消了攻遼的想法。
由於前期的嫌隙和太宗的疑忌，趙普與宋太宗兩人始終互相猜防，心存芥蒂。
宋太宗容不得有威望的宰相，趙普患得患失，也只能韜光自斂，富貴自保，儘管在宋太宗朝兩次入相，除了兩次勸諫伐遼的奏疏，他在政治上確實沒有也不可能有多大的建樹。
比比與太祖在建國前後的那段風雲際會的日子，趙普這位開國宰相的晚年應該是感慨萬千的。
淳化三年（992年）趙普去世，宋太宗說了一段蓋棺論定的話：“趙普追隨先帝和朕，最為故舊，能斷大事。過去與朕曾有不快，眾所周知。朕即位以來，總是優禮他，他也竭力自效，盡忠國家，真是社稷之臣！”
在宋太宗的宰相中，只有李昉的資格可與趙普一比短長。李昉是後漢進士，深受後周世宗賞識，在趙宋代周時，只有他不去朝見，因而在太祖朝他的最終官銜與他在後周時相同，都只是翰林學士。
不過，當盧多遜擠兌趙普時，太祖問李昉，李昉說：“我只是草詔，趙普所為，非我所知。”
李昉跳出是非圈外的表態，贏得了趙普的好感。他在趙普第二次入相時，出任參知政事，應與趙普奧援有關。
太平興國八年，趙普罷相，李昉與宋琪並居相位。
宋琪雖是首相，但李昉更受宋太宗青睞。
盧多遜為相時常在太宗面前說李昉的壞話，而李昉儘管不附和盧多遜倒趙普，卻與盧關係不壞。
有人告以李昉盧多遜攻擊他的事，李昉總不相信，仍待之不疑。
李昉為相以後，也並不因為盧多遜倒臺而落井下石，反而為他辯解。
宋太祖告訴李昉說，盧多遜平時詆譭你不值一錢；李昉才知道真相。
而宋太宗越加認為李昉是忠厚長者，因而在宋琪“素好詼諧，無大臣體”罷相後，就讓他獨相二年有餘，這在太宗朝只有後來的呂蒙正和呂端才可與其相比。