摧毀東印度公司的武裝力量之後，必須吸納東印度公司貿易方面的人才，讓這些人留在巴達維亞做事情，幫助大明王朝來進行海上的貿易，不過東印度公司董事會的人，不能夠保留，這些人全部押解到大明京城來。
同時將東印度公司盤剝的錢財全部運送到大明京城。
看完信函之後，洪欣貴大為吃驚，他也是進入到巴達維亞之後，才知道東印度公司有一個董事會，公司所有的事情都是這個董事會決定的，總督科恩就是董事會的頭頭，想不到皇上知道這一切，而且還準確在信函之中表述出來了。
皇上的命令，洪欣貴當然是執行的。
洪欣貴馬上召集了丁寶坤、鄭芝龍、鄭芝豹等人，共同商議。
這一次的商議，持續了足足兩整天的時間。
期間鄭芝龍提出來建議，讓弟弟鄭芝豹留在洪欣貴的身邊，幫忙做事情，鄭芝豹對於海上作戰的事宜是熟悉的，也知道很多海上貿易的事情。
洪欣貴同意了這個建議，專門寫下了奏摺，舉薦鄭芝豹出任鄭家軍的遊擊將軍，在他的身邊協助統領水師。
商議完全按照皇上提出來的要求進行，鄭芝龍提出來了不少的建議，對於如何管理東印度公司留下的攤子，如何徹底掌控這個公司等等，都提出來了好的見解，鄭芝龍提出來的最為關鍵的一個建議，就是在水師帶來的商賈之中，挑選一部分精明強幹的人，進入到公司裡面做事情。
至此，東印度公司覆滅，代之的是大明皇家南洋公司。
南亞以及朝鮮、日本等地的所有海上貿易事宜，全部由大明皇家南洋公司直接負責，所有南亞各地的海上貿易交易，全部都需要給大明皇家南洋公司繳納所有貨物價值一成的賦稅，若是有誰不服從這個規定，那麼大明水師將查封其所有的貨物。
同時，交易地方也需要給大明皇家南洋公司繳納百分之五的交易稅。
這一筆的交易稅由各地方負責，你在購買海上貿易貨物的時候，就需要直接繳納。
包括遙遠的歐洲等地，也要遵循這個交易原則，否則就不要想著來到南亞各地做生意，當然，若是有歐洲某些地方表示不服氣，甚至對受到大明皇家南洋公司保護的商船實施打劫等的行為，那麼大明水師會不辭辛苦的前往歐洲，教訓一下這些不服氣的國家。
這就是大明皇家南洋公司的職責。
就連做過海盜的鄭芝龍和鄭芝豹等人，看見了皇上的信函之後，都是倒吸一口涼氣，這該是多麼的霸道，鄭芝龍當時也就是統領南海等地的海上貿易，而皇上統領的，是整個大海上的貿易，就連遙遠的歐洲，都要遵循這個貿易準則，否則下場就是捱打。
憑著鄭家軍水師的強悍，打的歐洲的西班牙、荷蘭與葡萄牙等地滿地找牙，是肯定的事情。
鄭芝龍等人更是明白，從今以後，海上貿易的賦稅，將成為大明朝廷最大的賦稅收入，遠遠超過商貿賦稅和農業賦稅，甚至可能是好幾倍，海上貿易利潤的巨大，一般人根本想象不到。
皇上偏偏知道這些。
到了這個時候，鄭芝龍對皇上是佩服的五體投地。
被俘的科恩，聽到了大明皇上做出的決定之後，臉如死灰，什麼話都說不出來，這個時候的抗議沒有任何的作用。
大明水師的強悍，讓科恩感覺到的是恐懼，這樣一支強悍的水師，征服海上是順理成章的事情，就算是曾經被稱之為海上霸主的西班牙，在這樣的水師面前，還手之力都沒有。
科恩唯一的請求，是給荷蘭寫去一封信。
這封信的內容也是很明確的，懇求歐洲的西班牙、荷蘭以及葡萄牙等國，按照大明王朝的要求來做事情，千萬不要有什麼非分之想，大明王朝統治海上貿易是理所當然的事情，因為大明水師是海上的巨無霸，沒有任何的海上軍隊能夠與之抗衡。
這封信被送到歐洲之後，引發了軒然大波，一些地方不服氣，認為科恩言過其實，不過這些不服氣的地方，最終都是乖乖的按照大明皇家南洋公司的要求做事情了，那是因為他們遭遇到大明水師毀滅性的打擊。
這都是後話了。