剿滅東印度公司在印度群島據點的戰鬥，更是異常的順利。請大家搜尋看最全！的
東印度公司的董事亨利被押解著跟隨作戰，親眼見到了鄭家軍水師的強悍之後，亨利很快明白，從這一刻開始，東印度公司失去了在南亞稱霸的地位，說的不客氣一些，這支強悍的水師，甚至能夠直接打到歐洲去，就看人家是不是有這樣的心思了。
亨利是商人，商人逐利，在大致明白了大明朝廷的意思之後，亨利馬上表示願意配合，遵從大明朝廷的要求，與南亞各地以及大明王朝做生意。、
亨利的態度，讓洪欣貴等人很是高興。
三月初七，戰船編隊抵達巴達維亞。
此時的戰船編隊，已經收穫巨大，剿滅東印度公司在臺南和印度群島的據點，收穫巨大，沿途的一些小地方，見到了大明朝廷戰船編隊之後，紛紛表示順從，拿出來了大量的物資，進獻給大軍，以求自身的安寧，當然對於大軍提出來的要求，他們也是全盤接受的。
戰船編隊之中，已經有這些地方派遣出來的使者和人質，他們將跟隨戰船編隊抵達大明，親自向大明的皇上表示忠心。
駐守在巴達維亞的荷蘭東印度公司的總督是科恩。
這是一個傳奇性的人物。
科恩具有極強的戰略眼光，當時的荷蘭，尚未完全獨立，在西班牙的控制之下，而科恩率領的東印度公司，具有非同一般的地位，可以自組擁兵、自行發行貨幣、與其他國家簽訂正式的條約，同時對南亞諸多地方實施殖民統治的公司。
毫不客氣的說，當時的東印度公司，在名氣上面甚至超越了荷蘭。
臺南以及印度群島的機構遭遇到毀滅性的打擊，這個訊息尚未傳到巴達維亞，畢竟鄭家軍水師的動作太迅速了，此刻的科恩。還在準備傾盡全力抵禦即將到來的進攻。
東印度公司有接近兩萬的僱傭兵，擁有大型商船近兩百艘，大型戰船近五十艘，還有一些小型的戰船，戰鬥力也是不一般的，這些商船和戰船絕大部分都是駐紮在巴達維亞的，商船在南亞以及東海、南海等地航行。壟斷日本等地的海上貿易。
東印度公司曾經敗給鄭芝龍的戰船編隊，被迫接受鄭芝龍定下的規矩。每年需要拿出來大量的錢財，交給鄭芝龍，才能夠從事南海的貿易，這讓科恩很不舒服，後來聽聞鄭芝龍離開了福建泉州，覺得大明水師戰鬥力不強了，所以開始拒絕繳納保護費。
想不到一年不到的時間，大明水師就打到巴達維亞來了。
佔著對地形的熟悉，科恩決定狠狠的打擊大明水師。
巴達維亞是東印度公司總部所在地。不能夠有絲毫的閃失，否則東印度公司將失去在南亞的所有利益，代之的也將損失歐洲到南亞等地的所有海上貿易。
在獲悉大明水師抵達巴達維亞海域的時候，科恩已經做好了一切迎戰的準備，他甚至沒有打算與大明水師談判。
海上的戰鬥在三月初十打響。
又是一次一邊倒的戰鬥，龐大的鄭家軍水師戰船編隊，根本不是東印度公司戰船編隊所能夠抵禦的。親自指揮戰鬥的東印度公司總督科恩，眼睜睜看著身邊的戰船被炮彈炸的起火和沉默，很短的時間之內，就陷入到絕望之中。
戰鬥持續了大半天的時間之後，科恩麾下的戰船所剩無幾，而鄭家軍戰船編隊幾乎沒有遭受到多大的損失。
巴達維亞的碼頭很快被鄭家軍水師佔領。海上作戰失敗的科恩，來不及逃走，被鄭家軍水師生擒，具有諷刺意味的是，神情科恩的居然是不久之前加入鄭家軍的東印度公司的僱傭軍，這讓科恩更加的絕望。
陸地上的戰鬥幾乎沒有怎麼進行，東印度公司的總督科恩已經被生擒。公司的董事會亂作一團，根本無心去抵抗了，就在鄭家軍將士剛剛開始進攻的時候，東印度公司的董事會選擇了投降，他們是明智的，總督大人率領的戰船編隊全軍覆沒，總督大人被生擒，他們若是負隅頑抗，也就是死路一條。
這麼快就徹底摧毀了東印度公司，佔領了巴達維亞，這是洪欣貴沒有想到的。
進入巴達維亞城內，進入了東印度公司辦公的大樓裡面，洪欣貴拿出來了皇上寫的信函，這是皇上吩咐他佔領巴達維亞、摧毀了東印度公司公司之後，才能夠拆開的信函。
皇上在信函之中表明的意思非常明確。
留下兩個戰船編隊和一萬鄭家軍水師將領在巴達維亞，由洪欣貴出任總兵，親自率領這一萬鄭家軍的水師，控制南亞各地，控制南亞的海上貿易，巴達維亞與臺灣島駐紮的水師和戰船編隊，全部有洪欣貴率領。