孫思邈從小體弱多病。他先後兩次患熱病，一次患冷痢。每當他面黃肌瘦，飽嘗病痛之苦的時候，母親總是日夜守護在他的身邊，給他熬藥喂藥。父親也揹著他翻溝過嶺去找醫生。
次數多了，支付不起醫藥費用，就只好變賣家產。孫思邈看到，由於自己的病，給父母造成這麼大的困難，心裡難過。他從自己幼年的痛苦經歷認識到疾病對人的危害，體會到醫生能夠解除病人的痛苦。於是從很早就萌發了學醫的願望。
孫思邈天資聰明，“七歲就學，日誦千餘言”。他在離家較遠的私塾土窯洞裡上學，不僅在課堂上用心學習，還經常在家鄉的魚兒嶺一棵槐樹下讀書。透過刻苦用功，使他打下了良好的知識基礎。
從孫思邈的時代至今已有一千四百多年了，雖然滄桑變幻，他當年讀書的窯洞早已湮沒，但這棵“千年古槐”現在依然旺盛地生長在他的家鄉孫家原，成為歷史的見證，供遊覽觀賞，留給世人不盡的緬懷和無限的遐思，激勵學子敬業奮鬥。
少年時的孫思邈躊躇滿志，意氣風發。他排除封建等級觀念，敢於衝破當時盛行的儒士書生透過讀書而進身於仕途的世俗，敢於批評鄙視行醫救人的極不合理的社會偏見。他不隨波逐流，不屑混跡官場、沽名釣譽，而從解除人民痛苦的角度出發，以“大慈惻隱之心，普救含靈之苦”為念，胸懷濟世之志，準備把畢生精力貢獻於醫學事業，他的思想境界和眼光就遠遠地高於當時的世俗之輩。
孫思邈把貧苦農民和病患者的疾苦看成自己的疾苦，一心一意地為他們服務。他主張：若有疾厄者來求救時，醫生不能先顧慮自己的得失而瞻前顧後，寧肯自己跋山涉水，飢渴疲勞也要去救等待醫診的病人。
孫家原村南邊有一條澗溝，水流湍急。為給溝那邊的群眾治病，他不顧激流險阻，不顧深秋河水的冰冷，時常淌水過河。有一個“火燒澗溝水”的故事，指的就是這方面的事蹟。說的是天神為了讓孫思邈給對岸的病人治病，在他過河時，用火把水燒乾，待他過去了再復原。孫思邈長期為勞動人民“濟疾解危，一心赴救”多少年如一日，得了廣大人民群眾的尊敬和愛戴。
對於中草藥的研究，是孫思邈堅持終生的重要實踐活動之一。他很早就開始在家鄉上山採藥。為了採藥，他攀懸崖、穿谷，跑遍了家鄉的山嶺溝壑。他還在家鄉開闢了藥材園，種植藥材，從下種、施肥、收採到炮製、貯藏等，不僅精心操作，而且有詳細的記錄。
他把藥材分為玉、石、草、木、人、獸、蟲、魚、果、菜、米、谷等幾大類，記載了八百餘種藥名。他按藥物功用，將藥物分為65類，以“總攝眾病”，“臨事處方，可得依之取決”。很有實用價值。直到千年之後的現在，孫思邈的這些記載，仍有十分重要的參考價值和指導作用。
唐貞觀年間，孫思邈從江州到南嶽衡山。衡山流泉飛瀑，峰巒蒼翠，有“五嶽獨秀”之稱，是歷代帝王祭祀之地。衡山盛產銀杏、金銀杉等珍貴草木，為孫思邀考察醫藥提供了豐富的資源。孫思邈在衡山，為了採集松脂，於立夏那一曰，從山嶺向東跋涉“四百八十里，又南行入谷五十里”，到“有大石四十餘丈之處，見南面有大松三十餘株”，終於採到了“不見日月之松脂”。又將其帶回煉製成“衡山松脂膏”，服之使人可以“耐寒暑，“五臟補益”。這些生動的事實足以可見孫思邈當年採藥時用心的專注和經歷的艱難。
孫思邈見多識廣，有極其淵博的歷史知識，特別是對南北朝後期和隋朝的歷史，更是通曉備至。唐貞觀三年，唐太宗下詔書，令名臣魏徵、令狐德、姚思廉、孫處約等人編纂南北朝以來齊、梁、陳、周、隋等五代歷史。在撰修這些歷史的過程中，魏徵、令狐德恐有遺漏，多次訪問和請教孫思邈，請他對前代史實提供諮詢。當時孫思邈年歲已高，但他“視聽不衰，神采甚茂”。在解答魏徵等人的疑難時，口以傳授，把南北朝各國的情況從總體到細節，說得清清楚楚，如同他親眼看見過一樣，使朝野上下深表欽佩。
唐朝初年，南方時有瘟疫發生。
孫思邈在常州一帶，日夜奔忙，搶救瘟疫病人。經過半月的努力，瘟疫得到有效地控制。然而過了不久，瘟疫又從小孩到大人流行起來。為了長期地預防和治療此病，孫思邈經過潛心研製，擬出了一個以大黃、肉桂等配伍的藥酒配方，取名為“屠蘇藥酒”。
人們喝了這種藥酒之後，瘟疫再也沒有復發。孫思邈為了普及防疫知識，防止此配方神秘化，他找來一大張黃絹，把屠蘇酒的處方及炮製方法都清楚地書寫在上邊，張榜公佈在屠蘇庵的山門柱子上，讓人們廣泛傳抄。人們十分讚歎孫思邈的重普及、不保守的可貴精神。後來，歲未飲屠蘇酒，深化為習俗，在江南各地很流行。
相傳唐太宗的長孫皇后，因難產而生命垂危。當朝太醫雖竭力醫治，卻不見效，唐太宗急得坐臥不寧。徐茂公建議請孫思邈來看病，唐太宗便派遣使臣星夜奔赴太白山，詔孫思邈進京。孫思邈被引入後宮。
因封建禮儀，不能接近皇后的“鳳體”,孫思邈只能一邊向宮娥細問其病情，一邊要來太醫的處方病歷認真閱讀。之後吩咐取一條紅絲線，自己捏著一端，另一端穿過竹簾，系在皇后的手腕上，為皇后“引線診脈”。原來皇后是胎位不正，於是讓宮娥把皇后扶近竹簾，孫思邈選定穴位後，猛扎一針，皇后疼得渾身顫抖，不一會兒，嬰兒呱呱出生了。皇宮內外好不高興
，對孫思邈更加敬佩。
貞觀元年，唐太宗召見了孫思邈。孫思邈奉詔上殿，氣質儼然，神姿煥發，容顏甚少。太宗感到驚異，便走下寶座，發自心底地讚歎道：“故知有道者，誠可尊重，羨門、廣成豈虛言哉”，欲授孫思邈以爵位，請留朝廷效力。但孫思邈“固辭不受”，說：“臣謝恩。只是臣立志博集方藥，為民解疾救苦。不敢領此賜封。”
太宗又厚賜黃金萬兩，孫思邈更是婉言謝絕。他這種不慕名利的高尚品德.深為唐太宗敬佩和喜愛，便依他的夙願，讓他在京城住幾年後，任其到天下各地，暢通無阻地去採藥行醫。
世傳老子出關圖中，除了以老子騎青牛的形象為主，同時還會伴有一書童在前面牽牛引路。這名童子並不是後人的牽強附會，而是在道教中頗有來歷的一位名人徐甲。樓觀臺“說經臺”上的老子大殿內，在老子塑像的兩側還有兩個較小的塑像：一為跪拜師長狀，此為尹喜；一為站立侍奉狀，則是徐甲。關於徐甲的最早傳說，出自於葛洪《神仙傳》。
晉朝葛洪《神仙傳》中記載，徐甲是老子的傭人，追隨老子多年，卻一直沒有拿到報酬，於是心懷不滿。有一天，他向老子算賬，討要錢財，老子卻一言不發，把徐甲化成一具枯骨。之時徐甲才恍然大悟：原來自己不過是一具枯骨，自己的生命是怎麼來的難道還不清楚麼？區區人間小事又有何計較的價值？於是懺悔不已。
史載太上於周朝降臨鹿邑，出生時已經八十一歲，故名老子，生於李樹下指樹為姓，又名李耳，曾在周朝大內做過藏書吏，相當於現在國家圖書館管理員，其實隱匿凡間，將天地玄機之道學整理成上下兩冊，曰《道德經》，準備選拔有緣傳道。
一日，見周朝禮樂之法日衰，知其不久，故辭官歸故里鹿邑。回家路上，看見道旁有一堆嶙嶙白骨，慧眼一觀，有魂魄未散，頓起惻隱之心，小施道術，用“聚形符”將白骨點化成人。這便是年輕英俊，為老子牽牛的徐甲。函谷關令尹喜迎老子到樓觀臺講學時，他已為老子牽牛牧牛二百多年了。老子原先許諾過他：等傳道至西方出關後，再付給他黃金作為工錢。
老子到樓觀臺，終日與尹喜對坐無言，往往半日不曾道出一句話，絕口不提工錢之事。徐甲心中狐疑不已甚為不悅，一方面覺得終日牧放青牛，風餐露宿，苦不堪言；另一方面感到學道清苦寂寞，太勞神費力不知究竟何為。於是打算向老子討了工錢去紅塵中過逍遙自在的舒心日子。
有一天，他在化女泉這個地方放著牛，心裡又撥拉起來，一時想不出良策。忽然眼前出現了一座美麗的莊園。園裡群芳爭豔，鳥鳴啁啾，良田百頃，騾馬成群，一位老員外手拄柺杖，正笑嘻嘻地望著他，旁邊還跟著一位嬌滴滴的標緻姑娘。