乾隆四十六年八月二十六日，王廷贊及蔣全迪被解送往京城，九月十三日夜抵達京師，留京王大臣連夜提審王廷贊等。
在層層重壓之下，王、蔣二人早已崩潰多時，哪還會再行狡辯。有問有答，只求速死。
王望被押至熱河之後，在與王廷贊與蔣全迪對質下，也不得不俯首認罪，承認大肆貪汙賑災款項。
而王望的家產更證明了一切。其原籍在山西臨汾，山西巡撫雅德最後呈報查抄結果，現銀五十五萬兩，地一千九十五畝。
兩淮鹽政圖明阿查得王望在揚州放債生息銀二十五萬兩。
閩浙總督陳輝祖奉旨查抄王望在浙江寓所財產共得銀二十二萬兩。
以上各處共查抄王望家產約計一百餘萬兩。
按清巡撫俸祿加養廉銀不足二萬兩來說，要想賺足這一百餘萬兩，非五十年不吃不喝不可，而王望為官尚不足十五年，更不足以解釋這鉅額不明財產的由來，只能是貪汙所得。
經過提審，王望的案情已是相當的明瞭，這個案子簡單點說主要涉及以下四個方面。
一是將捐收監糧改為收取現銀，且開高價；
二是虛報旱災，將按折價收取的捐監銀兩以賑災名義核銷；
三是借收捐監糧之機，虛報建倉，實領建倉銀兩中飽私囊。
四是王望等人借報批監生名額及添建糧倉等事收受賄賂，大發其財。
有鑑於此，乾隆決定按許維的意見辦理，從重從速處理涉案官員，十一月初八日，降旨對主要案犯做出裁決：
王望，身為藩司，不思潔己報效，乃於收監糧之際，竟然貪贓肥己，更公然捏報災賑肆意開銷，是其負恩藐法侵帑殃民，實為從來所未有。且該犯勒索屬員饋送銀兩，盈千累萬，實屬罪不容誅，著即處以斬刑。
勒爾謹，於蘇四十三反叛之時，便圍剿不利，致使省城蘭州被圍，本應因貽誤戰機正法，但朝廷格外開恩，免其一死。誰料居然又於王望案中，全無察覺，形同木偶。種種昏庸貽誤罪責難逃，著加恩賜令自盡。
王廷贊，以微末之員躍升至藩司，受恩甚重。居然在交接之時，不惟不據實參奏，且效尤作弊，其罪實不下於望。但念其守省城有功，著加恩該立決為絞監候，秋後處決。
同月，許維會同被乾隆重新加以任用的新任陝甘總督李侍堯在蘭州將涉嫌甘省折捐冒賑及請添建倉廒一案徹底審結，並將貪汙銀數在千兩以上、依律應擬死的六十六名官犯名單奏報乾隆。
乾隆思考再三，終究下不了將六七十名貪官一齊綁赴刑場，俱予斬首這樣的決斷。但甘省一案既已敗露，又決不能因涉嫌官員太多而不加嚴懲。經過慎重考慮，確定了辦理甘省一案不依《大清律例》處置貪汙罪的量刑法條，也不按照常規的司法程式，也就是說，乾隆出於維護國體尊嚴和個人顏面的考慮，決定法外施仁。
為此，乾隆皇帝特命傳諭李侍堯及許維：
甘省私收折色冒賑婪贓一案，種種枉法營私，弊端百出，現在已將首先倡議侵冒分肥的勒爾謹、王直望、蔣全迪分別明正典刑。此案大小各員勾通侵蝕，自應按律問斬，以彰國法而警貪婪，但人數較多，如果全部予以駢誅，朕心有所不忍，自然應當按其贓私多寡來區別罪情輕重。阿桂等應將本案各犯中侵冒銀款數在二萬兩以上者，全部問擬斬決；其數在二萬兩以下者問擬斬監候；數在一萬兩以下各犯亦應問擬斬候，請旨定奪，候朕酌核罪情輕重分別辦理。至於折收冒賑各犯內如有本來得贓就多，又借添建倉廒之機侵蝕公項者，則其罪更重，即使折收冒賑得贓較少而又借建倉之機侵蝕者，亦應從重問擬，將這二項另歸一案辦理，不得籠統歸人冒賑案內，以致牽混。乾隆還要求阿桂等人將所有應行定擬案犯全部趕在本年秋審勾到以前具奏，毋致延緩。
李、許二人立即按乾隆特為此案規定的新的量刑辦法，查明侵蝕銀數在一千兩以上的六十六名人犯中有二十人因侵蝕二萬兩以上擬斬，請旨即行正法；十三名人犯因侵蝕銀數在一刀兩以上二萬兩以下被擬斬監候，入於本年秋審情實；三十名人犯因侵蝕一萬兩以下被擬斬監候，請旨定奪；侵蝕一千兩以下的三犯被擬杖一百流三千。
其中閔鷦元等十三犯、韋之瑗等三十犯因為既有冒賑得贓，又有請建倉廒侵蝕公項情節，應另歸一案，從重辦理。
再加稽核時，李侍堯又發現，在上述請旨即行正法各犯內，有楊德言等六犯都曾冒請建倉，但既擬斬決已無可復加；而陳韶等二犯已擬斬監候人於本年秋審情實，該犯都曾冒請建倉，浮銷銀在二千餘兩至七千餘兩不等，應從重改擬斬決，請旨即行正法；錢成均等四犯前擬斬監候秋後處決，該犯也都曾冒請建倉，浮銷銀一萬**千兩及二千餘兩不等，應從重改擬斬監候，人於本年秋審情實辦理；此外還有隻捐監生並未冒賑但卻詳請建倉之員，亦應從重定擬。
乾隆四十六年九月十五日，乾隆透過內閣向全國臣民發出上諭，正式宣佈甘肅捐監案結束，並對所涉及的官員作出判決。
諭稱：