朱慈烺繼續佈置瘟疫防控，同時等候吳三桂這個大功臣進京參拜。
朱慈烺又召喚禮部尚書倪元璐出列，叮囑道：“根據侯閣老所言，瘟疫已經在闖軍中發作，京城只怕也難以避免，你們禮部立即組織太醫院的人準備大量藥材，再從民間招募大量的醫匠，力爭做到有備無患。”
倪元璐抱著笏板領命：“老臣遵旨！”
朱慈烺又召喚工部尚書範景文出列：“你們工部立刻組織工匠在天壇東邊的空地上修建方艙醫院……”
“方艙醫院？”
範景文一臉懵逼，這是個神馬東東？
朱慈烺解釋道：“方艙者形似船艙，密切封閉，只留少許門出入。醫院者，醫治病患的院子，此謂之醫院。
通俗點說，就是用來隔離瘟疫患者的院子，只要查到有人患上了瘟疫，就立刻送到方艙醫院裡面來隔離治療，絕不能讓他繼續留在民間傳染病毒。”
範景文這才恍然頓悟，連連稱讚：“妙啊，太妙了，太子爺這個方法妙，把染了瘟疫的人全部關到一起，就避免讓他們繼續傳染了。”
經過一場謀劃，近萬名俘虜總算逃過一死，但朱慈烺知道疫情才剛剛開始，在未來很長的一段時間內，控制瘟疫的重要性不在剿滅李自成之下。
“明日各部依照本宮的部署行事，侯恂負責總督防疫，不得有誤。今夜除了諸葛良負責掩埋屍體之外，其他文武官員全部跟隨本宮前往文華殿赴筵，為平西伯和戚志光以及所有的將士慶功。”
朱慈烺拍了拍諸葛亮的肩膀，表示慰問，“諸葛愛卿啊，今夜你就多操勞了！”
你小子才二十六七歲，短短几天的時間就爬到了兵部侍郎的高位，能者多勞，別人喝酒你幹活，也讓其他大佬們心理平衡一點。
諸葛亮又如何不懂朱慈烺的意思，作揖告辭：“臣這就去排程兵力，隨我出城焚燒掩埋屍體。”
朱慈烺又命徐來福即刻回紫禁城給諸葛亮取一把尚方寶劍過來，命他今夜全權排程諸軍，誰敢不從，先斬後奏。
又吩咐錦衣衛指揮僉事展昭：“諸葛侍郎初到軍中，唯恐有人不服，你今夜攜帶五百錦衣衛護衛諸葛侍郎，膽敢不從調遣者，斬無赦！”
“謹遵太子殿下口諭！”
展昭領命後向諸葛亮抱拳寒暄：“諸葛侍郎放心，有我們錦衣衛護著你，保證誰也不敢造肆。”
“哈哈……那就有勞展僉事了。”
諸葛亮作揖還禮，和展昭並肩離開了朝陽門城樓，排程兵力出城掩埋屍體，而蔡瑁則帶著由官員家奴組成的新軍出城押解俘虜去了。
諸葛亮和展昭前腳剛剛出了城樓，就聽到城門下人喊馬嘶，守城計程車兵紛紛高喊：“見過平西伯！”
“平西伯辛苦啦，你麾下的將士真厲害！”
“可算把平西伯你老人家盼回來了，關外的邊兵真是厲害，一戰就把闖軍右翼給打垮了！”
司馬嚴從城樓中隔著窗戶向內城門眺望，正是吳三桂率部趕到，急忙扭頭提醒朱慈烺：“殿下，平西伯進城見駕來了。”