故此二月之後，大批物資便開始透過運河的漕船和大批海船開始源源不斷的朝著北方行去，而且駐在南京的近衛軍也奉命開拔，在鎮江、揚州、南京等地登船，直接乘坐漕船北上，如此一來，不但減少了途中長途行軍的消耗，而且讓軍隊免去了徒步長途行軍之苦。
肖天健在三月間也踏上了北上之路，這一次盧象升因為是總理大臣，要在後方負責主持政務，故此很遺憾的沒有能跟著肖天健北上，所以這一次跟著肖天健北上的還是以李信和兵部的參謀部人員為主，一行人乘坐了十幾條漕船浩浩蕩蕩的沿著運河朝著北京方向行去。
一路無話，肖天健一行人經過二十天的行程之後，終於抵達了北京城，而北方的軍方和文官都得到了訊息，羅立、王承平、刁正和現任順天府知府張爾忠等人早已提前在通州等候迎駕了。
肖天健的座船一到通州碼頭，這裡便鼓號齊鳴了起來，提前到達的劉耀本所部的近衛軍和羽林衛早已將碼頭一帶控制，佈置下了嚴密的警戒線，確保肖天健一行人的安全。
肖天健登岸之後，和諸臣見面，稍作寒暄，也不在通州多停留，簡單的詢問了一下通州物資囤積的情況之後，便立即帶著這些人趕往了北京城。
再次進入北京城，讓肖天健感慨良多，眨眼間距離上一次離開這裡，已經快兩年多時間了，當再一次踏入這座雄偉的都城的時候，此地當年戰爭的遺蹟已經消失不見了，那些戰損的城牆以及垛口，都已經被徹底修復，雖然按照肖天健的聖諭，各地包括北京，都不能大興土木重建或者新建城牆抑或是衙門之類的東西，只能在原有基礎上修繕，而且不需追求奢華，儘量減少財政支出，但是北京畢竟已經被確定為未來的大中朝的都城，前期被各部派來準備的人員，還是儘可能的讓這裡恢復的好一些。
故此北京城和肖天健上次離開這裡的時候，變化還是相當大的，城牆上變得乾淨了許多，城牆上的裂縫也被修補了起來，變得比以往更加莊嚴巍峨的許多。
走入城中之後，肖天健還注意到了一個情況，那就是北京城這兩年變得乾淨了許多，原因很簡單，肖天健知道歷史上在這一年的下半年，北方很可能出現了大規模的鼠疫，導致了李自成輕易便取下了北京城，後來李自成的大順軍也可能大規模感染了鼠疫，所以戰鬥力變得十分低下，最終導致了在清軍面前的潰敗。
不管這件事是不是真的在歷史上發生了，但是肖天健都很是重視這種可能性，這也導致了他決定推遲遷都到北京的時間。
為了避免這種大規模鼠疫的發生，肖天健從去年初開始，便派出了太醫局的醫官們先行來到了北方，不單單是在北京城之中，包括整個北方個各個城鎮，都要求各地官員重視衛生的問題，儘可能的滅鼠，同時對多籌措生石灰不斷的在城鎮之中進行鋪灑，另外要求城鎮之中的垃圾安排人及時清理出城，以及人畜的排洩物也要想辦法處理。
結果導致了北方這一年多來，許多城鎮的衛生情況都發生了很大的改變，北京城作為未來的都城，更是受到了重視，城內以前垃圾遍地的情況得到了改善，變得乾淨了許多。
肖天健看罷這樣的情況之後，放心了許多，現在北方局勢提前了幾年穩定下來了，流民減少，民生安定許多，這樣一來，可能會發生的鼠疫情況也就很大程度上被避免，故此肖天健對太醫局前期在北方的工作表示了滿意。
紫禁城還是當初的摸樣，肖天健並未令人對這裡進行修繕，主要修繕的也只是未來城中各部要使用的衙門，但是卻沒有擴建，只是在原有基礎上進行清理修繕和加固，所以耗費並不是很大。
紫禁城之中的大部分宮殿還是處於封閉狀態，僅留下了二百多名無處可去的前朝的太監和老宮女負責在紫禁城之中進行日常維護，另外這裡駐守了一個連的羽林衛負責紫禁城平時的安全，省的讓蟊賊潛入城中偷走裡面價值連城的寶物。
肖天健進入紫禁城，依舊還是僅開放使用了武英殿，一到這裡，他便召集諸將開始查問戰前的準備情況。