直到這時，阿濟格的臉上才稍微有一點緩和，不管怎麼說，清軍總算是開始挽回局面了，儘管還沒有壓倒商家軍，至少也是一個好的開始，看來對付商家軍，火器確實是一個有效的手段。
隨著清軍的火炮都被搬到城頭上，而秦淮河防線，由其是鎮淮橋一帶的位置離城牆太近這個弱點，這時也開始慢慢的暴露了出來。越來越多的炮彈落到了秦淮河的北岸，對商家軍的殺傷力也在逐漸的加大。由其是在五十架投石機參戰之後，效果也就更為明顯，投石機投出的當然不是石頭，而是清軍制造的手雷，其實就是帶木柄的空心圓球，將引線點燃之後，用投石機給扔出去，一次可以投出五六個這樣的手雷。
雖然有一些手雷落到河水裡，有一些雖然落到了對岸，但引線卻熄滅了，成功爆炸的，還不到一半，但這樣的成績對於清軍來說，也己經是相當可觀了，因為清軍終於可以把爆炸性的武器打到秦淮河北岸去了。而且隨著扔過秦淮河的手雷越來越多，商家軍的傷亡也在開始增在，同時防線也終於鬆動了。
而且和商家軍的火炮的準度較高，而且主要是針對清軍的陣線和河裡的船筏，並沒有故意攻擊建築，而清軍仍出的手雷就沒有任何準頭可言，只能說是扔到那裡算那裡，因此有不少是落到建築上，在爆炸破壞之後，還引起了許多的著火點，在這個時候，商家軍當然沒有精力來救火了。雖然現在的火勢還不算大，但這個時代的建築都是以木質居多，一但蔓廷起來，也就難以收拾了。
幸好是中國古代的城市設計己經有了很高的水平,像南京這樣的都城級城市的規化，都會充份的考慮到防火問題，在設計街道時，也都是有意將建築分割成無數的小片區域，一個區域著火，在一般情況下，不會蔓延到其他的區域。想引發全城性的火災，除非是在多個地點同時舉火，因此到不用擔心這方面的問題。
但到了這個時侯，商毅也意識到，秦淮河防線己經守不住了，反正秦淮河也不是南京重點佈防的地方，因此現在也是該撤退的時候了。
不過撤退也不是搬起武器，轉身就走的，商毅首先下令，首先給各路進攻清軍一陣猛烈的進攻，將所有的火炮、管風琴槍全部都打光，同時還向秦淮河南岸發射了三十多個霹靂火箭發射箱，這一陣猛烈的打去，果然又把清軍的進攻給打了回去，而且霹靂火箭落到秦淮河南岸爆炸之後，引起了多處的建築著火，也使清軍紛紛後退，同時也戶生了大量的硝煙，而在這個時候，商毅才下令後退。
首先是由防守河岸的守軍先退，然後才是守衛橋頭計程車兵，依次而行，絲毫也不亂。同時商毅也下令到御河防線的段鵬，讓他也立刻撤退。
不過在聚寶門上觀戰的阿濟格卻看得十分清楚，並且很快也己經發現了商家軍的意圖，因此立刻下令各路清軍，趕快追擊商家軍，再可不能給他們從容佈置陣線防守了。力爭一鼓作氣，將商家軍徹底的擊敗，全面佔領南京城。同時阿濟格的心裡，也著實的鬆了一口氣，攻破了秦淮河防線，可真不容易啊。
阿濟格的命令雖然傳下去了，但因為其他戰線的遠近不同，最先接到命令的，自然還是進攻定淮橋的部隊。因此接到命令的清軍也不敢怠慢，儘管硝煙瀰漫，看不清對岸的情況，但還是舉起兵器，又衝殺到了秦淮河邊，當然衝鋒的有火銃兵，也有其他計程車兵。
等衝上了鎮淮橋頭之後，清軍果然沒有發現商家軍開槍射擊，而且這時霧煙也薄了一些，可以看見守衛橋頭的商家軍士兵已經轉身向南京的城區深處逃走了。而在北岸的撟頭上，只留下先前用傢俱建立起來的防守工事,再也沒有守軍了。
見商家軍真的放棄了鎮淮橋頭，這一下淸軍們頓時都來了精神，一個個腳步加緊，迅速的衝過了鎮淮橋，這些簡易的防守工事當然是不可能擋住清軍，被清軍刀槍齊上，手推腳踢，不一會兒時功夫就全部給推倒了。
而在聚寶門上觀戰的阿濟格的瞼上,也終於露出了一絲笑意。
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