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在準備對南方進行戰爭的同時，首先還是要解決臺灣問題，畢竟臺灣的事情也不能老拖著，另外臺灣和褔建，廣東隔海相望，一但對南方作戰，可以從臺灣出擊，透過海路直接進攻福建，廣東。品書網
因此商毅的計劃是首先解決臺灣的荷蘭人，然後水陸兩路，一起出擊，以重拳打擊福建、廣東、廣西等地的南明朝廷。而且雖然這時己經進入了十二月，是隆冬季節，但臺灣、福建、兩廣都屬於熱帶地區，並不是十分寒冷，正是對南方用兵的大好季節。
這時南京軍區的部隊和海軍部的各支分艦隊也都己經回來，南京軍區的第七軍也己經趕赴湖南境內作戰，統戰部又下令，派遣南京軍區第十七軍的轄二十五師、三十三旅赴臺灣作戰，而護送十七軍的，是海軍部的第四分艦隊。
第四分艦隊的司令官正是臺灣省長沈壽崇的另一個弟弟，沈壽嶽。其實這時臺灣有第三分艦隊駐守，不過商毅也但心荷蘭的巴達維亞當局會派遣艦隊來支援臺灣，因此再給臺灣曾加一個艦隊的海軍兵力。
第十七軍在十二月十二日從南京出發，到達杭州上船，行向臺灣。在十二日十八日，艦隊到達臺灣。
荷蘭人修築的赤嵌城和熱蘭遮城都是臨海而建，大體位於另一時空裡的臺南市附近，這裡海岸曲折，在兩城之間有一個內港，叫做臺江港。赤嵌城位於臺江港的東側，熱蘭遮城於臺江港的西側，兩城互為犄角，以臺江為東面出海港口，北面以鹿耳門嶼為屏，南面以七鯤鯓為障，並且在臺江兩側修築炮臺，橫鎖海面，確實易守而難攻。
從外海進入臺江有南北兩條航路：南航道在北線尾與一鯤鯓之間；北航道，在北線尾與鹿耳門嶼之間。南航道口寬水深，船容易駛入，但港口有敵艦防守，陸上有重炮瞰制，必須經過戰鬥才能透過。北航道水淺道窄，只能透過小舟，大船必須在漲潮時才能透過。在另一時空裡，鄭成功是藉助海水漲潮，才從鹿耳門嶼航道偷渡得手，登上臺灣島。
但現在中華軍己經基佔領了臺灣全境，荷蘭人只能全線退守到兩城裡，而臺江港己被先期返回臺灣參戰的第三分艦佔領，擊敗了荷蘭海軍，切斷了荷蘭人的海口通道，沿海的炮臺也己全被中華軍佔領，因此第四分艦隊也可以大搖大擺的從南航道直接駛入臺江登陸。
沈壽崇和沈壽嶢早己經得到了通報，因此也趕到港口來迎接中華軍。
十七軍的軍長叫張立東，是特種兵出身，下船之後，和沈壽崇、沈壽嶢等幾個人客氣了一番之後，立刻就開始談論現在臺灣的形式，巴達維亞方面足否真的援助臺灣了。
不過這時臺灣的局勢也發生了一些變化，因為荷蘭的巴達維亞當局確實給臺灣派來了一部份援軍。
在幾個月以前，中原大戰激戰正酣的時候，荷蘭的巴達維亞當局己經從撤離的中國商館人員那裡得知，中國決定與荷蘭徹底決裂，終斷了兩國貿易，同時還要求荷蘭撤離臺灣。
結果在懂事會里又引發了一番爭吵，當初反對支助清廷的董事們紛份指責那些投了贊同票的董事，把局面弄壞了，現在失去了中國這個巨大的貿易伙伴，將使公司的利益受損，他們應該為此付全責，而贊同這一決議的董事則大叫著要用武力教訓一下中國，建議巴達維亞的荷蘭軍隊組成遠征軍，進攻中國，重新開啟和中國的貿易犬門。
正好這時幫助曰本的三艘荷蘭戰艦也回到了巴達維亞，海軍司令官范德薩向荷蘭東印度公司提交了一份中華軍海軍戰鬥力的報告，在這份報告中，范德薩詳細的記錄了這次戰鬥中，中華軍的海軍戰艦的數量、噸位和火炮數量，認為以目前巴達維亞的實力，根本不可能是中華軍海軍的對手，建議立刻向國內救援，荷蘭國內至少要派出一支五十艘戰船，一萬名士兵組成的遠征軍，才有可能與中華軍對抗。
范德薩報告的提出，在董事會里又引發新一輪的爭吵，出戰的聲音也小了許多，除了少數幾個頑固份子以外，有不少董事們也擔心，如果派出艦隊被中華軍擊敗，那這個責任誰來承擔；但董事會同樣也承受不了丟掉臺灣的責任，總之現在是兩頭都不討好。
經過了好幾輪的爭吵和討論之後，董事會最終討論出了一個拆中的方案，還是向臺灣增派駐軍，但只增援陸軍，不派海軍，艦隊只付責將陸軍送到臺灣之後，立刻返回，不得與中華軍的海軍交戰。並且要求陸軍一定要守住臺灣，等待援助。
這樣一來反正援兵也派了，艦隊也不會打敗仗，董事會也就不會有責任。如果最終還守不住臺灣，那就是臺灣大員的責任了。同時董事會也決定派人趕回荷蘭國內救援，並且宣告，如果沒有足夠的援軍，東印度公司將很難保障荷蘭在亞州的利益。