為了追求大的利潤，在商家軍和清軍對持的時候，乃然有許多商人冒險將各種商品，穿過清軍佔領地區，運到浙江來販買。當然在透過清軍防區的時後，商人都會向他們進奉大量的錢財進行賄賂。而這一筆錢自然也都落入了私人的腰包中，因此各地駐守的清軍對此也是睜一眼閉一眼，畢竟和錢過不去的人還是少數。而且商家軍安插在南京、江淮的情報人員，也主要是透過這些途徑，把情報訊息傳入到浙江。
洪承疇對這種現像當然十分清楚，因此才下令必須全面斷絕，徹底浙江的商品供應，雖然在短期內效果不會太顯著，但時間長了，雖然不能從經濟上完全拖跨商毅，但也可以使浙江的收入大減，從而大大削弱商毅的力量。同時也可以加大商家軍的情報傳遞的困難。
對洪承疇這樣的安排佈置，多鐸也全力的支援，並且派自己的親衛隊組成監查隊，在各條防線進行巡查。
而在湖北地區，不過洪承疇到並沒有急於向商家軍的湖北根據地發動進攻，因為軍隊重新編組，調整都需時間。只是首先命令貝子尚善領軍駐守黃州，為下一步征剿湖北的商家軍做準備。而且封鎖得也更為嚴密，在雙方的邊境線附近，一屢不許駐留人口，房屋建築田園一屢拆毀。凡是敢和商家軍有來住的人員，一屢格殺無。要將商家軍在湖北的根據地徹底孤立起來。
因為洪承疇知道，商家軍在湖北的根據地還不能達到自給自足，需要浙江的支援，而浙江對湖北根據地的支援，主要是依靠長江水道，因此想要進攻湖北的商家軍，首先就要阻止商家軍從長江的援助。因此洪承疇也開始著手整頓淸軍的水軍。
自從清軍在龍山水戰失利之後，淸軍也重建了自已的水軍，前前後後又徵集到四五百艘大小船隻，不過清軍的水軍主要還是負責運輸大隊人馬，以及物資渡江，而不是和商家軍爭奪長江的控制權。而且清軍現在也知道商家軍水軍的厲害，除了上一次吳三桂冒險從儀真渡江之外，清軍根本就不敢在南京境內以下的江段活動，由其是這時商家軍佔領了江北的滁州、和州一線，因此清軍渡江的地點都設在池州府的銅陵一帶。以避開商家軍的水軍進攻。
這樣一來，從江淮傳遞到南京，都必須繞一個彎路。好在是目前江南的軍需主要都是由湖廣和本地供應，因此對清軍的後勤供應影響不大。
洪承疇是福建泉州人，雖然在明朝的大部時間都是在西北、西南剿匪，但對航海、艦船也並不算陌生。而且現在洪承疇也知道，商家軍在海上取得的戰績，可以說商家軍的海軍實力，足以和鄭芝龍一較上下了。而現在商家軍在長江上佔有絕對的優勢，在短期內，清軍是無法建立出一支能夠和商家軍相抗衡的水軍來。好在是清軍的目地並不是要擊敗商家軍的水軍，只是阻止搔擾商家軍從長江支援湖北戰區就行了。
這一點在目前來說，洪承疇相信淸軍還是做得到的。而且商家軍的船隊雖然強大，但主要是海船，能夠在長江中航行的戰船並不多，海船和江船的區別，洪承疇當然是清楚的。因此在長江裡，清軍的船隻絕對數量要出商家軍多，同時還佔有上游之利，這一點有長江中水戰，是十分有利的。龍山水戰之敗，大部原因是清軍不熟悉水戰，而且戰術不對的緣故。
於是洪承疇也下令，將清軍所有的船隻按大小進行重新編組，並且仍然將龍山船廠做為水軍的前線基地。不過洪承疇也不敢大意，只是在龍山船廠裡駐守三百多艘船隻，其餘的船隻仍然停泊在池州一帶。同時達繼續在長江沿岸徵集各種船隻，並且命令各造船廠也都繼續為清軍生產新船。
然後洪承疇又在湖廣、江淮等地招籌漁民充任水手，並從漢軍中選拔精通水性，並且會操舟計程車兵編成水軍進行訓練，製造水戰的武器，積極的備戰。
不過就在清軍正在積極準備的時候，商家軍卻主要出擊，分從水旱兩路，向南京發動了進攻。看首發無廣告請到品書網
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