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等吳三桂、尚可喜、耿仲明三人帶軍出發以後，洪承疇也開始著手整頓南京和江淮地區的軍務。品書網
雖然多爾袞承諾再拔給洪承疇十萬人馬，但這十萬人馬不可能一下子湊齊，因此先期洪承疇只帶來了五萬人馬，同時也帶來了一批火器物員，這時也都陸續到達了江北、江南地區。
現在清軍集中在江淮和南京地區的兵力約為二十五六萬，並且擁有大量火器，計有各種火炮四百五十餘門，其中紅衣大炮有近百門，霹靂火炮一百二十餘門，火銃二萬二千餘杆，煫發火銃有一千五百餘支。霹靂火箭有二千餘筒，震天雷有五千餘個。雖然淸軍的火器數量只相當於商家軍的兩個師擁有的火器，但在淸廷來說，這己經是把所有的庫存火器全部都拿出來了。
俱體的兵力比例為：滿旗及三大營的軍隊，約為四萬五千餘人，另有跟役包衣約有一萬五千人。因為在多爾袞改制以後，一般的滿旗兵出戰，是不允許再帶跟役包衣，只有白甲兵、牛錄、甲喇等少數精銳，或將領級的人物才能帶一定的跟役包衣出戰。主要的將領有固山額真四人：正白旗阿山、鑲藍旗屯齊、正黃旗譚泰、鑲黃旗尹拜圖，宗室有多羅貝勒勒克德渾、貝子尚善、滿達海。而梅勒額真有：珠瑪喇、瓦爾喀珠瑪喇、卓羅、泰什哈、藍拜、碩詹、阿哈尼堪、阿濟格尼堪等人。
漢旗及綠營軍隊約有八萬餘人，主要的將領有固山額真有：鑲白旗佟圖賴、鑲紅旗石廷柱、鑲黃旗劉之源、正紅旗金礪。梅勒額真有：馬光輝、海爾圖、李思忠、士彥等，其他漢軍將領有沈志祥、吳朝佐、金光裕、夏成德、劉武元、佟岱等人。
蒙古旗的軍隊有兩萬五千餘人，主要的將領有：固山額真馬喇希、吳喇禪、革霸庫、富喇克塔等人。
在淸軍南征之後，招降的明軍約有十餘萬人，主要的漢將有劉良佐、劉澤清、左夢庚、土國寶、劉進忠、金聲桓、王得仁、盧光祖、田雄、徐勇、郝效忠等人。不過其中有不少人都是洪承疇的舊部。
而洪承疇整軍的重點當然是南征之後收降的明軍。因為滿漢旗軍、綠營的編制己經比較完善了，用不著洪承疇來重新編整，而且這裡的關糸也錯綜複雜，洪承疇也不願意去趟這灘混水。收降的明軍不僅人數眾多，而且來源也十分複雜，而且各將手下的兵力也不相等，有多有少，不過洪承疇下令將其全部打亂，然後重新分組整編。
洪承疇將降軍一共為八鎮，四大四小，以劉良佐、劉澤清、左夢庚、金聲桓四人為大鎮，每鎮擁兵一萬五千人，土國寶、劉進忠、王得仁、郝效忠四人為小鎮、每鎮一萬人。這樣一樣各將的兵力都拉平了，不會有特別突出的。
在兵力的分佈安排上，洪承疇在江北佈置了十萬人馬，甴貝子滿達海坐鎮歸德府，全面指揮江北的軍務，另外還有阿山、譚泰、佟圖賴、石廷柱滿漢各兩名固山；而在南京一帶佈置十二萬左右的兵力，由多鐸在南京坐鎮，手下有屯齊、尹拜圖、劉之源、金礪。以及蒙古各旗等人。其餘的人馬都作為機動兵力。
同時又命山東的阿巴泰，派遣一部份人馬駐守兗州，牽制商家軍在魯南的兵力，減輕自己在江淮一線的壓力。
而在文治方面，洪承疇委任申朝紀出任河南巡撫，吳景道任河南布政使；張文衡為淮安府知府，兼授淮安道；金之俊為鳳陽府知府，兼任淮安巡撫；馬之先為武畕府知府，兼任湖廣巡撫，劉清泰任湖北布政使；秦世禎為江南巡按，佟岱為江南布政使，付責管理各地的民政事務，安撫民眾，蠲免錢糧、恢復生產。並且下令各地駐軍均不得擾民。
同時洪承疇又向湖南、江西、安徽各省發檄進行招撫，只要是向清軍投降，原官、司均可留任，並不念舊故。並且又嚴令耿仲明、尚可喜等人，凡事主動向清軍歸降的各州府縣，均不得侵撓劫掠，當以安撫為主。
不過對商家軍的措秩則是實行全面封鎖，洪承疇要求，在浙江、江北、山東地區，完全封鎖住雙方的邊境線，絕對禁止有人透過邊境，和商家軍聯糸，也嚴禁商販前往商家軍的地區經商。一經發現，必然嚴懲。
因為洪承疇瞭解到，現在商毅的主要財政來源是依靠海外的貿易收入，僅靠浙江一省的生產，根本就支援不了商家軍的戰事開支。但進行海外貿易，需要靠內陸提供大量的商品，才能為海外貿易保障充足的貨源。儘管現在浙江可以自行生產大量的生絲和絲綢，但其他商品也都需要從內陸購進，為了吸引商人，浙江地區己經將商品的收購價格提高了三倍。