經過了兩個多月的準備，把原計劃組建海軍第六分艦隊的新戰艦，也都大部份補充到長江艦隊來，並且又增加了一部份士兵之後，長江艦隊基本己經恢復到剛組建時的規模。
不過黃震等人在商議之後，決定將三個分艦隊的編制又重新調整了一下，第一分艦隊擁有三級巡洋艦二艘，四級驅逐艦十五艘，五級護衛艦八艘。共計戰船二十五艘，主要是付責仍然足在長江入海口至南京段江面作戰。而第二、三分艦隊分別包括有四級驅逐艦二艘，五級護衛艦三艘。六百料以下戰船十二艘。三百料以下戰船二十艘。共計各有戰艦三十七艘，主要是付責深入長江中游江面作戰。
釆用了新的編制以後，第一分艦隊雖然沒有一次編制的戰艦數量多，但卻沒有小型戰船，實際的戰鬥力反而増加了不少。而第二、三分艦隊的戰船也有所增加，總計戰船數量也達到了九十九艘。
聽商毅介紹了目前的戰局之後，黃震、何濱、易吉軒、南亞虎等四人也知道現在重新打通水路的重要性和緊迫性。不過在一次水敗仗之後，整個長江艦隊下都非常不服氣，也憋足了一口氣，一定要向清軍把這個敗仗討回來，而且在這兩個多月的時間裡，全艦隊都在努力的訓練如何應對清軍的火船進攻戰術。
他們到是沒有想到，報仇的機會這麼快就來了，因此也都立刻向商毅表示，長江艦隊己經完全做好了準備，這次出去，一定狠狠教訓一下清軍。報一戰敗仗的一箭之仇。
見到長江艦隊的指揮官們並沒有因為一戰的失敗而氣餒，依然保持著高昂計程車氣和鬥志，商毅也十分高興，不過商毅也知道，光憑血氣之勇是不能戰勝清軍的，而且在有的時候，戰意過於旺盛，也未必就是好事，因此也問他們打算釆用什麼樣的戰術來對付清軍的火船戰術。
黃震當然不會是隻懂說大話，其實這兩個多月的時間裡，他一直都在思考如何應付清軍的火船戰術，並且和何濱、易吉軒、南亞虎都作過詳細的研究和試驗，這時也早己是胸有成竹了。因此一見商毅問起，立刻和何濱、易吉軒、南亞虎等人在模擬沙盤演試了一番。
看完了黃震等人的演試之後，商毅也覺得十分滿意，按這樣的戰術，確實可以對付清軍的火船戰術，也可見黃震等人確實是下過一番苦功夫。因此也可以放心，於是商毅也立刻下令，讓長江艦隊再次出擊，主動向清軍發動進攻。
同時也和黃震等人商議決定，這一次長江艦隊還攜帶一部份彈藥武器物資出航，一但擊敗了清軍的水師之後，就由第二或是第三分艦隊立刻逆江而，將這些物資運送到湖北戰區去。
領命之後，黃震、何濱、易吉軒、南亞虎等四人也立刻連夜出發，回到通州，準備率艦隊出擊。
當然要給南京製造壓力，不僅僅只能依靠長江艦隊的力量，在陸路同樣也要對南京的外圍發動攻勢，才能造成足夠的聲勢。另一方面也是為下一步收復南京做準備。
因此商毅又下令駐守常州的楊武丞，再次進攻鎮江，而這一次可不是試探進攻，如果清軍從南京來支援鎮江，就在鎮江府境內與清軍對持，那怕與清軍決戰也再所不惜。
同時又命駐守廣德州的成進率軍出擊，進攻寧國府。一但商家軍攻下寧國府，南京就有被商家軍完全包圍的危險，因此這兩路進攻，都是清軍必救之地，也不怕多鐸不調鰲拜渡江増援南京。
當然最關建的一戰還是水戰，如果商家軍不能擊敗清軍的水軍，重新打通和湖北戰區的水路聯絡，就無法向湖北戰區提供支援，就算鰲拜部被調到南京，湖北戰區的局面也就不容樂觀。
因此雙方的水軍再次較量的勝敗，也成為這一次的焦點之戰。