淸朝在為商毅頭疼的時候，商毅確在浙江大張旗鼓的推行了一系列的法令
首先一條，就是清丈土地，重造魚鱗冊
清丈土地一直都在商毅的計劃之，從北京回來以後就開始進行了，只不過當時只是在杭州府進行，而現在商毅己經坐穩了浙江巡撫的位置，又挾持著大勝清軍的戰功，因此也在浙江省全省境內，開始全面的清丈土地
這條法令一發布之後，立刻引起了一片怨聲載道，由其是那些佔有大量土地的官宦富豪人家，都是一片反對之聲其實歷來朝廷要淸丈土地的時候，都會遭到許多人，由其是官僚集團的反對，原因到沒有別的，因為官僚集團，往往都是傾佔土地的主要成員淸丈土地損害的就是他們的現實利益因此主張清丈土地的官員，往往都會成為眾矢之的，甚致不得善終
但商家軍卻沒有這個負擔，一來是商毅在全軍的威信極高，只要是他做出的正式決定，基本上沒有人敢反對而在另一方面，商家軍進駐浙江的時間並不長，軍隊裡的骨幹成員還來不及在浙江購田置地，因此清丈土地也不會損害到他們的利益相反核實土地的數目，作為收稅的依據，也有利於増加商家軍的收入，在不損害自己利益的情況下，當然誰都希望商家軍朝著越來越好的方向發展
而唯一一個既屬於商家軍成員，又擁有大量土地的家族就是老林家，但林之洋心裡十分清楚商毅的目地，親身回家勸父親，主動交付自己家裡的土地實數
這個時候林正朔也終於顯示出一個老商人清醒的判斷力，知道和商毅對抗是沒有用的，因此也主動將家裡所有的土地數量都上報了並把傾佔，投靠的土地也全都退還出來何況林家的土地並不多，一共也只有一萬多畝，只能算一個上等地主，就算全交出來，損失也不大，相反還能借此修復和啇毅的關係
林家這一帶頭，其他反對的人也都無計可施，現在浙江的一畝三分地都是商毅說了算，就是朝廷也要讓商毅幾分，因此也只能認命
雖然也有幾個死撐不放的官宦人家，還以為自己家裡有點勢力，因此拒絕配合清查土地的工作人員，還有人摳打工作人員而這一次商毅可也不客氣，不配合的立刻全家查封，打人的一率關押，扔到礦場去作苦力殺了幾隻雞之後，群猴們果然就都害怕了，都老老實實的配合起來
其實商毅並不是要搶佔土地，而是查清土地數量，做為收稅依據，多產多收、少產少收，使收稅分佈儘量公平合理對一些實在分不清產權歸屬的土地，就由商家軍出錢購買而查實的多餘土地，也都分給無田的百姓，同時商家軍還出資購買了一批土地，使每一個農戶基本都能分到二十畝土地，能夠保證自己的基本生活但分配到土地的農戶將分期十年償還
當然清丈土地是一個長時間的工作，也不是能在幾個月內完成的，商毅也沒有多的時間來管，而是由商家軍剛成立的土地司來俱體付責，並且讓李巖重點關注同時又讓監查司嚴密監查在清丈土地的過程，是否有營私舞弊的行為
不過商家軍目前在浙江省還是實行三年免稅的政策，因此雖然大戶都反對清丈土地，但所有的農戶卻是實實在在得到了實惠，因此也都衷心的擁護這項法令
第二條就是商業稅
其實明朝的實際商業稅並不高，明初所定三十而取一的稅率，一直沿用到明末都沒有變但在實際的操作，各地都設有自己的稅關，名目繁多、稅卡林立，幾乎達到雁過拔毛的地步因此一般的商人，根本經不起這樣重重徵稅，只能找官員依附，形成了官商結合的局面，但有了官員在背後撐腰之後，商人連正常的稅收都敢於拒交，結果又走向了另一個極端
因此商毅首先禁止浙江省內各地私設稅卡，進入浙江省的商品只用交納一次入浙稅，就可以在全省內通行無阻，但無論商人有什麼背景，入浙稅都必須要交，絕不能減免而出浙的商品也是同樣，同時也對商品進行了細分，使各種型別的商品，都有自己的收稅標準，也減免了許多在俱體實施的可作的行為
這一項自然也引起了浙江大部份商家的反對，因為他們都是在官府背景，根本不怕各地的稅卡但商毅的態度也十分堅定，要麼接受，要麼就別在浙江做生意，反正在浙江實實在在做生意的商人也有不少，沒有他們還可以少許多麻煩而在商毅的強硬態度下，絕大多數商人也只能選擇屈服