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杭州這邊是喜事不斷，而這時的南京只能用一個字來形容：亂
自從商毅離開南京，史可法去江北督戰開始，南京就一直沒有消停過，首先是東林黨人大造“秦檜在內，李綱在外”的輿論，影射是馬士英將史可法排擠出了南京，但大局己定，於實事無補
而馬士英把持了朝大權，自然首先想到安插自己的人，於是說服朱由崧任命阮大鋮為兵部右侍郎
阮大鋮其實是東林出身，而且本身也頗有釆，但後來依附於魏忠賢，並且在崇禎初年，因為在政治投機站錯了隊，結果被劃為魏忠賢一黨，雖然在當年淸剿閹黨的時候，逃出了一命，但卻己被列入《逆案》之，即為永不錄用之意不過阮大鋮於馬士英有恩，同時馬士英也希望透過引阮大英入朝，為自己加個幫手
但閹黨和東林黨本來就是勢同水火，不能共存的，雖然過去了十幾年，但東林黨依然對當年的事情耿耿於懷，因此這一下自然是一石激起千層浪，劉宗周、黃宗羲等人為代表的東林黨立刻群起而攻之，不斷上書，不僅指斥阮大鋮是奸邪之輩，同時還指桑罵槐，責斥馬士英不顧先帝屍骨未寒，就欲翻逆案，是濁亂朝政的大惡之事等等
而阮大鋮的事情還沒有結果，在左良玉軍當監軍的巡按御史黃澍，受左良玉所託，入朝拜見朱甴崧謝恩黃澍也是東林黨人，同時又仗著自己有左良玉在背後撐腰，於是拜見完朱由崧之後，就在朝堂上當殿指責馬士英為奸臣，力數馬士英的罪行不僅邊罵邊哭，而且還上前大搧馬士英耳光使在場群臣，無不動容就連朱由崧也被驚得目瞪口呆
馬士英當然也不甘示弱，捱打之後，就在當場向朱由崧叩頭，請求辭職雖然在當殿得到了朱由崧的允許，但回家後，馬士英又立刻上書，嚇唬朱由崧說：“為臣一旦離京而去，四鎮皆失勢，朝大臣們肯定擁立潞王為帝”
同時和馬士英一起擁立朱由崧的秉筆太監盧徳，也在宮痛哭流涕的勸說朱由崧：“皇上您如無馬公，不可能正大位如果逐出馬公，天下人皆會認定皇上是忘恩負義而且，馬公在內閣，萬事擔當，皇上可以整日閒自在如無馬公，朝臣有誰肯顧惜皇上？”
朱由崧在別的事情上雖然糊途，但牽扯到皇位，智商也立刻能提升幾個檔次，一想也確實是這麼回事，因此立刻又重召馬士英回朝，並委以內閣首輔之職同時又下旨封馬士英推薦的阮大鋮為兵部左侍郎兼右僉都御史
與此同時高弘圖、呂大器、姜曰廣、劉宗周等人，也都不安於位，紛紛離職而去從此之後朝政大多都被馬士英和阮大鋮把持
公正一點的說，雖然在擁立福王這件事情上，馬士英確實是耍了東林黨一把，但在擁立這個問題上，東林黨本身做的事情也不地道，甚致可以說是把擁立大功拱手讓給了馬士英
而且馬士英並非是一無事處的人，在許多方面的能力還強不少東林黨人，在南明成立的早期，也未必沒有一些振作的想法，如果東林黨能夠接現實，承認馬士英的執政權力，雙方精誠合作，到也不是不可能把南明的局面維持下去，只可惜東林黨並不甘心接受失敗的局面，一心只想鬥倒馬士英，根本就不顧大局而且過去了十幾年，東林黨的鬥爭手段仍然一點長進都沒有，一如當年與魏忠賢相鬥時那樣拙劣，還是隻會上書，也不想想，在東林黨和馬士英之間，皇帝會支援那一方
雖然有吳甡在其盡力周旋，希望能夠保持朝廷的和平局面，可惜他一個人的力量實在有限，而東林黨內部其實也是一片散沙，吳甡根本就控制不住，結果終於成了現在的局面
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