當然南京朝廷在混亂之，到也不是沒幹一點正事，首先是要崇禎帝確定廟號和諡號，不過正事也是在爭論不休完成的
首先給崇禎定廟號是思宗烈皇帝，但南京守備勳臣趙之龍認為這個廟號不是太好，上奏要求改動朱由崧先是不許而禮部侍郎餘煜對據理力爭，說了一大通之乎者也之類的話，也不知道朱由崧聽沒聽懂，反正爭論了一番之後，終於改諡毅宗正皇帝
而在最關鍵的對外政策方面，無論是東林黨還是馬士英，卻都保持著高度的一致性，奉行借虜滅寇的政策，即借清軍的力量，剿滅大順軍
當然，南明朝廷在這時提出借虜滅寇政策，到並不完全是出於對形勢的誤判，當時資訊不通也有一部原因吳三桂獻出山海關、投降清軍的事情，只是一面之辭，現在還沒有得到南明朝廷的確認，至少從表面上看，也可以理解為吳三桂借來清軍，大敗李自成，是為崇禎報仇的舉動，甚至可以說是一心為明朝社稷的不貳功臣，也不為過而且清軍當入關時，也打得是為明朝報仇的旗幟而滅亡明朝，攻入北京，逼死崇禎皇帝的是大順軍，因此南明朝廷上下都認為，自己的首要敵人是大順軍而不是清軍，為先帝報仇雪恥才是最重要的，
同時，在目前南明朝廷內部關係尚未完全理順的情況下，和滿淸講和，並藉助吳三桂的力量，聯合清軍打擊大順軍，實行借虜滅賊的政策，並天真地認為此舉可以使清軍與大順軍在交戰兩敗俱傷，而南明朝廷趁機坐收漁利，不失為一種可行之策事實上不僅僅馬士英這樣想，就連史可法、劉宗周、黃宗義這些正人君也同樣是如此想的但他們都沒有清楚認識到，現在的南明朝廷面對的最大敵人不是“賊”，而是“虜”
儘管也有一些下級官員，如兵科給事陳龍、吏科給事章正宸等人，都曾上疏，提酲南明朝廷，不可盲目輕信滿淸的承諾，並且列舉出當年北宋借金滅遼、南宋借元滅金的歷史教訓可惜的是，這時在南京朝，並沒有多少人聽信馬士英和東林黨一邊鬥爭著，一邊積極準備安排北使團，並且己經確定了左懋第為使臣，去和滿清接觸，好實施借虜滅寇的政策
其實在南明朝廷的各官員心裡，對清軍都懷有一種很深的恐懼感，因為自從袁崇煥死後，滿清先後四次入關奔襲，並在關外發動大淩河、松錦之戰，在這場大戰，明軍都以慘敗而告終，儘管滿清在最後一次入關奔襲，商毅在濟南和青州都重創了清軍，但這只是一個區域性戰場取得的勝利，放眼整個戰役來看，依然還是明軍失敗
因此在眾人的潛意識裡，沒有人願意和清軍交戰，官是如此，武將們內心是膽怯，要知道他們連大順軍都打不過，又怎麼敢與打敗大順軍的清軍交戰呢放眼整個南方，真正不怕清軍的，還真就只有商家軍這一支人馬只可惜沒有人相信，僅靠商家軍就能夠抵擋得住清軍
當然借虜滅寇的政策本身並沒有錯，但無論講和還是聯合，都必需是建立在自身有足夠的實力基礎之上，南明君臣只是一味幻想借虜滅寇，但自身卻沒有任何進取的動作，只有偏安坐等之心，不僅喪失了趁亂收取山東、河南的大好機會同時也把自己的怯弱無能，逐步暴露在滿清面前
南眀朝廷於月間任命王燮為山東巡撫，丘磊為山東總兵，但這些都是表面章，因為沒有武力作後盾，委任的方面大員根本不敢赴任事實上南明朝廷的潛意識裡，根本就是打算放棄山東算了
而在這個時候，商家軍在山東大敗清軍，連續收復青州、濟南，生擒王鰲永的捷傳回到南京時，也使南京朝廷上下都十分尷尬的局面
不僅僅是馬士英，就連在東林黨內部，也有不少人心裡都在怪商毅多事，青州、濟南丟就丟了貝，好端端的沒事去惹清軍做什麼，雖然收復了青州、濟南，但都是兩塊燙手山芋，拿不得放不得，現在朝廷正準備派出北使團赴北，萬一在這個時候把清軍惹急了怎麼辦？但這話是沒法說出口的，不管怎麼說，商家軍是打了勝仗，總不能說商毅不該收復山東的失地
而且這個訊息也經過【杭州時報】傳遍了江南地區，在下層官員和士大夫之，也引起了很大的轟動，因為朝廷己經很久沒有在軍事上取得勝利了，因此這個訊息也是大振人心，而商毅和商家軍也得到了很高的評價，不少人都紛紛要求朝廷出兵，全面收取河南、山東之地
在輿論的壓力下，南明朝廷也不得不對商毅進行嘉獎，並且拿出一些實質性的行動出來，而當務之急就是要趕緊再派出一位山東巡撫，以表示朝廷絕對沒有放棄山東等地的意圖
但山東巡撫的人選卻是一個大難題，雖然商家軍在山東打了一個勝仗，但南京的官員對商家軍的戰鬥力到底多強並不清楚，而為重要的是，都看出南明朝廷在山東事務上依然是在敷衍，因此對山東巡撫這個差事，人人都避之不及，誰也不敢接這個燙手的山芋
在這個時候，吳甡才上奏，推薦這時在杭州閒居的原山東布政使孟宏恭出任山東巡撫雖然馬士英知道孟宏恭是商毅的一夥，但現在也確實是無人可派，因此也只好順水推舟，同意了吳甡的建議
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