反覆排練了好幾遍，謝非見演員們徹底練熟，招手將化妝師叫來：“給演員補妝！”
化妝師補妝後，現場開始清場，與拍攝無關的人員紛紛退出拍攝區域，等待拍攝開始。
電影第一個鏡頭跟許望秋無關，不需要出場表演，他就跟謝非一起站在曾練平的身後。
這個時代沒有監視器，拍電影的時候，導演往往都站在攝影機後面，從接近攝影機機位的地方觀察演員的表演。有些導演由於早年拍電影的時候總是站在攝影機後面觀察，以至於後來有監視器了，依然喜歡站在攝影機後面直接看演員的表演，呂克貝松就是如此。
副導演過來告訴謝非和許望秋，各組全部就位，可以正式拍攝了。
謝非轉頭看著許望秋，笑道：“望秋，你來發令吧！”
許望秋輕輕擺手：“今天我是演員，發令是導演的工作，還是你來！”
謝非也不矯情，大聲喊道：“下面我們實拍了！各組準備！”
各組有序行動，攝影機開動，錄音裝置開動，扮演省委領導的演員盧青站到牢房裡，扮演看守的演員拿著鑰匙，站在牢門外；吊杆員將手裡的長話筒支過去，開始收音。
場記拿著場記板走到攝影機前，將場記板對著攝影機鏡頭。
謝非大聲喊道：“打板！”
“第八場，第一鏡，第一條！”場記打響打板，退出鏡頭。
場記板上寫有攝影機機位、場次序號等具體資訊，主要是方便後期剪輯，否則剪輯師不知道哪個鏡頭是好的，哪個鏡頭是NG的，需要一條條去看，非常麻煩。同時，場記合上場記板會發出“咔”的一聲，這個是為了給聲音定位，方便後期進行聲音剪輯。
“開始！”謝非大聲發出最後的口令。
隨著“開始”的口令響起，演員們開始正式表演。
第一個鏡頭是監獄看守走到牢門前，開啟牢門的鏡頭，非常簡單，沒有任何難度。這個鏡頭拍完，謝非轉頭問許望秋：“你覺得怎麼樣？”許望秋剛才眼睛都沒有眨一下，看得非常清楚：“沒問題。”謝非又問攝影師曾練平：“攝影情況怎麼樣？”
曾練平點頭道：“沒問題。”
謝非馬上喊道：“這個鏡頭過了。下一個鏡頭準備。”
許望秋見謝非忘了錄音，提醒道：“還有錄音！你沒問錄音的情況！”
謝非這才想起《鋤奸》是同期錄音，必須在確定聲音沒問題後才能過，暗道我真糊塗啊，轉頭看向錄音師，問道：“老黃，錄音情況怎麼樣？”
錄音師回答：“錄音正常。”
謝非鬆了口氣，再次大喊：“這個鏡頭過。下一個鏡頭準備。”