項羽死後，劉邦稱帝，史稱漢高祖。
因樊噲堅守作戰有功再增加食邑八百戶。
漢初，異姓諸侯王反叛不斷，樊噲成為征討叛軍的主將。
先攻打反叛的燕王臧荼，俘臧荼，平定了燕地；楚王韓信反，樊噲隨高帝到陳，活捉楚王韓信，平定楚地。
便賜爵為列侯。
以舞陽為食邑，號舞陽侯；又以將軍名義跟隨高帝討伐了韓王信，斬韓王信，與絳侯周勃等共同平定了代地，因功再增加食邑一千五百戶；因擊退陳稀、曼丘臣軍，戰襄國，破柏人，先登，收取趙地清河﹑常山等共二十七縣，被提升為左丞相。
所部敗陳稀的胡人騎兵於橫谷，斬將軍趙既，虜獲代丞相馮梁、郡守孫奮、大將王黃等十人。
與諸將共同平定代地鄉邑七十三個。
高祖十二年又以相國職率兵擊燕王盧綰，平定燕地十八縣，五十一個鄉邑。
高帝把他的封邑增至五千四百戶。
總計樊噲戰功：跟隨高祖作戰，斬首一百七十六個級，俘虜二百八十八人；自己單獨領兵作戰，打敗七支軍隊，攻下五個城邑，平定六個郡，五十二縣。
虜獲丞相一人，將軍十二人，將官十一人。
樊噲成為漢朝從創立到穩定的重要將領。
樊噲一直跟隨劉邦左右，是劉邦的愛將。
後娶呂后妹呂嬃為妻，生有一子樊伉，因此與皇帝的關係就更加密切了。
可是他因是呂后妹夫，也險些被誅。
當初英布造反時，高祖病重，討厭見人，詔令守宮侍衛，不準大臣人見，群臣中就連周勃、冠英都不敢入內。
十幾天後，樊噲終於忍不住，帶領群臣“排闥直入”，推門徑直闖進宮中。
高祖這時正枕著一個宦官睡臥。
樊噲見到高帝痛哭流涕地說：“始陛下與臣等起豐沛，定天下，何其壯也！今天下已定，又何憊也！且陛下病甚，大臣震恐，不見臣等計事，顧獨與一宦者絕乎？且陛下獨不見趙高之事乎？”說得高祖笑著起來了。
公元前195年，高祖劉邦擊敗叛軍英布歸來，創傷發作病倒了。
剛回到長安，又聽說燕王盧綰叛變，就派樊噲以相國的身份率軍去討伐。