五月十九，鄭成功率軍軍抵達吳淞口，鄭成功派人秘密聯絡守衛此地的清朝蘇松提督馬逢知。馬逢知按兵不動，實際上是心懷觀望，要看鄭成功是否能攻下南京才決定公開表態。
六月初一日，鄭成功兵進至江陰，清朝文武官員憑城扼守。鄭成功接受諸將建議，以縣小不攻，率師西上。
六月十六日進攻瓜州，陣斬清遊擊左雲龍，破敵滿漢兵馬數千，截斷清方用鐵鏈、船隻連結而成的鎖江防線“滾江龍”，焚燬清軍江上浮營（又稱木城）三座，奪得譚家洲大炮數十門，使清方苦心經營的江防工事全部瓦解。
同一天，鄭成功的軍隊攻克瓜州，清操江巡撫朱衣助投降，鄭成功命援剿後鎮劉猷鎮守該城。
六月二十二日鄭成功統兵於在鎮江銀山大破清江寧巡撫蔣國柱、提督管效忠派來的援兵，清鎮江守將高謙、知府戴可進獻城投降。
鄭成功命右武衛周全斌、後衝鎮黃昭入城防守，降將高謙以熟悉地利留之協守，其部下兵馬調隨主力進攻南京。又派工官馮澄世為常鎮道，戴可進仍署知府事。
朱慈煊看著李定國帶來的訊息，猛然想起發生在七月的江寧（金陵）之戰。
七月初七，鄭成功主力乘船到達江寧城北的觀音門外。觀音門坐落於燕子磯附近，距離江寧主城尚有一段距離。
初九，鄭成功軍船隻進泊江寧城西北角的儀鳳門外江邊。
初十，鄭成功軍大隊人馬上岸，在儀鳳門外紮營。很快，鄭軍相繼在江寧內外城郭的觀音、金川、鍾阜、儀鳳、江東、神策、太平等門外紮營，共立83座營寨。
在各處營寨都安設大炮，並準備了雲梯、藤牌、竹筐、鐵鍬、鑿子等攻城器械。鄭軍於七月初十紮營於儀鳳門外，在接下來的10多天裡，並沒有對江寧城發動進攻。
七月初八，冷靜下來的順治帝派出安南將軍達素、固山額真索洪、護軍統領賴塔等人率八旗軍由北京南下，前往江寧增援。又任命江西提督楊捷為隨徵江南左路總兵官、寧夏總兵劉芳名為隨徵江南右路總兵官，各率手下人馬由江西、寧夏趕赴江寧。
但對江寧城中的清軍來說，這些人馬實在是遠水難解近渴。真正能指望的，只有江南和浙江兩地的清軍。
在鄭成功兵臨城下的10多天，江寧城裡空氣緊張。八旗指揮官喀喀木擔心城中的百姓為鄭成功充當內應，想要大開殺戒，以絕後患。
經兩江總督郎廷佐勸阻，他才打消了這個瘋狂的念頭。當時江寧城中家家戶戶緊閉門窗，連雞鳴狗吠的聲音都聽不到，一片肅殺死寂。城中糧價飛漲，百姓們又不敢出門買米，甚至有人因此餓死在家中。
江寧清軍一邊望眼欲穿地期盼各地援兵迅速趕到，一邊加強城防建設。
首先，兩江總督郎廷佐下令將城外靠近城牆的房屋燒燬，掃清視野和射界，並把近城10裡之內的居民全部遷入城中。其次，郎廷佐等人貼出告示，安定民心，同時強令商家出售糧食，穩定百姓情緒。
允許百姓進出水西門和旱西門兩座城門，購買糧食、柴草，運入城中。第三，派兵嚴密查訪，杜絕內應，並嚴懲乘機盜搶作亂之徒。第四，加緊儲備糧草，置辦武器，蒐集整修船隻。此外，增修船槳、繩索等物品，招募舵公、水手，為將來的水陸反攻做準備。
七月中旬，清軍援師陸續趕到南京。蘇州水師總兵梁化鳳於六月二十八日率四千兵卒由崇明出發，在蘇州與巡撫蔣國柱的撫標兵會合，七月十四日進至丹陽，傍晚時分連續接到總督郎廷佐四次調兵入援南京的羽書。
化鳳知道南京危急，連夜進兵，十五日上午到達句容縣，這裡是已經向鄭成功納款投降的地方，當天深夜即到達南京城下，郎廷佐等非常高興，開正陽門讓梁軍入城。
鄭成功部雲集南京城下後又滿足於附近州縣的納降，並沒有派出部隊切斷清軍入援之路。
在“圍城”的十二天裡，不僅梁化鳳部長驅直入南京，江蘇、浙江等地的駐防清軍也相繼趕到，至七月十五日蘇松水師總兵官梁化鳳親統馬步官兵三千餘名至江寧。
又有撫臣蔣國柱調發蘇松提督標下游擊徐登第領馬步兵三百名、金山營參將張國俊領馬步兵一千名、水師右營守備王大成領馬步兵一百五十名、駐防杭州協領牙他裡等領官兵五百名俱抵江寧。
浙閩總督趙國祚和駐防杭州昂邦章京柯魁派鑲黃旗固山大雅大里、甲喇章京佟浩年帶領駐防杭州披甲滿洲兵五百名，浙江巡撫佟國器派撫標遊擊劉承蔭領精兵五百名也星夜馳援，分駐南京上、下游的清軍也源源到達。
當鄭成功沉浸於守城清軍即將投降的夢幻之中時，清方卻在不斷調集援兵，力量的對比逐漸發生變化。