襲取廬江
袁術死後，袁術的長史楊弘、大將陸勉欲率部投奔孫策，不料被廬江太守劉勳截擊，全體被俘。而袁術的堂弟袁胤、女婿黃猗等人，也懾於曹操的威力，不敢守衛壽春，抬著袁術的棺木，帶領袁術的家小和部曲男女，到皖城投奔劉勳。劉勳的兵力驟然大增，但糧草不繼。劉勳便派堂弟劉偕向豫章太守華歆借糧，華歆也正缺糧，只好派人領著劉偕到海昏今江西奉新縣西）、上繚今江西永修縣），向劉繇的舊部告借三萬斛。劉偕去了一個多月，才借得兩千斛，於是報告劉勳，並讓劉勳領兵前來攻襲。
當時劉勳兵力相當強，孫策想借機解決掉，也寫信來，勸劉勳攻襲海昏、上繚。信中，孫策屈己下人，說：“上繚地方十分富饒，希望您能興兵討伐，我願出兵做您的外援。”劉勳決定攻取上繚。他悄悄率軍經過彭澤，來到海昏地方。當地守將堅壁清野，留下一座空城，劉勳一無所獲。
當時，孫策引兵西征黃祖，正走到石城今安徽貴池縣西），聽說劉勳已到海昏，立即讓孫賁、孫輔率領人馬駐在彭澤，準備攔擊劉勳，自己則與周瑜率兵兩萬繞襲劉勳的大本營皖城，一舉攻破，俘虜三萬多人。於是，任命李術為廬江太守，撥給他三千人馬保守皖城，其餘人眾，全部移往吳地。
劉勳聞訊大驚，星夜回軍彭澤，孫賁、孫輔出兵截殺，劉勳大敗，逃往流沂今湖北鄂城），向黃祖求救。黃祖派他的兒子黃射率水軍五千人來援，孫策揮師進攻，劉勳敗逃，投奔曹操，黃射也逃跑了。孫策又得到劉勳兩千多兵士和一千多艘戰船。於是，乘勝進攻黃祖。
大敗黃祖
建安四年199年）十二月八日，孫策進至沙羨今湖北嘉魚縣北）。劉表派侄兒劉虎和南陽人韓唏帶領長矛隊五千人趕來支援黃祖。十一日，孫策率周瑜、呂範、程普、韓當、黃蓋、孫權等將領同時並進，與黃祖軍大戰，黃祖幾乎全軍覆沒，韓唏戰死，黃祖隻身逃走，士卒溺死者達萬人，孫策繳獲戰船六千艘。孫策在給朝廷的奏摺中說：“臣身跨馬陣，手擊急鼓，以齊戰勢。吏士奮激，踴躍百倍。心精意果，各競用命。越渡重塹，迅疾若飛。火飛上風，兵激煙下，弓弩齊發，流矢雨集。可謂驚心動魄”。可見戰況之激烈。
輕取豫章
建安五年200年），孫策大敗黃祖後東進豫章，駐軍椒丘江西新建縣北），對虞翻說：“華歆名聞於世，但絕非我的對手。如果不早歸附，將來金鼓一震，戰局一開，生靈塗炭，在所難免。你先進城去，把我的意思說給他聽。”虞翻領命進城，見到豫章太守華歆，陳明利害，華歆舉城投降。孫策從豫章郡中分出一部分，設立了廬陵郡，任孫賁為豫章太守，孫輔為廬陵太守，而留中護軍周瑜鎮守巴丘。派遣太史慈為建昌都尉，治海昬，並督諸將拒劉磐，使劉磐不敢侵擾。
江東鼎盛
孫策平定江東，任命吳景為丹陽太守，朱治為吳郡太守，周瑜擔任江夏太守兼任中護軍，呂範擔任桂陽太守，程普擔任零陵太守，孫賁為豫章太守，孫輔為廬陵太守，自己任會稽太守，以虞翻為功曹，以張昭、張紘、秦松、陳端等為謀士，另外還有眾多武將如太史慈、孫河、徐琨、徐逸、黃蓋、韓當、宋謙、賀齊、董襲、周泰、淩操、蔣欽、陳武、全柔、鄧當、呂蒙等人。
曹操聽聞孫策平定江東，嘆息說：“猘兒難與爭鋒也！不能跟小瘋狗爭勝啊）”?於是，把親弟的女兒許配孫策的弟弟孫匡，又讓自己的三子曹彰娶孫賁的女兒。命揚州刺史嚴象推舉孫權為茂才，並發出征召命令孫策的弟弟孫權、孫翊到許都，想以此拉攏和牽制孫策的勢力。
遇刺身亡
孫策容貌俊美，且性格開朗、直率、大度，善於聽取部屬的意見，很會用人，說話又愛開些玩笑，有幽默感，因此贏得了士人、百姓的擁戴，士民都願意為他效忠。
廣陵太守陳登是陳瑀的堂兄之子，在孫策西征劉勳、黃祖的時候，陳登再次秘密派出間諜使者，將印綬給嚴白虎殘餘勢力，陰謀對付孫策，以報陳瑀被孫策將領呂範擊敗之仇，?孫策到丹徒後準備親自攻打陳登，準備在糧草籌集完備後出發。
孫策喜歡單身出行不設防備。當時，曹操和袁紹正在對抗，聽說孫策準備渡江北上襲取許都，曹操的將士們都十分驚恐，曹操的謀士郭嘉卻說：“孫策剛剛吞併了江東，所誅殺的都是些英雄豪傑，他是能讓人效死力之人。但是孫策這個人輕率而不善於防備，雖然他擁有百萬之眾，卻和他一個人來到中原沒什麼兩樣。如果有刺客伏擊，那他就不過是一人之敵罷了。在我看來，孫策必定要死於刺客之手。”後來果如郭嘉所料。
建安五年200年）四月，孫策在丹徒山中打獵。他騎的是一匹精駿寶馬，扈從騎兵被遠遠的甩在後面。忽然碰到三人，孫策問：“你們是什麼人？”三人回答說：“我們是韓當計程車兵，在這裡射鹿。”孫策說：“韓當計程車兵我全部認識，從沒見過你們”。說完向其中一個射箭，那個人隨著弓弦的聲音而倒下。餘下二人非常恐慌當即彎弓搭箭，向孫策射來。孫策在倉猝間，不及躲避，面頰中箭。這時，後面的扈從騎兵尋找到孫策，將刺客都殺死了。
據《江表傳》記載，許貢上表給漢帝，說孫策驍勇，應該召回京師，控制使用，免生後患。此表被孫策的密探獲得，孫策便責備許貢，並下令將其殺死。許貢死後，其門客潛藏在民間，尋機為他報仇，這次終於得手。
孫策中箭後，創痛甚劇。自知不久於人世，便請來張昭等人，託以後事。他說：“中原正在大亂之中，憑我們吳、越的兵眾，三江的險固，足以觀其虎鬥成敗。你們好好輔佐我弟弟！千萬不要回到北方去。”?《張昭傳》則記載，孫策擔心孫權不能勝任，把孫權託付給張昭，並囑託張昭說：“如果孫權不能勝任，請先生取代他的位置。如果無論如何都不能擔當克敵制勝保衛江東的重任，先生您可以慢步返回江北，無須心中有所掛礙。”
張昭等人屬意三弟孫翊繼承位子，但孫策叫來孫權，親自給他配上印綬，說：“率領江東兵眾，決戰兩陣之間，，橫行爭衡天下，你不如我；但舉賢任能，使其各盡其心，用以保守江東，我不如你。”約在當日四月四日）?夜裡因重傷而過世，享年二十六歲。?孫權悲泣不止，張昭勸說孫權，扶起孫權巡視軍隊，並把孫權繼立的訊息上表漢室，傳達下屬。
裴松之《三國志注》引《吳歷》記載，孫策受傷，醫生告訴他，說這傷可以治，但應好好養護，一百天不能有劇烈活動，也不能動怒。孫策拿過鏡子自照面目，對左右說：“臉成了這個樣子，怎麼還能建功立業！”奮起虎威，推幾怒吼，創口迸裂。當夜死去。
《搜神記》則說孫策死於于吉為祟：孫策殺死了一個叫于吉的方士，此後，每一獨坐，都感到于吉好像就在左右，心中惱火。這次調治箭傷剛有起色，引鏡自照，又見于吉立在鏡中，回頭看，不見于吉，如是再三。孫策摔破鏡子，奮力大吼，傷口崩裂而死。
身後之事
孫權稱帝追諡孫策為長沙桓王，為孫策立廟於建業朱雀橋南，?其子孫紹被封為上虞侯。
陳壽在傳後評論，孫策作為奠基人，但子孫未被封為王爵，孫權於義儉矣。實際上，這是陳壽對東吳不瞭解的體現，孫權以謙虛為美德，故此不願以漢代舊制過分推崇皇族，甚至多次拒絕群臣立親子為王的建議，這點在尚書僕射存和胡綜的上書中都有明確提及。孫盛從國家大局角度也持不同意見，當時天下局勢尚未統一，宜正名定本貴賤疏邈，不宜給與孫策之子更高的權力與爵位製造內亂機會，此為穩定局勢之必要行為，況天倫篤愛，孫權既已將孫策宗廟立於建業，應不會刻意吝於給予地位，這明顯是為了穩定國家局勢的必要處置方式。