渡江創業
吳郡都尉朱治是孫堅的老部下，過去曾任孫堅的校尉，太傅馬日磾在壽春的時候，任命朱治為副官，後又被任為吳郡都尉。他發現袁術政德不立，就勸說孫策趁機收取江東。於是孫策就去見袁術。孫策對袁術說：“我家舊日對江東人多有恩義，我願帶兵去幫助舅父征伐橫江。橫江攻克之後，我還可在當地召募士卒，大概能召募三萬人。那時，我再率領他們助您平定天下，謀成大業。”袁術明知孫策對自己不滿，但他認為，劉繇佔據曲阿，王朗佔據會稽，孫策未必能有什麼作為，就答應了他的請求，並表奏朝廷任命孫策為折沖校尉。?孫策遂率父親舊部和自己的數百門客東進。
一路上，不斷有人來投，孫策的隊伍不斷壯大，到吳景的駐地歷陽時，已有五六千人。孫策把東進的訊息寫信告知周瑜，當時，周瑜的叔父周尚任丹陽太守。周瑜帶兵出來迎接孫策並贊助軍糧。孫策大喜，對周瑜說：“有了你的支援，大事一定成功。”於是，孫策立即率部渡江參見孫策平江東之戰），進擊橫江、當利，相繼攻克，樊能、張英戰敗。接著，孫策連續出擊，所向披靡，沒人能抵擋他的鋒銳，而且孫策軍隊的軍紀嚴明，百姓們也都相當擁護。
擊走劉繇
興平二年195年），二十一歲的孫策在周瑜、程普和黃蓋等人的支援下，從歷陽渡江，首先打敗了牛渚營今採石磯）的劉繇，奪得倉庫中所有糧食和兵器戰具。勢力越發強大。
當時，彭城相薛禮、下邳相笮融都依附劉繇，奉他為盟主，薛禮佔據秣陵城，而笮融駐紮在縣南。孫策首先攻打笮融，斬殺五萬多人，笮融膽裂，緊閉營門，不敢妄動。孫策轉而揮師攻打薛禮，薛禮突圍逃走。這時樊能、於麋等人，又糾集兵士來奪牛渚。孫策立即回軍，打敗他們，俘獲萬餘人。然後重新進攻笮融：戰鬥中，孫策腿部中箭，無法乘馬，部下抬他回營療傷。有人對笮融說：“孫郎被箭射死了！”當時，孫策也才二十來歲，雖有官位名號，但人們還是都叫他“孫郎”。笮融聞孫策死訊，大喜，派將士與孫策部隊對壘。孫策先派幾百兵馬挑戰誘敵，而在後面設好伏兵。敵兵出擊，孫策部假作潰敗，引敵進入包圍圈中，然後一聲號令，伏兵盡起，斬殺一千多敵人。孫策乘勝進攻笮融營地，並命手下將士高聲喊話：“孫郎如何？”聲撼敵營，地動山搖，嚇得不少敵兵連夜奔逃。笮融見孫策還在，越發警惕小心，深溝高壘，嚴加守備。
孫策見笮融負險固守，一時難以攻克，便引兵南向，先在梅陵今安徽南陵縣）擊敗劉繇的別部，接著轉兵攻克湖孰今江蘇江寧縣南湖熟鎮）、江乘今江蘇句容縣北）等地。然後，整頓部隊，到曲阿與劉繇決戰。
劉繇與孫策交戰，遭到慘敗，逃往丹徒今江蘇鎮江市），孫策入據曲阿參見曲阿之戰），期間，太史慈一人與一騎面對孫策十三騎，太史慈與孫策二人單獨決鬥，孫策搶奪太史慈的手戟，太史慈搶走孫策的頭盔。後來雙方援軍到達才罷兵。
一開始，百姓們聽到孫郎兵到，都膽戰心驚，魂消魄散，避之不及，官長們也往往丟棄城池，竄伏草莽之中。後來，人們漸漸發現，孫策大軍所到之處，軍士們嚴遵將令，不敢擄掠百姓，雞犬菜茹，秋毫無犯。於是，百姓十分喜悅，爭著用牛、酒犒勞部隊。
孫策勞賜將士，發布文告，曉諭下屬各縣：“劉繇、笮融的鄉人和部下來投降的，一概不問；願意從軍的，可以從軍，並免除全家賦稅徭役；如果不願從軍，絕不勉強。”
文告發布後，來歸附者由四面八方雲集風湧，不長時間，就招得士兵兩萬多，徵集得馬匹一千多。自此，孫策之名威震江東。不久，劉繇又放棄丹徒西逃，孫策於是奪取吳郡。
與此同時，朱治從錢塘進攻吳郡，吳郡太守許貢在由拳抵抗朱治，朱治大敗許貢，許貢逃走依附山賊嚴白虎，朱治於是代理吳郡太守的職責。
袁術在壽春得知孫策擊走劉繇，上表奏請孫策為殄寇將軍。把吳景、孫賁、周尚等人召回壽春留為已用。派其堂弟袁胤取代周尚任丹陽太守，周瑜隨周尚到了壽春今安徽壽縣）。袁術發現周瑜有才，便欲收羅周瑜為已將。周瑜看出袁術最終不會有什麼成就，所以只請求做居巢縣長，欲等待機會投奔孫策，袁術同意了周瑜的請求。
活捉王朗
建安元年196年），孫策繼續進攻江東各地。當時吳人嚴白虎等各萬餘人，處處屯聚。吳景等欲先擊破嚴白虎等。孫策說：“虎等群盜，非有大志，此成禽耳。”於是引兵渡過浙江，直逼會稽。會稽功曹虞翻勸太守王朗暫避孫策的鋒芒，王朗不聽，發在固陵浙江蕭山縣西）阻擊孫策。孫策幾次發動進攻，均未能奏效。孫策的叔父孫靜獻策，建議聲東擊西，從查瀆進兵，出其不意，攻其不備。孫策依計。於是，夜裡一面到處點燃火把，迷惑、牽制正面之敵，一面分出兵馬悄悄從查瀆出擊。王朗出於意外，大驚，派周昕率兵倉猝迎戰，孫策斬殺周昕，長驅直入。王朗敗潰，帶虞翻乘船逃到東冶今福建福州）。孫策派賀齊追擊，王朗投降，孫策派張昭勸王朗投靠他，但王朗不肯，後來朝廷徵召王朗，孫策將王朗送至許都。孫策以朋友的禮節親自拜訪虞翻，虞翻投歸孫策，被重新任為會稽功曹，於是會稽平定。
同年，孫策開始向漢廷貢獻禮物。
決裂袁術
建安二年197年），袁術佔有傳國玉璽正式僭越稱帝，孫策給袁術書信，勸喻其不可，袁術不聽所勸，兩人於是絕交不再有往來。孫策還發書信勸說吳景、孫賁、孫香等親戚與袁術決裂，返回江東。
曹操派議郎王浦攜帶漢獻帝的詔書給孫策，任命他為騎都尉，襲父爵烏程侯，兼任會稽太守，並命他與呂布、陳瑀等一起討伐袁術。孫策覺得自己統領兵馬，騎都尉的職務有點低了，想得到個將軍的封號以自重。派人向王浦微露其意。王浦當即以皇帝的名義宣佈孫策權代明漢將軍。
當時，陳瑀軍駐海西今江蘇東海），孫策按詔書要求，整頓兵馬，要去與呂布、陳瑀會面，謀劃軍機，參同形勢。但他率軍走到錢塘時，情況卻發生了變化。原來陳瑀想要乘機奪取孫策的地盤。他派人秘密渡江，拿著三十多個印信給各地散寇及諸險縣大帥，讓他們作內應，等孫策的部隊一開拔，馬上攻取他的郡縣。孫策發現這一陰謀，大怒，派呂範、徐逸統兵直撲海西，大破陳瑀，俘獲他的將士、妻兒等共四千多人。陳瑀往北逃奔袁紹。孫策親自率軍擊破當地的鄒倫、錢銅、王晟、嚴白虎等多處割據勢力，於是吳郡平定。
袁術對孫策反對他稱帝十分惱怒，便拉攏丹陽的祖郎等地方勢力，並鼓動山越共同對付孫策。而太史慈也佔據涇縣，自稱為丹陽太守。
建安三年198年），孫策派徐琨趕走袁術所派的丹陽太守袁胤，平定宣城以東各地，迎接剛從袁術處回來的吳景擔任丹陽太守，之後孫策親自進攻丹陽涇縣以西。他先進擊陵陽今安徽青陽縣東南），擒獲祖郎，又進擊勇裡今安徽涇縣西北），擒獲太史慈。孫策平定丹陽回師的時候以太史慈、祖郎二人領軍為先導，全軍都感到十分榮耀。回吳郡後孫策拜太史慈為折沖中郎將，授祖郎為門下賊曹。於是丹陽平定。
這時，袁術之前任命的周瑜為居巢長，魯肅為東郡長，但二人知袁術難成大器，在孫策平定丹陽時相繼棄官渡江來投奔孫策，孫策親往迎接周瑜，拜建威中郎將，當即給周瑜增兵二千人，騎五十匹。又給周瑜鼓吹等軍用樂隊，興建府院住處，所贈賜的東西在軍中無人能比。周瑜引見魯肅，孫策對魯肅的才能十分驚奇，正準備任用時恰逢魯肅的祖母去世，魯肅送祖母的靈柩回東城安葬治喪。
孫策又向漢廷貢獻禮物，規模是建安元年196年）的兩倍。漢廷任命他為討逆將軍，封為吳侯。
建安四年199年），孫策得知劉繇逝去的訊息，太史慈提議為孫策招降劉繇殘兵，二人約定六十日內完成任務，於是孫策派太史慈前去招降劉繇餘下的一萬多士眾。當時群臣皆認為不可相信才剛投效的太史慈，但孫策力排眾議，堅持相信太史慈。太史慈果然招降了其劉繇餘部如期歸來，並把豫章郡的情況告知孫策，孫策與太史慈推心置腹的信任成為一時佳話，收編了劉繇餘部後，孫策將劉繇的靈柩隆重地送到其故鄉東萊牟平歸葬，並且帶回其遺孤撫養，受到王朗的來信《遺孫伯符書》稱贊。
孫策正準備與曹操、董承、劉璋併力討伐劉表和強弩之末的袁術，軍隊已經整裝待發，但是袁術已得病而死。孫策派張紘到許都結交朝中大臣，宣傳孫策在江東的功績，並表達對漢室的忠心。