由於湘軍全軍覆沒，滿清的中樞機構軍機處，也有了一番大變動。
擔任領班軍機大臣四年的漢臣彭蘊章，被咸豐逐出軍機。
彭蘊章堪稱是清朝歷史上第一位掌握實權的漢族樞臣，聖眷頗隆。
當年，江南、江北大營大敗，兩江總督何桂清逃往上海，閩浙總督黃宗漢投降革命軍。
這兩人都是彭蘊章的同年、死黨。
那時候，坊間便有議論，說彭蘊章要跟著倒黴。
沒想到，咸豐依然讓他領班軍機。
這其中別有奧妙。
因為肅順執政雷厲風行，權勢炙手可熱。
怡親王載垣、鄭親王端華，都以親王之尊，成為肅黨。
咸豐需要彭蘊章制衡肅黨。
沒想到，彭蘊章過於保守，不敢大刀闊斧改革，作為領班軍機大臣竟然壓不過肅順。
湘軍大敗，彭蘊章是領班軍機大臣，責任最大，被逐出軍機。
這個時候，清朝亡國之兆已彰，咸豐也顧不上平衡朝臣勢力了，乾脆讓肅順進了軍機。
肅順之外，軍機處又有穆蔭、杜瀚、匡源，兩滿兩漢。
穆蔭隸屬滿洲正白旗，為人最會做官，早年由官學生考授內閣中書，充軍機章京，遷翰林侍讀。
他是個典型的滿洲貴族，會做官而不會做事，為人和氣，不結黨營私，受到咸豐的重視。
穆蔭進入軍機最早，班次在前，充任領班軍機大臣。
但杜瀚、匡源皆為肅黨，穆蔭自知不敵肅順，在任上一無所見，“垂拱而治”
，對肅順唯命是從。
御前會議結束，幾位軍機大臣留了下來，與咸豐商量大事。
向來皇帝召集軍機大臣開會，關防特嚴，任何太監不得在場。
打簾子這種小事，都由排序最未的“打簾”
軍機親自處理。