安政六年中，就在以長州藩、四國藩為首的五萬藩兵圍攻京都城的第三天，皇城二條城內傳出二條天皇的聖旨：一條聖旨是封嫡親次子睦仁為伏見宮博恭親王，是為皇太子；另一條聖旨則是飭令城外的長州藩兵為叛軍，大逆不道攻打“天領”，責令速速退走，可既往不咎，又號令各方軍隊不可濫殺無辜，傷及百姓。
伴隨著回應聖旨的，是隆隆的火炮聲和殺喊聲。
京都城內外，數萬大軍已經早就做好了廝殺的準備，正激烈地戰鬥著。
京都這座千年古都，完全是模仿中國隋唐時代的長安和洛陽兩城，整個建築宮殿呈長方形排列，以貫通南北的朱雀路為軸，分為東西二京，東京仿照洛陽，只不過比例縮小了十倍不止，而西京模仿長安，正中間的，便是為皇城——二條城。皇城之內是皇宮，也就是所謂的二條御所，皇城之外為都城。
整個都城內街道呈棋盤形，東西、南北縱橫有秩，佈局整齊劃一，明確劃分皇宮、官府、居民區和商業區。這本來是一片繁華之地，但此時，卻是一片狼藉，濃煙四起，百姓哭喊一片的景象。
都城外，長州藩和四國藩的聯軍架設著僅有的百餘架火炮，對著京都城內便是一陣猛轟。而京都城牆上的三十多門火炮，根本不是城外火炮的對手，幾輪功夫，便啞火了半數之多。
這還不是最主要的，重點是京都城內，個居民區和商業區紛紛呢冒起了大火，濃煙滾滾。
會津藩的藩主松平容保領著會津藩兵和城防兵英勇地在城牆上同城外的聯軍作戰，京都所司代酒井忠義領著百餘城防辦精銳和新選組等數百名流浪武士在城內四處搜捕縱火的藩兵內應。
但城內的倒幕派武士也不下百人，四處放火更是難以防範，不到半日功夫，整個京都已經是一片火海。原本京都城內的百姓在以前的保元平治、應仁的戰火後，就非常懼怕火災。如今的大火比當初的火災看起來還要猛烈，哪還有人有心思救火，於是乎，城內的平民和商販紛紛出逃。這樣一來，原本守城的會津藩兵和京都城防兵便兵力不足，再加上被城內的亂民和夾雜其中的藩士奸細作亂衝擊，京都城的外城門一個不慎，便被城外的藩兵攻破了。
松平容保和酒井忠義連忙率領著數千手下放棄外都城，退守皇城。但此時，已經於事無補了。
京都城外，潮水般的長州藩兵和四國藩兵紛紛衝入被開啟的城門，進入京都城內。
長州藩的國司信濃、益田右衛門介二名家老護衛著藩主毛利敬親，親自領兵開始攻擊京都皇宮的蛤御門，鎮守蛤御門的正是會津藩的藩主松平容保，雙方展開激戰。國司信濃更是下令長州藩兵架設火炮，轟擊皇宮。
會津藩兵雖然英勇，但畢竟寡不敵眾，漸漸不敵，堅持半天之後，會津藩兵戰死近千人，京都城防兵死傷數百，眼見守不住了，松平容保率領一幫會津兵躲入皇宮之中，其餘的守軍盡皆逃散。
皇城也被攻破了。
御所的最深處，是一處御花園。
孝明天皇和皇妃中山慶子肩並肩站在一處山澗，看向山澗下的一處淺淺的水潭，漫山的綠葉紅花，一片盛夏的美景，但透過這些楓樹，身後皇宮處陣陣殺喊聲傳來。
沒過多久，一陣嘈雜的腳步聲進入御花園，幾聲慘叫響起之後，一名手持武士刀、身穿藍色羽織的年輕武士，面無表情，卻當先一腳踢開花園大門，領著數十名流浪武士衝了進來。
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