師：師只比旅高半級，同旅一樣，同樣為區域性獨立作戰單位。分為甲等師、乙等師二種。
師部內有師長、師執委、副師長、師副執委、師參謀長、副參謀長等人，同樣在師部內設立參謀部，由師參謀長主管。
師部內還設有直屬的警衛營、偵查營、傳令連、醫護排、炊事後勤排等。
甲等師含6個主戰步兵團，再加2個單獨的600人的炮兵團和1個600人的工兵團，還有1個400人的特戰營和1個400人的敢死營，合計9個團，計人。
乙等師含6個主戰步兵團，再加1個單獨的600人的炮兵團和1個500人的工兵團，合計8個團，計人。
軍：軍是設定的最大作戰單元，主要按地域進行劃分。
目前討虜軍整個設定為五軍，廣東境內的為中華討虜軍第一軍和第二軍，廣西境內的為第三軍，而湘南一帶，則為第四軍，原來湘江上的水師及珠江口水師，包括珠江沿岸炮臺等，劃為第五軍。
原有的“太平聖軍”職務廢除後，統一採用《中華討虜軍編制章程》中規定的軍職，所有原軍職人員，重新自上而下進行選用。
軍級人員目前暫不任命，師級以下，根據軍銜和職位，自動轉職。
《中華討虜軍編制章程》中又規定了軍隊的軍銜等級。
從高至低，依次為：
元帥，由馮雲山親自擔任。
將官：上將、中將、少將。
校官：大校、上校、中校、少校。
尉官：上尉、中尉、少尉。
士官：上士、中士、下士。
士兵：上等兵、列兵。
《章程》還補充規定了原來的太平聖軍層級和新的軍銜層級及配套職務的對應關係。
原來的太平聖軍中普通聖兵對應士兵和士官，根據入伍年齡和立功大小，進行劃分。
原來的兩司馬對應少尉軍銜，轉任班長或排長；
卒長對應中尉及上尉軍銜，轉任連州；