天下局勢已經明朗，李淵、王世充、竇建德三足鼎立之勢，已基本形成，三巨頭之間摩擦不斷，時刻準備決戰。在這種背景下，李子通全力進攻沈法興，渡江攻克了沈的重鎮京口，又擊殺了沈派來迎擊的大將蔣元超，沈主力喪失殆盡，只得放棄丹陽、毗陵，逃回吳郡老家。趁李、沈交戰，杜伏威以輔公佑為主將，闞陵、王雄誕為副將，領數千精銳進攻李剛剛奪取的丹陽。
但時機沒掌握好，沈法興敗得太快，李子通得以親率主力數萬迎戰，軍容極盛。輔公佑眼看眾寡不敵，情急之下活用了杜伏威對上募的那套手段，輔挑選千人持長刀為前鋒，又以千人緊隨其後，自己領其餘兵力再緊隨其後，宣言說，前陣有退後者，後陣斬之。江淮軍本就剽悍，再有如此嚴酷的軍法，自然人人奮勇向前，尤其前鋒的長刀陣更是有進無退。雙方一接戰，李子通部氣為之奪，當即敗退。
輔公佑忘記了自己兵力過少，下令追擊，結果反而被逼急了的李子通軍擊敗，從追擊者淪為逃跑者。當夜，李子通因取勝而輕敵，紮營不設防備，王雄誕力勸輔公佑夜襲，輔過於謹慎不敢出擊，王雄誕乾脆擅自領了幾百人自行出擊。王雄誕在李子通營中大肆縱火，李子通促不及防，大敗潰散，幾萬人一夜間散個乾淨。這一仗是杜伏威與李子通的決戰，關係到江淮的霸業，杜伏威先勝後敗最後全勝，戲劇性地擊破十倍於己的李子通主力。
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李子通隨即收集餘部，又聚集了二萬餘人，這時李的地盤已歸杜所有，勢力又遠不如杜，因此只好向沈法興下手。李子通突襲沈法興的老巢吳郡，沈根本沒來得及恢復元氣，自然不是李的對手，結果只剩幾百人逃了出來，打算投奔同鄉聞人遂安，不料又和聞人所部起了衝突，沈落水溺死，江淮三大勢力之一的沈法興就此了帳，從起兵到滅亡，僅三年時間。
李子通滅沈法興後勢力又有所恢復，為永絕後患，杜伏威派王雄誕進攻李子通。李領精兵據守獨松嶺與王相持，王看出李色厲內荏，派人多造旗鼓，夜間則虛設燈火，盡力製造數十萬大軍的假象。可能是上次被夜襲留下了嚴重的心理陰影，李子通草木皆兵之下，居然自行燒了營帳，連夜全軍撤退。王追擊到杭州城下，李部崩潰，李子通窮蹙投降，被杜伏威獻俘給李淵，就此被軟禁在長安。
消滅李子通後，杜伏威又派王雄誕進攻江淮間其他獨立勢力，這時杜已是江淮霸主，其老闆李淵更已經消滅大敵王世充、竇建德，天下大勢已定，因此各勢力如汪華、聞人遂安等紛紛投降，杜伏威完成了江淮的統一，盡有淮南江東之地。
李世民率部平定竇建德餘部劉黑闥和徐元朗，徐的地盤與杜伏威接壤，李世民借攻擊徐圓朗之機，陳兵杜伏威境上耀武揚威。當此之時，隋末蜂起的各路反王大多已經煙消雲散，梁師都、高開道、徐圓朗之輩或僻處邊疆，或滅亡在即，還能對李唐構成威脅的就是杜伏威了。
杜伏威自然明白李世民的用意，心中十分不安，擔心成為李唐下一個進攻目標，為免嫌疑，索性上書李淵，請求入朝，李淵收到報告後自然高興，批准杜伏威入朝，於是將江淮軍交給義子王雄誕，自己帶了少數親信到長安朝見李淵。杜伏威的主動獻忠心讓李淵很是滿意，同時也是為了在天下人面前做個樣子，李淵加封杜伏威為太子太保，位在齊王元吉之上，僅次於李淵、李建成、李世民三人，為大唐第四號人物。
這時在長安受到軟禁的還有一個人，那就是當年的吳國皇帝李子通。李子通看到杜伏威為羈縻於長安，李子通料想江淮軍沒了首領，江淮的局勢一定不穩，自己正可趁此良機回去混水摸魚，集合舊部東山再起。李子通此人待下寬厚，能得士卒之心，如果讓他逃回去，也許真能東山再起，可惜的是李逃到藍田關時不幸被守關士兵發現，束手就擒後又被押回長安。李淵這次沒再手下留情，給了李子通與李密相同的下場。
果然如李子通所料，杜伏威離開後，江淮軍出了大亂子，當年創立江淮軍時，最高領袖是杜伏威和輔公祏兩個人，二人自幼為友，長大後又共同起義打天下，號稱刎頸之交，輔比杜年長，杜就稱輔為兄，軍中稱輔公佑為“輔伯”，輔的地位與杜相當。但隨著勢力的壯大，在權力的引誘下兩人的友誼終於出現了裂痕，杜伏威認為輔公祏的地位過高影響了他的領導權，因此杜奪了輔的兵權，只讓他擔任位高而無權的僕射一職。輔公祏對此心中不平，於是藉口與故友左遊仙學神仙術，主動退出權力之爭，平時不理政務。杜伏威臨去長安時，將政務交給輔公祏，而將軍務交給了自己的心腹義子王雄誕，同時秘令王監視輔。
輔公祏畢竟不是甘心雌伏的人，杜伏威一走，他就和左遊仙密謀發動兵變，輔公祏的障礙就是王雄誕，王雄誕是杜伏威的義子和最寵愛的大將，絕對忠於杜伏威，王雄誕手握江淮軍軍權，不除掉他兵變就不可能成功。輔於是使出反間計，偽造了杜伏威的筆跡寫信給王雄誕，信中無緣無故地責備王雄誕有貳心，王雄誕在戰場上是有勇有謀的良將，但講到政治鬥爭就不是對手了，收信后王非常傷心，就此託病在家不再沾手軍務，大概是想以實際行動向杜伏威證明自己的忠心耿耿絕無貳心。
王雄誕的行為正中輔公祏下懷，就勢接管了江淮軍，又偽造了杜伏威密令，說在長安受到虐待，要輔公祏起兵造反。以輔公祏在江淮軍中的號召力，加上又有杜伏威的偽造密令，兵變非常順利，江淮軍宣佈脫離李唐重新獨立，輔公祏自稱皇帝，國號宋，以左遊仙為兵部尚書。直到輔公祏派人到王雄誕家中勸王雄誕歸順，王雄誕才終於明白自己上當受騙，但大勢已去，已無法阻止，王雄誕盡忠於杜伏威，嚴詞拒絕了輔公祏的勸降，被輔公祏殺害。後來李淵和李世民感於王雄誕的忠心，封了王的兒子為郡公，其子後來做到安西大都護。
自己的舊部造反，杜伏威在長安的日子自然可以想象，歷史中倒也沒有記載李淵是否因此而怪罪或處分杜伏威，但寄人籬下如坐針氈的滋味，恐怕是免不了的。杜伏威在長安暴卒，死因不明，據《新唐書》記載是杜伏威好長生藥，誤服雲母中毒而死，只怕中毒是有的，但如何中的毒就很難說了。
唐軍兵強將勇，輔公祏連吃敗仗，最後被處以死刑，大概是不甘心一個人上路，輔公祏向唐軍主帥李孝恭，揭發杜伏威才是謀反主謀，有密令為證，就是這回來的闞陵也是謀反中人。李孝恭隨即稟報李淵，說發現杜伏威才是謀反的幕後主謀，人證物證俱全，於是李淵動手剝奪了杜伏威的官職爵位並籍沒其家眷。秦王李世民即位，知道杜伏威和闞陵慘遭誣陷，為二人平反恢復名譽，以吳國公之禮下葬杜伏威，其子繼國承家，部將樊義監護喪事。
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