事實證明太平盛世裡訓練不出百戰精銳。中條時秀轄下一萬軍勢中有兩千五百人是經歷過水尾城合戰的強軍，這些滿身血腥氣的武士走在京都的大街上。就讓這些過慣京都富足生活的兵痞們位置畏懼，不經意瞥向來往行人的目光，就像雄獅撲擊獵物前鎖定自己目標時森冷無情的目光。
這群兇悍的武士到來給京都帶來影響有利有弊，好處是京都的治安突然變的就像坂本町那個級別，街上游蕩的城狐社鼠地痞無賴瞬間跑的乾乾淨淨，連那些潑皮浪人喝酒吃飯強賒賬的行為也突然間消失掉，整個城市變的十分安寧祥和。
弊端是太陽一落山京都被重兵把守，足利義輝親筆簽署的宵禁令下，京都的夜晚娛樂幾近停頓，公卿、富商以及文化人們被迫停下每日必不可少的飲宴，只能躲在各自家裡摟著姬妾胡天胡地，當然也有大膽的人趁著日落前跑到友人家夜宿他的家中，至於這些人夜裡都玩什麼活動就不清楚了。
只讓中條時秀一人入洛也是沒辦法的事情，足利義輝最初下達的命令是讓中條時秀與六角義賢共同入洛鎮守京都，無奈中條時秀死活不同意這個決斷，三淵藤英好勸歹勸都說不通，到後來連六角義賢也突然變卦改成不同意倉促入京，這讓幕府十分撓頭。
他們拒絕原因也很簡單，三萬大軍進洛中鎮守幕府，這宇治川南北兩岸就沒有軍勢駐紮，如果三好長慶命令那四萬大軍趁機殺向近江，無論是奪吉良家的坂本町、大津町、堅田町，還是六角家的觀音寺城，都將給兩家造成致命的後果，老巢被端還再守京都就沒有任何意義。
最後兩位大將與幕府達成折中協議，中條時秀入洛鎮守京都，六角義賢來到伏見山原吉良家的大營接替鎮守京都以東的重任，這樣好歹還有個掎角之勢互相馳援，再輔以吉良水軍對澱川流域的掌控力，到不用擔心近江會在短時間內被三好家奪取的危險。
七月中旬京畿的平穩局勢再起波瀾，三好長慶似乎等到他想要的答案，大致判斷出幕府方支援軍勢的實力，於是迅速調動大軍向京都殺去，他這一動就大大出乎所有人的預料，因為這次三好軍的進軍路線，不是傳統的渡過桂川而是換成丹波出兵。
當三好義賢、松永久秀、內藤宗勝所率領的四萬大軍從丹波殺入山城國的時候，京都內的公卿武士乃至眾多守軍全都傻了眼。萬眾期待的吉良水軍頓時失去依仗，內藤宗勝率領一萬軍勢直取京都北部的船岡山城。松永久秀率領一萬軍勢直奔京都城外的小泉城，而三好義賢所部則直奔京都殺去。
三好長慶作用近兩萬軍勢竟然坐鎮勝龍寺城一動不動，這時中條時秀才徹底明白三好家的戰略，總大將掌控桂川以南的廣大戰略縱深，同時鎮守住身後攝津國的局勢安穩，讓他的弟弟以及譜代家臣率軍進攻京都，自己帶著這近兩萬軍勢還能作為別動隊，在京都攻擊戰中最緊張的時候突然殺出來充當生力軍。以起到一錘定音的效果，這就是他所用的一石三鳥之策。
中條時秀能看出來，六角義賢自然也能看出來，於是他當機立斷留下五千軍勢鎮守大營，自己親率一萬五千軍勢越過鴨川進入鳥羽與三好義賢軍勢展開激戰，中條時秀在確定三好家的戰略後第一時間釋出命令，將京都七口全部封閉完全戒嚴。同時分兵支援京都外作戰的六角義賢。
菅沼定直接替小泉城城代，他所率領的一千軍勢需要直面松永久秀的一萬軍勢，菅沼定直的軍略只能用一般般來形容，讓他以一千敵一萬本就是一件極端困難的舉動，而這座小泉城年久失修，完全不能和勝龍寺城相提並論。甚至比船岡山城還要差上一籌，落在他肩膀上的壓力是非常巨大的。
船岡山城城代也換成更加善戰的一色直高，他所面對的則是同樣能征善戰的內藤宗勝，雖然他的軍略要比菅沼定直高出許多，但對面的內藤宗勝也比松永久秀更厲害。而且此人與吉良家有一箭之仇，攻擊的**遠比老謀深算的兄長松永久秀要高出一大截。
兩人面臨的局勢都十分危機。但京都南部的鳥羽原爆發的合戰更加扣人心絃，三好義賢率領兩萬軍勢突襲鳥羽口，這裡是京都七口之一也是自桂川方向進入京都的重要通道，三好義賢對這座關口勢在必得，而六角義賢與中條時秀都不願意放棄，雙方在此展開耗時長久的戰爭。
三好義賢的兩萬大軍對陣六角義賢的一萬五千軍勢，以及大河內國綱率領的五千援軍，在軍勢數量上雙方是持平的，但三好義賢的軍略明顯要比後兩者強出一截，而且因為吉良軍與六角軍之間的齟齬，在配合上難免產生較大的問題，三好義賢趁機切割兩軍之間的縫隙險些將兩軍給分割包圍。
還好大河內國綱對著突破切割口展開攻擊，成功挫敗三好軍的圖謀，雙方的軍勢在鳥語口外幾經反覆糾纏在一起，隨著太陽落山最終還是罷兵還營，三好義賢將大營設在鳥羽口外不遠處的香泉寺做出長期作戰的架勢，六角義賢則在鳥羽口外紮營，大河內國綱退回鳥羽口內與吉良軍的守衛一起駐紮。
距離只有半里路之外就是丹波口外紮營的松永久秀，他主攻的方向就是丹波口外的小泉城，而內藤宗勝已經成功的突破京都七口之一的長坂口駐紮在船岡山下，直接威脅到京都的安全，中條時秀不敢放任此人攻入京都腹心，只能將三千五百幕府守軍留在二條御所待機，自己率領三千軍勢也留守二條御所彈壓幕府守軍，還要時刻盯著南北兩邊的變化謹防出現危機。
戰爭從七月初一直持續到七月底也不見結束的樣子，三好軍展現出兵力上的巨大優勢，穩紮穩打步步為營慢慢壓縮吉良軍與六角軍的活動空間，並在七月底攻破小泉城，並將吉良軍守將菅沼定直討取，城內守軍一千人無一倖免，這是吉良軍迎來的第一場慘烈的失敗。
這場激烈的籠城戰耗時近一個月，松永久秀為攻陷此城可謂是煞費苦心，斷水斷糧誘騙調略騷擾強攻等等手段，最後還是憑藉人多硬磨生生磨死人數稀少的小泉城守軍，為攻陷此城松永久秀還付出三千六百多條性命才艱難拿下。
攻陷小泉城之後，三好軍滿心歡喜的以為能撈一票大的，結果遍尋城內發覺連一粒糧食都沒有，幾處存放兵糧的小天守乾淨的可以跑老鼠，天守閣被一把火燒的一乾二淨也沒有金銀珠寶之類的財物。軍械鎧甲破破爛爛沒有一件完整的，灰心喪氣的三好軍勢只能拿城外的數千居民撒氣。就這樣這些倒黴的居民又無端遭受兵火之災，只能連夜拖家帶口向京都城內逃避。
小泉城被破成為改變戰場局勢的一件大事，隨後半個月情勢突然急轉直下，一色直高把守的船岡山城因為城內的糧草被消耗一空而被攻破，索性城外的援軍中條時秀拼命掩護著他總算從內藤宗勝的虎口脫離出來，可是一千守軍已經所剩無幾。