京都的町民們在右京為大館高信等戰死的奉公眾立下墳冢，並擺上鮮花瓜果糕點等貢品為死者祈福，從此以後六月二十八日這一天，便成為祭奠為守衛京都而死的幕府武士的公祭日，三好長慶聽到這個訊息也是感嘆世事變化竟讓他走到與幕府對立的丑角上。
其實三好長慶本人很尊重這些戰死的武士，無論任何時代為忠節而死的志士都是值得尊敬的，正因為三好長慶的信仰缺失永遠做不到這些為幕府拋頭顱灑熱血所做的壯烈之舉，只能默默的為死去者祈福希望這些人將來能脫離地獄苦海往生極樂世界。
隨同三好家送還遺憾的還有一位三好家的使者三好長逸，他送來的一封三好長慶署名的親筆信，三好長慶在信中奉勸幕府公方及幕府眾不要做無謂的抵抗，那樣只會徒增傷亡還會毀掉京都千年的繁華鼎盛，身為幕府之臣僚理應為幕府基業貢獻一份力量，希望幕府公方能夠理解他的良苦用心。
足利義輝看到這封親筆信的時候，那真是恨不得親手掐死這個傲慢的三好長慶，竟然敢當著他這個幕府公方的面說出如此厚顏無恥的言辭，相比之下吉良義時那點問題可真不算個事，完全可以稱得上一個忠臣良將、良師益友。
身為幕府公方他怎麼可能接受這麼無恥的言辭，當場翻臉將書信摔在地上，指著三好長逸呵斥道：“好一番良苦用心，好一番真心實意！餘未聞有如此做派的幕府忠臣。更從沒見過用兩萬軍勢突襲圍攻餘的支城殺害餘的忠臣，屠滅一座城裡的兩千軍勢。此等大逆不道的行徑果然是良苦用心，真心實意！哼！爾等且回去告訴三好修理大夫，餘為室町幕府徵夷大將軍誓與京都共存亡，他的大軍只管殺進來，看看到底是三好修理大夫的太刀鋒利，還是餘的忠臣猛士更多！”
三好長逸被足利義輝一通義正詞嚴的呵斥罵的滿面羞慚，只得抱頭鼠竄掩面而逃，跑到幕府來傳遞這等厚顏無恥的書信也難怪足利義輝要發飆。雖然自明応政變以來幕府幾經起伏，出現將軍被廢又復起再被廢，同時樹立兩個將軍等離奇的故事，但實際上操控這一切的始終是足利將軍家的一族管領細川氏。
半將軍細川政元發動明応政變廢除足利義材，迎立足利義澄為新一任將軍，細川高國給予大內義興管領代的職務聯合上洛發動船岡山合戰，重新迎立已經改名的足利義稙擔任將軍。最後是細川晴元支援足利義維擔任將軍，六角定賴支援足利義晴擔任將軍，最後細川晴元選擇與足利義晴和睦，並拋棄足利義維這個傀儡。
這一連串的變亂代表近七十年畿內的政局走向，自始至終都是管領細川家主導畿內的遊戲，細川政元廢立將軍鬥倒畠山政長。細川高國獲得大內義興的支援再次稱霸畿內，以及細川晴元的復霸京都全是細川家主導著，唯一的外人大內義興很快就死在返回西國平定尼子經久的途中。
可這次卻決然不同，叱吒京畿兩百多年的細川京兆家完全衰敗，而崛起的卻是前任管領細川晴元的家宰三好長慶。他崛起的方式是用時下流行的下克上，將主家擊敗並幽禁於攝津國普門寺中。此法也說不上多麼惡劣，最多是一些堅持幕府法度的衛道者痛斥幾句。
可隨後三好家的胃口越來越大，竟然要學半將軍細川政元一邊操控傀儡新管領細川氏綱，另一邊操控另一個傀儡幕府將軍足利義輝，從十年前第一次輕車簡從的上洛開始，經歷深草合戰、桂川合戰兩次重創依然賊心不死。
到如今才渡過七年，又一次率領六萬軍勢殺向京都強行要挾幕府將軍，而三好長慶的人生標籤早已經被打上叛臣、逆賊等惡劣的名號，若不是有六萬軍勢稱霸瀨戶內海，掌控半個近畿的強大威勢，早就被蜂起的國人軍勢攻滅。
別看足利義輝這一番義正詞嚴的呵斥把三好長逸攆走，其實幕府手中的依仗失去一半如今非常虛，引以為豪的精銳前後搭進去六千人，只有四千餘沒來及渡河的殘兵敗將退回京都固守，算上二條御所的一千留守軍勢，以及船岡山城、小泉城、吉祥院城的以前軍勢，加在一起能動用的力量只有六千人。
這六千人裡有近半是山城國人眾，他們的同伴親友不少人死在桂川突襲戰以及勝龍寺城中，巨大的打擊幾乎將他們計程車氣完全摧毀，百年紛亂讓山城國人一個個信仰缺失，早就不懂什麼叫做忠誠，他們可以確定許多被殺的同伴絕對不是處於本心死去。
山城國人眾動搖了，他們無法把自己的利益捆綁在幕府身上，天生的牆頭草也不是一朝一夕就可以變成忠臣猛士，幾乎在一夜之間這些曾經毒咒發誓說要效忠幕府的山城國人眾，開始主動拉開與幕府的關係，藉故推託守衛京都的職責拋棄幕府給他們的武器裝備逃回自己的家鄉。
不是他們的素質太高主動歸還，實在是眼下的局勢晦暗不明，這些牆頭草實在不敢貪圖這點小便宜，生怕吉良軍再來個絕地大反擊把幕府救回來，到那時他們這些牆頭草就會因為曾經卑鄙偷盜行為而被幕府捉拿，就山城國人眾這身板根本不是吉良軍的對手，更不用說半殘的狀態下更缺乏話語權。
七月初一足利義輝一覺醒來發現自己的軍勢減少一半，兩千六百多名精心培養的武士足輕拋棄身為幕府軍的職責跑回家，有些人留下書信掛冠而去，有些乾脆什麼都沒留下就一聲不吭的跑路，得知實情又把足利義輝給氣的不輕。
足利將軍家的軍勢從鼎盛時期的號稱“萬餘騎”。瞬間跌落到只剩下三千五百多軍勢的低谷，雖然這點軍勢還是比當年只有一百多奉公眾強出幾十倍。但以前的苦日子誰願意去再嘗試，好日子過習慣沒人想承受大落差的艱苦生活。
眼下京都只剩下三千五百多幕府軍作為守備，除此之外攝關、清華、大臣絕愛到是有不少類似的半公半武的武士莊官，但在京都的這些人加起來也不過幾百人，看家護院震懾宵小的覬覦保住產業或許還行，讓他們去上陣對付強橫的三好軍根本是送死，他們那點水平也就打打浪人，在究竟戰陣的精銳軍勢面前根本上不得檯面。
可是幕府的三千五百餘軍勢也因為同僚一聲不吭的離去陷入動搖。他們多數是來自各地的浪人武士，還有少部分是五湖四海的武家庶子，來到幕府謀功業獲福利享受京都的太平繁華是第一目的，但這裡面絕對沒有送死當炮灰這一條，他們不相信自己有能力模仿吉良義時，因為他們實在太差了點。
志向遠大的浪人都跑到近江坂本投軍，貪圖安逸的浪人跑到京都投靠幕府。原以為失去吉良義時的庇護，坂本這座飛速躥起的城市早晚要遭遇兵火的洗劫，最後就像許多彗星那樣在天際劃過一道痕跡然後消失，結果坂本沒有受到任何戰火打擊，到是京都要面臨巨大的危機。
戰爭是勇士之間進行的搏命遊戲，怯懦者在一開始就註定將被淘汰出局。幕府參與的三千五百軍勢在接下來半個月裡幾經動搖隨時面臨星散的危機，足利義輝費盡心機彈壓許以各種好處，又抬出若干名頭恐嚇都沒有用，最後還是請中條時秀的一萬軍勢駐守京都，才把這些鬧事的傢伙全部彈壓下去。