在原本的動畫中，很多人對於猿飛日斬一直放縱團藏而感到奇怪，有人認為是因為日斬對於團藏有虧欠之情，也有人認為這是日斬想要找個背鍋的人才一直默許團藏的所作所為。
其實猿飛日斬沒有想那麼多，因為他至始至終都認為團藏是和自己一頭的。
為根組織就是應他而生的，沒有他就沒有根組織，根組織所做的一切都應該是以自己為出發點的。
哪怕是方法不對，可最終結果肯定是有利於他的。
直到後來被刺殺猿飛日斬才看清楚了根組織並不是和他一條心的事實。
但就是這樣他也沒有對根組織動手，而是回去敲打了一番團藏又輕飄飄放過了。
根組織是不安分，猿飛日斬心裡也清楚。
可你要說猿飛日斬會擔心根組織，那真是想多了。
根組織和暗部比起來差太遠了，團藏再了不起也只是在那個一畝三分地上玩，只要猿飛日斬不給他把圈畫大，他就只能在那一小撮地方撒野。
就像動畫中那時候一樣，猿飛日斬直接將根組織解散了，讓團藏回去反省，什麼狗屁武裝力量還不是火影一句話的事情。
這又是為什麼？
為什麼宇智波警備隊猿飛日斬幾次三番針對都不敢玩大，暗部晉升個隊長都要開數次會議討論，到了根組織這邊就這麼輕易的解散了？
因為根組織說白了就是火影的私人武裝力量，是不在木葉的武裝體系中的。
別看團藏掛著個根組織的首領這個名頭，可實際上他在木葉的主要職責是火影長老團成員。
根組織首領什麼的頭銜在木葉壓根是不受認可的。
說到底，根組織的性質和二代時期的精英護衛團是一樣的，都是火影私人保護部隊。
要不然豬鹿蝶這樣的忍族為什麼明知道根組織是個火坑，還一個勁的往下跳啊！
後來猿飛日斬意外身死，根組織就脫離了暗部的控制，在兩個長老的支援下徹底從木葉獨立出來。
連綱手這個五代火影都無法控制，從一個火影的武裝部隊變成了團藏的武裝部隊。
可就算如此，根組織也沒有獲得木葉的認可，反倒是更加隱蔽了。
直到團藏擔任了火影，將根組織又重新和暗部合併，這個私人組織才又算是迴歸了火影的手下。
之後才在第四次忍界大戰後被綱手徹底刪除了。
從這點來看，作為火影的私人部隊，根組織這些年做得惡事直接算在火影頭上是沒有一點問題的。
就算有團藏在一旁背鍋，可硬要說猿飛日斬一點不清楚也不現實，那他這個火影當得也太廢物了。
他必定是知道的，但是他不在意。
因為根組織對付宇智波家族真是一把好手，動畫中把宇智波家族逼入絕境，猿飛日斬他們佔40%，根組織至少在其中貢獻了35%的力。
也正是因此源漱義才一直看不上猿飛日斬這個人。
他滿口的火之意志，將村裡的人都當成一家人之類的。
可真實行動中，不僅將宇智波家族設定為敵人，還連根組織迫害村裡人都不管不問。