傳統歷史認為，摩尼教傳入華夏是在武則天的延載元年，也就是公元694年，不過根據最新的考古記錄來看，十六國時代，這一宗教就已經在民間流傳。
至於在武則天時代進入官方視野的原因也很簡單，因為一代女皇武則天認為自己是彌勒佛的化身，於是摩尼教就冒充成佛教的分支成功的進入了中原。
為了達到這一目的，他們選擇了波斯人拂多誕偽裝成高僧向武則天獻上了《二宗經》。
所謂的二宗實際上就是摩尼教裡的光明和黑暗之神，不過為了讓信仰佛教，尤其是彌勒宗的武則天接受，這本經書使用了佛教語言，甚至摩尼也變成了彌勒的化身摩尼光佛。
顯然，這一事件本身絕不像表面上的那麼簡單，《二宗經》能夠被漢化並偽裝成佛經只有一種可能，那就是這個宗教實際上在民間流傳了很多年，所以才會有這一舉動。
更重要的是，拂多誕能夠見到皇帝也必然有著朝廷和佛教界的位高權重者引薦才可能做到，這很有可能動員了整個摩尼教教會的力量才做到了這一點。
不過這種瞞天過海辦法並不能維持太久，武則天死後，唐朝復辟並以道教為主信仰，對摩尼教既然開始了壓制。
開元二十年七月，唐玄宗在看完摩尼教教義之後下達旨意，認為這一宗教妄稱佛教，蠱惑百姓，禁止在中原傳播，但允許在西域人中繼續傳播。
但回鶻汗國這個時候接受了摩尼教，因為絲綢之路的貿易是這個國家財富之本，而往來於這條道路上的粟特商人主要信奉的就是摩尼教。
而在安史之亂後，作為唐朝最大的盟友回鶻受到了唐朝的優待，甚至解除了開元年間對於摩尼教的禁令。
於是短短半個世紀之後，這一宗教迅速從長安發展到了整個中原地帶，成為了僅次於佛教和道教的第三大宗教。
然而唐朝統治者從內心裡是厭惡這一宗教的，之所以允許它存在和擴張只不過是為了結盟而已，因此在回鶻滅亡之後，這一宗教立刻受到嚴厲的打擊。
在回鶻本土，摩尼教信仰依然在高昌王國中盛行，並以此為基地傳播向西域各國，直到14世紀西邊另一宗教的入侵才徹底結束了本地摩尼教的傳承。
不過這種結束只是明面上的結束，作為秘密教派，這一宗教一直在少數人之間傳承到19世紀，而華夏之前發現的摩尼教編輯繪畫，宗教場所遺蹟也基本上出土在這一地區。
而在中原地區，公元842年，唐朝關閉了荊州，揚州，洪州，越州等地的摩尼教寺院，公元843年，又沒收了長安，洛陽，太原等地的摩尼寺產業，焚燬經書畫像，並在京城處決了72名僧侶。
當然，這一行動並不只是針對於摩尼教，主要是因為當時在位的唐武宗開始了滅佛運動，順帶打擊了其他所有的外來宗教，比如說景教，拜火教等。
不過自從這次打擊之後，摩尼教就再也沒有在華夏地區公開傳播過，同時因為那些外國的摩尼教徒隨著回鶻摩尼教團遠去西域，留在中原的摩尼教喪失了與他們的聯絡。
當武宗的滅佛運動打擊到摩尼教的時候，一部分教徒逃亡到了當時藩鎮割據的東南沿海地區，並轉入了地下並藉機徹底本土化，以明教的身份重新出現。