就在帕傑羅等待軍事派和科學家派相互和解，然後攜起手為帕傑羅科學發展做出貢獻的時候，兩派之間的仇怨卻越來越激烈。兩派不但在媒體上相互指責對方，相關的行動也開始展開。經過五十多年的發展，兩者更是到了不死不休的地步。每一次召開會議的時候，雙方就會開始無休止的爭吵。
以至於那些秉持中立立場的帕傑羅人不得不選邊站隊，因為一旦他們不做出明確的選擇, 就會在這場戰爭中被當做異類對待。
沒錯，當帕傑羅人終於從咕嘟獸的陰影下掙脫出來後，又陷入了內部的分裂。原來只是兩派人對於帕傑羅文明發展途徑的爭論，正式開始撕裂帕傑羅文明。
由於帕傑羅軍事派掌控了大部分軍隊，他們自然擁有了天然的優勢，逐漸佔據上風, 畢竟再利索的嘴皮子也不可能比一顆子彈厲害。
軍事派掌控著的軍隊開始封鎖科學派的實驗室, 並且向外界宣告那些科學家們正在製作可以屠殺所有帕傑羅人的武器。這是一個相當荒謬的藉口，因為帕傑羅人當時正處於一級文明的頂端，能製作出來的威力最大的武器也只不過是核武器，壓根無法對全帕傑羅人造成傷害。所以大部分帕傑羅人壓根不相信。不過帕傑羅軍事派並不指望他們相信，他們只需要一個藉口，一個可以大肆屠戮科學家們的藉口。
沒錯，帕傑羅軍事派已經對於讓科學家們臣服失去了耐心，他們決定從肉體上把這些頑固的科學家們消滅掉。
於是，軍事派開始籌劃計劃，不過他們也知道這次行動會引起巨大轟動，可能會讓大部分帕傑羅人反感，於是在任務執行的時候，必須靜悄悄的，更加關鍵的是，必須選擇一個帕傑羅大科學家都聚在一起的場所。因為只有那樣才能一舉把那些頑固的科學家們殲滅。
和咕嘟獸的戰爭中，軍事派的領導人變得異常有耐心，他們等待了足足五年，終於等到了帕傑羅大科學家們聚集在一起機會，然後立刻迫不及待的發動攻擊。
所有的耐心總會有所回報, 待帕傑羅軍事派把那個用作實驗室的地堡團團圍住的時候, 大部分科學家都在地窖裡。面對全副武裝計程車兵，科學派的科學家們開始拿起武器全力反抗，當然，戰爭的結果以帕傑羅科學家們的失敗而告終，他們留下的只是一具又一具屍體，然後軍事派的人又用燃料把地窖全部都清洗了一遍，直到地窖內看不出任何戰鬥的痕跡，所有計程車兵才算是撤出地窖。
然後軍事派的首領對外發布訊息，聲稱帕傑羅科學派的大科學家們在一次實驗中，一不小心，意外事故導致了實驗失敗，而實驗失敗的結果就是發生了一場大爆炸，所有參與實驗的大科學家們都在爆炸中死亡了。
這是一個蹩腳到極點的藉口，因為所有的帕傑羅人都知道一件事情，那就是帕傑羅科學院的大科學家們一向很謹慎，他們從來不會讓自己置於危險的境地。在咕嘟獸同志帕傑羅星時期，那些科學家們在簡易的實驗室裡就可以製作出高能炸彈。從來沒有發生過任何意外事故, 從來沒有。
但是，就在這個地堡中，這個擁有無數精密裝置的地堡中, 參與實驗的人還都是帕傑羅最優秀的大科學家，他們絕對不可能會出現任何失誤。
不過至於那些帕傑羅人是否會相信這種荒謬的說法已經不重要了，因為帕傑羅軍事派只是需要一個藉口。一個可以讓帕傑羅人都能夠接受的理由。結果已經發生，那麼全體帕傑羅人只能默默接受。
事實上也是如此，普通的帕傑羅人對於兩派之間的爭鬥早已厭煩，現在他們只希望給過平靜的生活，無論是哪個派系獲勝和他們的關係都不大，至少他們自己是這麼認為的，只要他們每天有足夠的食物，足夠的淡水，每天可以正常的工作，可以養活老婆孩子，所有的一切都無所謂。
所以，帕傑羅軍事派屠戮帕傑羅科學派並沒有在帕傑羅文明中引起任何轟動，但是那些沒有參加這次實驗的科學家們確實寒透了心，他們這個時候明白過來，帕傑羅軍事派在消滅了那些科學家們後，下一步就要對他們下手。但是此刻他們看不到任何出路，因為經過長期的策劃，帕傑羅軍事派已經在帕傑羅文明中佔據統治地位，他們掌控了百分之八十的帕傑羅軍事力量，而現在科學派的首領已經死亡，從此之後再沒有人可以和他們相競爭。於是那些失望的科學家們，只能選擇了一種極端的行為，那就是逃走。當然，他們並不是逃到其他的地方，因為現在帕傑羅軍事派已經完全掌控了整個帕傑羅，他們那樣做也許能夠躲過一時，卻很快就會把發現並抓起來。
那些科學家們知道只有逃到太空中，尋找到一顆新的星球才能倖存下來。而且這個時候，帕傑羅科學家們已經研究出了一種使用高能燃料推送的太空飛船，正準備嘗試帕傑羅文明的第一次太空探索之旅。於是這艘本來用來做科學探索的飛船，經過緊急改造變成了一艘載人飛船。
雖然從理論上講，飛船完全可以承載兩萬名科學家飛向太空，但是所有即將登陸飛船的科學家都明白一件事情，那就是這次的太空之旅成功的機率微乎及微，原因有很多方面，其中主要有兩個，一個是雖然從理論上講，這艘名為初始的飛船確實可以在高能燃料燃燒時產生的巨大氣流的推動下，脫離帕傑羅星引力的作用，飛到太空中，但是從來沒有人做過這樣的實驗，而飛船又是一種極其複雜的機械，它的內部又數百萬零件組成。這麼多零件在執行的過程中，必然會出現各種各樣的錯誤。在陸地上一旦出現錯誤，只要找到原因，很快就可以修復了，並不會產生任何不良的影響。但是在太空中，出現錯誤，那麼等待這兩萬人的就是死亡。
谷杵
另一個是，即使初號飛船成功飛到太空中，也很難發現適宜居住的星球，因為帕傑羅科學家經過數千年的研究，發現在一千光年內，並沒有適合帕傑羅人生存的星球存在。根據帕傑羅科學家的研究發現，一顆星球如果想成為宜居星球，必須要擁有足夠的水源和可以產生營養物質的有機化合物，當然富含氧氣的空氣也是必不可少的。而這時，帕傑羅科學家們並沒有在短期改造星球的能力，他們只能把希望寄託於奇蹟。