聽到成吉思汗的最後通牒，察合臺和窩闊臺這才緊張起來，開始拼命地攻城，由於守軍和居民，早已聽說蒙古大軍在其它城池的暴行，為了自保，都誓死守城，蒙古大軍死了不少人，還是攻不下來。
朮赤再也顧不上保城了，一邊命令抓來城外的當地人挖地道，一邊命令士兵帶著很多犬，去附近的卡拉庫姆沙漠上，捉來了很多沙鼠和跳鼠回來。
接下來，他先用拋石器將盛滿石油的陶罐拋入城中，使石油撒得到處都是，然後再用噴火筒將近處的石油點燃，再將抹上羊油的沙鼠和跳鼠裝入木箱，點火之後，用拋石器拋入城中。
木箱拋入城中後，立即摔破了，沙鼠和跳鼠全身是火地衝出來，尋找一切可以躲避的地方，很快將地面和房屋上的石油全點著了，城裡變成了火海。
這個時候，地道也挖通了，蒙古人從地道進城後，殺死了守城門計程車兵，然後開啟城門，朮赤帶著大軍進去，與守軍展開了艱難地巷戰。
察合臺和窩闊臺聽說朮赤拔得頭籌，已經攻進城了，縱然有些不痛快，也只得硬著頭皮，帶著大軍跟在後面進了城。
攻進城之後，守軍依然還在頑強地抵抗，蒙古大軍進行了七天的巷戰，才攻下玉龍傑赤，前後耗去了八個月的時間。
這次攻城，蒙古大軍又死傷無數，窩闊臺作為主帥，沒有聽從大哥朮赤的勸告，反而聽從了二哥察合臺的意見，又進行了瘋狂的報復。
除了城中的工匠和部分長得好看的婦女之外，蒙古大軍殺死了城裡的一百多萬人，人均殺了二十多人，察合臺為了殺得更快，又動用了軍犬。
蒙古人攻打玉龍傑赤，完全沒有按照朮赤當初的預想進行，簡直又是一個慘絕人寰的結局。
搶完了城中的財物，察合臺還意猶未盡，根本沒有徵求主帥窩闊臺的意見，便讓自己計程車兵，掘開阿姆河的河堤，引水淹了全城。
他的這一舉動，除了防止城中有人裝死，或者藏進地洞免遭屠戳以外，還有一個惡毒陰險的用心，就是不讓自己的大哥朮赤，得到一個完好的城池。
昔日繁華富麗的玉龍傑赤，在野蠻無知的察合臺和窩闊臺的命令下，變成了水鄉澤國，水面上漂浮著累累屍體，臭味連日不絕。
自成吉思汗和蒙古大軍到來後，錫爾河和阿姆河的河水，像大自然兩行悲愴的淚水，不捨晝夜地，在中亞這片土地上流淌。
見了這個慘狀，朮赤很快就病倒了，連成吉思汗想召見他們三兄弟時，也無法前行。
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