卻說克孜勒庫姆沙漠，位於錫爾河與阿姆河之間，裡面有很多石頭，石頭中含有鐵，經過氧化以後，顏色變成了紅色，因而也叫“紅沙漠”。
為了保密，成吉思汗並未將橫穿沙漠的訊息，透露給任何人，只是帶著五萬人馬，另外還配備五萬匹馬，其中包括三萬匹鐵蹄馬和一萬匹烏孫馬，一萬峰駱駝，一萬頭騾子，一邊向克孜勒庫姆沙漠行進，一邊在沿途劫掠駱駝和駝工。
到了克孜勒庫姆沙漠邊緣的錫爾河邊，蒙古軍隊已搶掠了五千多峰駱駝，單峰和雙峰的都有，加上自己帶來的駱駝，總共就有一萬五千多峰駱駝了。
駝脂最解渴，他們除了搶身體強壯的駱駝，還在搶掠過程中，殺掉了不少老弱的，然後取掉身上的駝脂，帶回了軍營。
抓來的駝工，已有一千多人，當成吉思汗叫他們來，開始打聽沙漠的情況時，他們這才意識到，蒙古人要帶著他們越過沙漠，都嚇得臉色慘白。
見了駝工的表情，一貫以沉穩厚重見稱的成吉思汗，不得不再次認真地瞭解沙漠上的情況，並讓全軍作好充分的準備。
向沙漠進軍前，成吉思汗也瞭解過沙漠的情況，因而沒有帶軍犬，卻帶上了五個盲骨子，希望在視野開闊的沙漠上，能夠幫著辨識方向。
又經過一番考慮，成吉思汗將五萬人馬分為了三隊。
速不臺帶一萬人馬為先鋒，另外還配一萬匹馬馱肉乾和乾草，五千多峰駱駝馱皮袋裝的水，五千頭騾子馱工具和攻城器械，同時還配了兩個盲骨子。
中軍由拖雷率領，有兩萬人馬，另外還配兩萬匹馬馱肉乾和乾草，一萬峰駱駝和五千頭騾子馱皮袋裝的水，同時配了一個盲骨子。
成吉思汗自己為後軍，也有兩萬人馬，配兩萬匹馬馱肉乾、乾草和少量的水，也配了一個盲骨子。
由於戰馬太多，沙漠上的草又少，為了解決戰馬的草料問題，成吉思汗還命令三軍，除了喂部分乾草，還借鑑忽魯進興安嶺打獵時的做法，用水泡過幹木耳後，再餵給戰馬，以補充草料的不足。
沙漠上，白天的氣溫高，人馬走動時，需要消耗大量的水，三隊都採用了夜行晝伏的方法。
前鋒一萬人走了一天後，拖雷才帶著人馬出發，拖雷走了一天後，成吉思汗又才出發。
速不臺帶著一大隊人馬，先沿著渾濁的錫爾河走了兩天，然後再背對北斗星，開始向南走，為了儘量走直線，他派了兩個盲骨子和十個士兵在前面探路。
早些年，成吉思汗跟隨德薛禪等人，在興安嶺打獵時，知道在莽莽老林子中，還能用太陽、樹枝的疏密等，來確定方向。
因此，在出發之前，他與大家商議時，就找到了在沙漠上確定方向的辦法。
前面探路的人，先用射火箭的方式確定直線，然後在箭落的地方插上火把，為後面的大部隊確定夜間的行進方向。
為了避免偏差，每天一早，盲骨子還要站在新月形的沙丘上，透過沙丘的紋路和北斗星來校準方向。
前鋒一旦確定方向，拖雷的中軍就簡單多了，一路沿著馬、駱駝和騾子留下的大量糞便，就可以直接行進了。為了保險起見，盲骨子也需要根據北斗星和新月型沙丘的形狀，來確定方向是否正確。