卷十、五音五味第六十五，百病始生第六十六，行針第六十七，上膈第六十八，憂恚無言第六十九寒熱第七十，邪客第七十一，通天第七十二。
卷十一、官能第七十三，論疾診尺第七十四，刺節真邪第七十五，衛氣行第七十六，九宮八風第七十七。服第四十八，五色第四十九，論勇第五十，背俞第五十一，衛氣第五十二論痛第五十三，天年第五十四，逆順第五十五，五味第五十六。整體觀念“強調人體本身與自然界是一個整體，同時人體結構和各個部分都是彼此聯絡的。
2“陰陽五行“是用來說明事物之間對立統一關係的理論。
3“藏象經絡“是以研究人體五臟六腑、十二經脈、奇經八脈等生理功能、病理變化及相互關係為主要內容的。
4“病因病機“闡述了各種致病因素作用於人體後是否發病以及疾病發生和變化的內在機理。
5“診法治則“是中醫認識和治療疾病的基本原則。
6“預防養生“系統地闡述了中醫的養生學說，是養生防病經驗的重要總結。
7“運氣學說“研究自然界氣候對人體生理、病理的影響，並以此為依據，指導人們趨利避害。
歷代醫家用分類法對《黃帝內經》進行研究。其中分類最繁的是楊上善，分做18類;最簡的是沈又彭，分做4卷。各家的認識較為一致的是髒象(包括經絡、病機、診法和治則四大學說。這四大學說是《黃帝內經》理論體系的主要內容。
摺疊髒象學說
髒象學說是研究人體臟腑組織和經絡系統的生理功能、相互之間的聯絡以及在外的表象乃至與外環境的聯絡等等之學說。
髒象學說是以五臟六腑十二經脈為物質基礎的。當然有關解剖學之內容還遠不止此，但更重要的還是透過大量的醫療實踐不斷認識、反覆論證而使此學說逐漸豐富起來的，最終達到了指導臨床的高度。
《黃帝內經》充分認識到“有諸內必形諸外“的辯證法則，使髒象學說系統而完善。髒象學說主要包括臟腑、經絡和精氣神腎。經》充分認識到“有諸內必形諸外“的辯證法則，使髒象學說系統而完善。髒象學說主要包括臟腑、經絡和精氣神三部分。臟腑又由五臟、六腑和奇恆之腑組成。
五臟，即肝、心、脾、肺、腎。
六腑，即膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦。
奇恆之腑也屬於腑，但又異於常。係指腦、髓、骨、脈、膽和
六腑，即膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦。
奇恆之腑也屬於腑，但又異於常。係指腦、髓、骨、脈、膽和女子胞。這裡邊膽即是大腑之一，又屬於奇恆之腑。
臟腑雖因形態功能之不同而有所分，但它們之間卻不是孤立的，而是相互合作、相
卷九、水脹第五十七，賊風第五十八，衛氣失常第五十九，玉版第六十，五禁第六十一動輸第六十二，五味論第六十三，陰陽二十五人第六十四。
卷十、五音五味第六十五，百病始生第六十六，行針第六十七，上膈第六十八，憂恚無言第六十九寒熱第七十，邪客第七十一，通天第七十二。
卷十一、官能第七十三，論疾診尺第七十四，刺節真邪第七十五，衛氣
卷十二、九針論第七十八，歲露論第七十九，大惑論第八十，癰疽第八十一。
元代胡氏“古林書堂“刊本將《靈樞》併為十二卷，也是與其所刊《素問》十二卷本相匹配。