他命令以豐臣秀昭為總大將坐鎮大坂指揮，任命豐臣秀次為副將坐鎮名護屋調解各大名；
任命豐臣秀家、豐臣秀貞、小早川秀秋、豐臣秀勝四人為朝鮮入役總大將，每個總大將麾下分別編制2~3個軍團。
秀家麾下編制第一~第三軍團，第一軍團長為加藤清正，自帶5600人，配屬島津義弘6200人，島津豐久、尹東長実等九州大名3200人，總兵力合計15000人。
第二軍團軍團長為上杉景勝（陣代直江兼續），自帶上杉家4500人，真田信幸1000人，結城晴朝、宇都宮秀綱、多賀谷重經、小田氏治等關東小大名合計3000人，堀秀治麾下上總眾2700人，淺野幸長麾下茨城眾4200人，總兵力合計15400人。
第三軍團軍團長由秀家自己兼任，所領為豐春家各領動員15800人，三個軍團編制合計45200，目標為平黃道方面軍，負責經咸鏡道***安道、黃海道，直接切斷朝鮮與明國之間的聯絡。
豐臣秀貞麾下編制第四~第五軍團，第四軍團軍團長由其自己兼任，所領郡山藩3200人，左竹家平藩2500人，最上藩3600人，會津藩中川家麾下3000人，出羽雄川藩尹達家1200人，出羽秋田藩800人，陸奧南部藩2050人，其他巖城、相馬、中村小藩兵力小雞2100人，第四兵團總兵力合計18450人。
第五軍團總大將德川秀忠，所領麾下德川家8850人，甲斐勝沼藩武田家800人，信濃松坂藩山內家500人，信濃松本城池田輝政2100人，三河吉田藩森忠政1500人，三河岡崎藩筒井家2500人，總兵力合計16250。
豐臣秀貞方面軍總兵力34700人，編制為朝鮮支援軍，在開戰初期負責經江原道南下配合小早川秀秋、豐臣秀勝全取慶尚道，隨後配合豐臣秀勝從江原道方向對京畿道展開攻侵。
小早川秀秋麾下編制第六~第七軍團，第六軍團總大將由其自己兼任，自帶筑前福岡藩兵力10000人，筑後立花宗茂3000人，原田統增1200人，肥後小西行長4500人兵力合計18700人。
第七軍團總大將為鍋島直茂，麾下配屬龍造寺家6500人，黑田長政所領黑田家4800人，毛利信勝、五島雅玄松浦鎮信、宗義智、大村喜前等大名4200人兵力小計15500人。
小早川秀秋麾下總兵力為34300人，為慶尚道討伐軍。目標是對慶尚道進行討伐，攻去並控制慶尚道。
豐臣秀勝領第八~第十軍團，第八軍團軍團長為毛利輝元，所領為毛利家本部21000人。
第九軍團總大將有豐臣秀勝兼任，麾下保有其所領北之莊眾3000人，豐臣秀保和歌山藩1500人，阿波蜂須賀家政1300人，贊岐宇喜多詮家4600人，土左吉川元長1800人、土左長宗我部信親1500人，肥後安國寺惠瓊、小出佑忠等大名兵力合計3000人，再加上石田三成、大谷吉繼、竹中重利、垣見一直、熊谷直盛4400人，第九兵團兵力小計17800人。
第十兵團總大將為福島正則，配屬自己麾下2500人，細川忠興2000人，丹羽長秀1000人，左久間盛政1600人，前田利長4500人，其他大谷吉繼、生駒一正、脅坂安治、仙石秀久、加藤嘉明等大名4000人，兵力小計15600人。
豐臣秀勝的方面軍總兵力為54400人，目標便是重走此前小西行長走過的老路，一路北上再克王京漢陽。
然後根據情況對忠清道、全羅道進行清繳，適當的時候北上支援在平安道駐守的秀家平黃道方面軍。
作為副將的豐臣秀次坐鎮名護屋，德川家康、上杉景勝等大名帶著剩下未編入先手入朝的軍隊等候命令。
早在秀吉的命令下達之前，這些軍隊就已經在名護屋集結待命。日本在九州重新集結大軍的情況，很快就被朝鮮和大明那邊透過各種方式傳回了國內。
但是在他們作出反應之前，秀吉就已經給前方下達了進攻的命令。但是命令下達歸下達，真的執行起來是一件非常困難的事兒。
其中困難最大的莫過於秀家和秀貞了。他們倆人的方面軍中有大量關東和九州的大名，可是在前一次征伐朝鮮失敗之後，這些大名就已經解散回到了領內。
像小早川、吉川之流，領地就在九州，一個來回很容易就能將軍隊組織起來。
但是秀家和秀貞的領地距離朝鮮太遠，即便是其他的東北大名，即便他們8在月接到命令就馬上開始動員，然後帶人趕到名護屋，也只是堪堪趕得及罷了，更別說秀家和秀貞了。
再加上兩人離開領地已經好些年份了，作為大名一直不再領內這怎麼像個話呢？
正好趁著再次動員討伐朝鮮的機會，秀家和秀吉請假，希望可以回到領內整訓領地，同時編制出陣的軍勢。