前面已經說過，因為第一階段攻伐遲緩，志後、檜山兩國並沒有被完整的拿下，秀家不得不對第二階段作出變更。
現如今經過一年的征伐，檜山和志後依舊沒有拿下。由於秀家不允許他們撤走，負責這裡攻伐任務的最上義光等人甚至開始消極怠工起來。
他們直接在志後巖內等地築城屯田，依靠秀家發給他們的冬小麥獲取一年並不多的食物。
面對逃到羊蹄山內的阿依努不足，最上義光也沒有繼續征伐的興致，反倒是伊達政宗幫著伊達成實將羊蹄山南麓、洞爺湖西側的大片土地從阿依努部族手中奪了過來。
此次豐臣秀次寫給秀家的信中，那個造成大名極大的負擔指的就是最上義光。
最上義光的女兒駒姬再拒絕了秀久的聯姻之後還是嫁給了歷史上的丈夫秀次做小，這也算是最上義光的一次政治投資。
秀次非常寵愛自己的這個妾室，面對她替父親的求情，立馬書信一封給秀家，讓他單獨解除對最上家的兵役任務。
單獨解除是不可能的，今日若是解除了最上義光的軍役令，明日就有其他大名有樣學樣。秀家之所以將本陣設在函館，就是要看住這些大名的後路，不能讓他們隨意的撤走。
但是秀次都給秀家送行開始廢物測試了，秀家自然也不能置之不理。
面對最上義光的消極怠工，秀家召他來函館私聊之後，允許其以生病修養的名義帶走一半的軍勢先返回出羽，但是對於其此戰的戰功不予承認。
能夠解放軍役對於最上義光來說就是最大的福報了，當即表示同意秀家的方案從蝦夷撤兵，而秀家則將岐阜藩的軍隊給調過去接防。
第二年的時候，戰事依舊如火如荼的展開，島上的阿依努人在秀家近15年的貿易、混雜生活之下，已經沒有了當初的蠻荒。
有些部落甚至已經開始出現了鐵質的兵器，這是一部分蝦夷總督府的逃民去幫他們生產的。
但是現在才進入鐵器時代實在是晚了一些，面對秀家這邊和總督府3萬餘軍勢的包夾，石狩、空知兩國被大致平定。
如今有大兵勢在手，秀家自然不需要和那些部落討價還價。願意依附蝦夷總督府的部落必須改服易幟，接受全面的和化管理；對於不願意接受蝦夷總督府統轄的部落，全部把你趕到靠近上川的山裡去。
日本對蝦夷的大舉進攻，終於引起了蝦夷東西南北部落的恐慌。
石狩平原的部落本來就是蝦夷較大的部落，現如今他們逃至空留東部、北部的山中和上川的部落聯合，又聯絡了十勝的部落打算對秀家這邊發動夾擊。
利用他們善用雪橇在冬日雪地中奔走的習慣，在這個冬日裡連續出擊打擊了總督府在石狩平原和日高的多座定居點，他們的抵抗意志可比志後躲在山裡的那群阿依努人要強的多。
但是隨著春天的臨近，秀家的第三波攻勢即將襲來，以豐臣秀貞所領的東北大名將會配合蝦夷總督府的部分兵丁對上川展開攻伐，而豐臣秀政將會在池田輝政等人的教導之下對十勝的阿依努部落展開進攻。
秀家的蝦夷攻伐計劃一共分為三步走，拿下上川和十勝，使得陸路可以與北見鴻之舞金山相連即可宣告完結。
在當下以兵伐道或許可以佔據蝦夷的土地，驅逐固有的部落民，但是必然有借號不遜不願意歸順的存在。對於這部分是需要長時間去剿撫的。
秀家沒有這麼多時間去鑽山溝溝去剿滅這些被打殘了的勢力，這些活將會是今後被分封在這裡的大名去負責的任務。
在秀家的計劃中，不論大坂那邊鬧的怎麼樣了，今年年底要完成蝦夷的大致攻略，最晚明年就要帶兵返回。