慶長十七年（1612年），以心崇傳奉家康之命協助京都所司代板倉勝重，一同擔當宗教行政的事務。
翌慶長十八年，以心崇傳替幕府撰寫了《伴天連追放之文》。文中規定了幕府對於天皇的本分、五攝家及三公的席次之任命和罷免，以及改元、刑罰、寺院僧侶的職位升調等規則對朝廷和大名進行立法限制。
同時編寫了對公家諸法度和專門管理寺院的寺院法度、並編制了面向諸侯門關於築城、婚姻、參勤交代、造船、關所等規定的武家諸法度。
由此可見，以心崇傳為德川幕府編制出了統治天下的所需要的法度，為德川幕府統治天下提供了合法性的支撐，甚至可以說他是德川幕府背後的影子操控者。
由此可見，以心崇傳此人能力和業務水平絕對是沒有問題的，但是後世對他的人品褒貶不一。
甚至有人說，他能得到德川家的信任，多是因為其甘願成為德川家狗腿子，為德川家鞍前馬後的原因。
這裡舉兩個例子:
在關源合戰後的十幾年中，豐臣家逐漸認清了事實，想要學當初的織田家一樣，慢慢從德川幕府的體系內淡化自己的存在。
可是盤踞大阪城中的豐臣家此時還掌握著攝津、河內、和泉三國65萬石左右的領地。
這些領地距離京都所在的山城國太近，有比鄰日本經濟城市堺町，獨特的地理位置使得豐臣家的綜合實力一直都沒有得到削弱。
再加上如福島正則、加藤清正、淺野幸長等與豐臣家親厚的大名，或念著豐臣家的恩德，或出於對豐臣家的愧疚，保持著與豐臣家的親善關係。
極好的地理位置，富饒的經濟收入，以及在大名之間極高的影響力，使得德川家康對於已經服軟的豐臣家依然如芒在背。
真當是匹夫無罪，懷璧其罪。
於是在天正十六（1611年）年時，德川家康以修復因大地震而毀壞方廣寺大佛殿的為名義，要求豐臣家出自修復寺廟。
在修復寺廟之時，鑄造銅鐘是第一件非常莊重的事情，鐘上需要用漢、梵兩種語言燒錄銘文。豐臣家的人自然不懂梵文，此事自然是交由僧侶負責。
在鍾鑄好之後以心崇傳藉著梵鍾銘文上“國家安康，君臣豐樂”的字句發揮，指稱是要詛咒腰斬家康、並祈求豐臣家繁榮。
時以心崇傳還聯合五山的許多名僧及藤原惺窩的門人朱子學家林羅山一同對豐臣家指控。終於以豐臣家詛咒家康的名義開戰，導致最後豐臣家的滅亡。
要知道以心崇傳早年遊歷諸國的時候，可是受到豐臣秀長的資助的，接過轉頭就成了滅亡恩公家族的直接推手。
寬永六年（1629年），更是爆發了“紫衣事件”。
紫衣是朝廷賜予佛教高僧最高登記的認可，這也是德川幕府時期天皇朝廷為數不多的權利，此前也都是由朝廷自言而決，幕府從沒有施加干涉。
事情的發生其實非常的小，後水尾天皇為了朝廷財政問題，允許京都大德寺和妙心寺僧侶數十人穿紫衣。
當然，如過去一樣，事先未同幕府商量。
但是由於此前在德川家女子入局天皇家血脈的問題上與朝廷沒有談攏。