隨著稅務行動之後的大清洗行動之後。
數百位官員人頭落地。
於是一場動亂不可避免的發生了。
這一場動亂的規模直接超出了朱由校的想象，南方几個省因為這些年所做的事情而恐懼，誰也不敢說自己沒問題，他們這些年日子過得太大膽了，要是被查到了那麼十個人頭也不夠砍的啊。
而且皇帝還喜歡抄家，只要自己暴露了，那麼全家都完了。
這個是最令人恐懼的，因為他們這麼做是為了什麼，一來是為了自己的慾望，二來也是為了家人啊，一人得道全家受益。
自己死了可以，家人要是沒了那可就全沒了。
所以他們開始了反抗，什麼忠君思想不忠君思想的，皇帝敢動我們那我們就和他拼命！
就這麼南方地區的動亂一點一點的擴散開來，規模大的出乎朱由校的意料，甚至參謀總部還有錦衣衛的人也沒想到事態會演變到他們控制不住的情況。
第一個月還是風平浪靜的，但是這場是以動亂在朱由校在秦淮河慰勞稅務機構的功臣為開端。
當時皇帝端著酒杯準備與這些功臣們喝一杯，就在朱由校走到這些稅務功臣的身邊的時候，一個倒酒的女子拔下了她頭上的珠釵直接的刺向了朱由校的胸膛。
這個珠釵尖部塗抹著一種劇毒，號稱見血封喉，珠釵很順利的插在了朱由校的肩膀上，但是卻沒有破皮。
朱由校自認為自己還沒有可愛到無人敢殺他的地步，在外他都穿著一件薄薄的軟甲，這件軟甲是朱由校自己參與制造的，可謂是及其用心。
材料都是用的實驗室級別的具有極高的科技含量的高分子材料，特點就是堅韌，而且柔軟，可以像普通布料一樣做成衣服穿。
這件軟甲保住了朱由校沒有受傷，卻讓他大為恐慌，這麼嚴密的布控都沒有察覺出一點異常，讓這個女子混了進來，可見要殺自己的人勢力有多大。
他便開始了對南方那些古老的勢力的消滅行動，而那些地頭蛇也不會幹等著皇帝把他們給消滅掉。
就這麼一直到天啟十三年的時候，朱由校都待在了南方地區沒有迴歸京城。
並且還將京城的內閣和六部主要官員暫時遷徙到了應天府，三年的時間朱由校全心全力的投入到了平叛的大業之中，甚至連偉大的人造人計劃都擱置了。
作為平叛主力的東方面軍第一軍，軍長曹變蛟帶領第一軍在南方地區橫衝直撞到處的剿匪平叛，三年時間犧牲第一軍士卒就達到了上萬人。
而主力西方面軍第二軍軍長曾增甚至在江西丟掉了兩根手指頭，可見這場平叛的規模之大。
不過幸好的是朱由校的主力平叛大軍沒有發生重大情況。
思想軍事雙主官制度，加上參謀部和軍事會議表決制度，讓軍隊成為一人私軍的可能性大大的降低了。
並且朱由校還使用了制勝法寶，那就是軍隊的思想建設和文化學習，還有指向性訴苦大會制度，不要問為什麼是指向性，問就是你懂得。
加上一邊平叛一邊土地改革的雙管齊下。