1297年劇情開始，整整兩季的篇幅時間僅僅差不多一週左右，阿薩（亞人：一群住在元星同步軌道大型空間站中的人）首席科學家赫雅•埃達斯（女）280歲，植入型奈米尖兵計劃執行者，原本被當做兵器培養的奈米尖兵巴德爾也就是原著主角瑞•埃達斯，在她呵護下的瑞擁有了作為兵器不該有的感情，於是瑞被阿薩執政者要求收回重置，為了讓瑞有自己的選擇，暗中做了一些手腳讓瑞定位器出問題。
而另一方面，運輸過程中被商都金蝰蛇集團羅烈劫機，後主角被兩個變種人（諾瓦和米婭）所救，之後原著主角瑞在商都廢棄區跟追風部隊冰糖心相遇，與來抓博他的亞人託瑞斯戰鬥，將其擊敗後的主角瑞（按照赫雅囑託）跟著被聯合軍僱傭的（追風部隊）去找聯合軍商都總部首領（夏克）。
而赫雅•埃達斯由於這個原因被阿薩抓回空間站（問斬？），主角瑞為了救出赫雅而不斷努力，與聯合軍聯合攻向阿斯加特（亞人空間站）。
與此同時金蝰蛇為了得到奈米尖兵的秘密，計劃讓那兩個被抓到的變種人去救下被押送的赫雅，最後遇到一個空飛船，還遇到另一個培植型奈米尖兵GA18，金蝰蛇部隊被其狂虐一頓死了一堆人。
而得到訊息的聯合軍接到最高首領的資訊，也有計劃劫持這艘飛船，最後同樣劫持了個寂寞。
最後主角團跟聯合軍攻上阿斯加特，經過一系列戰鬥，發現亞人最高首領跟聯合軍最高首領其實是同一個人。
而元星上的各勢力不論是聯合軍或者亞人，目的都是為了元星人類的延續，差不多是一群為了同樣的目標但是過程不一樣，而產生理念衝突的故事。
很有意思，整個世界觀在作者君看來是這樣：大家都為了各自理念各自理想在努力，沒有絕對對與錯。
世界觀還不錯，不是無腦對與錯的動漫，有興趣可以看看。
有點亂，簡單來說就是：
亞人知道整個元星都在一個Ⅱ型文明的陰影下，他們一切科技都來自於這個文明。所以他們目標是——方舟計劃，戴上人類基因和少數優秀人，攝取資源能源逃離元星。
聯合軍的最終目標也是為了元星全人類，只是不認同亞人做法。
金蝰蛇集團開始不明白‘聖櫃’的真實面目，（以為聖櫃無所不能）羅烈是為了復活他老婆。
變種人部落則是為了生活過的更好。（變種人可以參考X戰警，但是這裡的變種人形成原因是‘聖櫃’逸散出來的紫霧輻射造成的，順帶一提，蓋洛斯就是紫霧輻射變異物種。）
而其他愚昧的人認為聖櫃就是神物。
好了。羅裡吧嗦說一大堆，也不知道對沒看過奈米核心的人有沒有幫助，寫的不好請見諒。
阿薩（亞人）：牛逼轟轟，科技發達。主要文字：奈米文
金蝰蛇：如其名，地頭蛇。主要文字：甲骨文、小篆、中文
聯合軍：如其名。主要文字：英文
變種人：部落形式落後村莊