朱由檢下令將魏忠賢送去鳳陽以及抓捕崔呈秀，這兩件事使得朝中彈劾魏黨中人的奏摺不斷送往皇宮，內閣原封不動的直接送到司禮監！
而在這其中看到很多奏摺內容的施鳳來和張瑞圖，心中慼慼然。
終於最先忍不住的施鳳來上奏請求辭官回鄉養病，朱由檢在奏摺上面好言挽留他，希望他能繼續就在內閣為大明做事，繼續發光發熱。
然而，按照大明的慣例皇帝的這個態度不就是表明基本同意了他的辭官嗎？要是真不想讓他走不就直接當沒看見嗎。現在這不過是表現君臣友好罷了。
施鳳來長嘆一聲，開始書寫第二份辭官奏書。
這次朱由檢回覆的更快了，不過朱由檢用詞更加的和善，不停的加以挽留。
而在施鳳來眼中則是在催促他趕快回家！
心灰意冷的他在次上書辭官，果然這次朱由檢直接就依依惜別了。
收到皇帝的同意後，施鳳來在內閣告別同僚後就準備直接回鄉了！
而在他第一封辭官的奏書被朱由檢挽留後，張瑞圖心中也明白了，自己在這裡留不成了，他也就上書辭官回鄉養病。他僅僅是落後一天也被朱由檢批准回鄉了。
說實話朱由檢的確是想要送施鳳來和張瑞圖這兩位回家的，這兩位不僅和魏忠賢頗有勾結，而且歷史上朱由檢還是給了他們機會的，可惜這兩位沒有什麼能力，很快就讓崇禎皇帝失望，被送回家。
現在這種沒有能力的內閣大學士不是朱由檢也不是大明所需要的。
而施鳳來和張瑞圖辭官的訊息對於大明官場來說則是一個大地震，兩天內兩位內閣大學士辭官，這令一些人驚慌失措，更多的人也是歡心鼓舞。
在然而在他們還沒有反應過來的時候，錦衣衛和東廠出動了，大索全城。
東廠經過曹化淳的大規模整頓，已經基本上和魏忠賢切割乾淨了，經過魏忠賢時期的經營，東廠的戰鬥力是比錦衣衛要強的，可惜的是現在人數不足，不過好在骨幹還在。
上千名人員分為不同的小隊，禮部尚書田吉，刑部尚書虞景辰，太僕寺少卿曹欽程，都察院御史楊維垣、賈繼春，副都御史李夔龍等數十位官員被捉拿進入詔獄，府邸被查抄。
還有奉聖夫人以及她兒子、侄子之類的人全部被抄家，
錦衣衛和東廠由於人手都有些缺乏，都異常忙碌。
………………
而就在皇宮之中的朱由檢則在看著這段時間東廠、錦衣衛以及皇宮內部對魏忠賢一黨的清理狀況的統計。
錦衣衛由於田爾耕很早就開始有所準備，沒有出現什麼波折，抓捕了一千三百餘名錦衣衛人員，從最底層到錦衣衛同知，全部被抄家，處死八百餘人，其餘全部流放廣西。這也就造成了，短時間內京城錦衣衛人手的缺乏。
在朱由檢的授意下，田爾耕對錦衣衛內部存在的一大批受封為指揮使、指揮同知之類的人員進行了大規模清理活動。
當然重點並不是那些天啟朝以前的人員進行清理，這些人太多了，他們世襲百戶、千戶之類的，平日裡只領取俸祿，而不幹活。
這讓朱由檢難以忍受，但是這些人太多了，不能直接免去他們的世襲。錦衣衛的這些世襲官職，基本上也可以算一種爵位了，他們的祖輩都是立下大功勞的，不能一言而否決，必須要有充足的理由。
戚繼光功勞大嗎？很大，所有人都知道。但是經過朱由檢的查詢資料，明朝竟然沒有給戚繼光封爵，僅僅是一個世襲的錦衣衛指揮僉事。
還有孫承宗，由於孫承宗的第三個孫鈐和第五個兒子孫鑰，以及長孫孫之沆，都不善於讀書，身上也沒有功名，又愛好練武，因此早在天啟年間的時候，就被朱由校封賞錦衣衛的世職，兩個兒子是千戶，長孫是百戶。
等等還有很多這種情況。
查到這些後，朱由檢打消了他一股腦取消他們的情況。
僅僅是對由於魏忠賢而被封的人進行了甄別，免去他們的封賞。一共開除了百餘人。