這一場持續了三個多月的動亂，上千的人死於動亂，江北之地消失了十幾家士族，這些士族的後代全部被淪為刑家，所有的財產和土地全部充公。
但是就在各地士族逐漸安定下來之後，司馬珂並不打算就此罷手。他又立即頒佈政令，各家士族家中，不得擁有弩箭和鎧甲，私兵之數不得超過五十人，弓箭不得五十，羽箭不得過千，限令一個月遣散多餘的私兵，同時交出鎧甲和弩箭以及多餘的弓箭，否則視為謀反。
剛剛被打趴計程車族，哪裡還敢再反抗，只得乖乖的依照政令執行。私兵還好說，畢竟私兵和僮僕難以區分，將府內的私兵改個名稱即可。但是弩箭、鎧甲和弓箭這些，卻是交得極其肉疼，雖然說不可能完全執行，但是也不敢隱匿太多，否則被查出來恐怕沒有好果子吃。沒有了弩箭和鎧甲以及弓箭，就根本沒有機會去反抗。但是在司馬珂的殘酷鎮壓之下，這些士族再也沒有跟官府叫板的勇氣。況且司馬珂早就將屠刀磨好了，準備拿第一家叫板計程車族開刀。
將眾士族的囂張氣焰打壓下去之後，司馬珂又頒佈了一道政令，那就是任何士族之家，所擁有的良田不得超過三千畝。
這一道政令發出後，司馬珂並沒有讓各縣令實際去丈量各家的土地。他此舉的真正目的，是為了預防將來出現大量的良田萬頃的大士族，然後再形成一股尾大不掉的勢力。
也就是說，司馬珂的改革方向是允許有大大小小的地主存在，但是絕對不允許有尾大不掉計程車族力量存在。前者雖然也是壓在百姓頭上的大山，但是所圖的無非是錦衣玉食、功名利祿，而士族卻要影響和左右朝政。
其實在歷史上的漢朝和晉朝，都有人提出過限田的主張。
為治理“兼併”問題，漢晉王朝均採取了“限田”政策。王莽新政曾實行過王田制，“更名天下田曰王田，奴婢曰私屬，皆不得買賣”，但三年後又下詔，“諸名食王田，皆得賣之，勿拘以法”，宣佈廢止。東漢哀帝時，師丹又提出限田主張，被付諸實施為“吏民田皆不得過三十頃”的限田令，推行不長時間就“詔書且頒後，遂寢不行”。晉朝實行佔田課田制，實際也是一種限田制。這些限田政策均以失敗告終。這是因為兼併土地的不是農民，而是士族門閥集團，限田政策直接打擊的就是他們的利益。正如荀悅《漢紀》所言:“土田佈列在豪強，率而革之，並有怨心，則生紛亂，制度難行。”
但是司馬珂的政令，正是在釋出政令者手中武力強橫，江北士族式微的時期，雙方的力量懸殊較大，士族縱有怨心，也是無可奈何，故此能夠得到有效的推行。
中原之地，經歷數十年的戰亂之後，已經是地廣人稀，再加上司馬珂禁止各士族將無主的土地據為己有，便導致官府手中擁有大量的田地。因為衣冠南渡的大潮之後，那些擁有良田萬頃的大士族的田地都成了無主之物，此刻全部充公，意味著官府手中掌控了江北大半的土地。
司馬珂一面令各州郡縣做好統計和丈量工作，一面開始對北伐的軍隊推行軍功評定，然後推行軍功授田制度。
北伐大軍幾乎都是北面的流民和降卒組成，其中九成以上的都是祖籍在黃河以南，因為河北的流民大都往北面和西面跑了，只有河南的流民一股腦兒的往江南而去。
北伐軍之所以能征善戰，而且個個悍不畏死，其中一個重要的原因，就是這些北面的流民對羯人有著刻骨的仇恨。但是光靠仇恨和精神激勵是不夠，必須對這些有功之士予以獎勵，才能讓這隻軍隊更加奮勇向前，沒有後顧之憂。
司馬珂將軍功設為二十等，一等軍功授田五百畝，第二十等軍功授田兩畝。凡在疆場戰死者，一律最低按十八等軍功，至少授田五畝，同時發放撫卹金五千錢給其家人，讓這些戰死的將士沒有後顧之憂。
孟子曰：“有恆產而有恆心者，惟士為能；若民，則無恆產，因無恆心。苟無恆心，放辟邪侈，無不為已”。意思說沒有長久可以維持生活的產業而常有善心的，只有有志之士才能做到，至於老百姓，沒有固定的產業，因而就沒有長久不變的心。
軍田從本質上就是要將士卒束縛在土地上，令其不敢不聽從命令，更不能逃跑，而軍功授田則是用中國人最為看重的田土激勵他們奮勇作戰。反之，臨陣退卻，不服從命令者除了要承受軍法之外，名下的軍田也要被收回。
同時，軍功授田，可以不動聲色的讓底層的黔首、流民、自耕農等漸漸的崛起，打擊士族的特權，進而打破士族壟斷階級統治的局面。
軍功授田的下一步是軍功授爵，但是爵位要經過朝廷的批准，必當受到朝廷中士族的重重阻撓。司馬珂自從上次與謝安交談之後，知道自己遲早要走上那一步，所以沒必要提早啟動，把時間和精力耗在這方面。
司馬珂又吸取秦漢時軍功授田導致土地兼併嚴重的教訓，凡軍功所授之田，不可在民間買賣，若田地擁有者沒有子嗣繼承，則收歸官府所有。同時，明確規定軍功授田的上限，是不得超過兩千畝。若達到兩千畝的上限，則不再予以授田，以避免出現戰功顯赫的將領擁有大量的良田，再逐漸演化成軍功起家計程車族門閥，甚至出現可能謀國篡位的大軍閥。
軍功授田說起來容易，其實要推行起來工作量極大。光是土地丈量和統計，沒有一兩年的時間難以完成，軍功授田制度推行也得在一年半之後了。況且如今地廣人稀，很多土地都在拋荒狀態，找不到人耕種，這些將士就算得到了田地，也只能拋荒。
但是推行軍功授田的訊息傳出去之後，所有的北伐軍將士，無不歡欣鼓舞，更有不少人激動得涕淚交流，高呼著“大將軍萬歲”。
軍功授田讓數十萬的司馬珂麾下的兵卒從此有了躋身的途徑，使得這些北伐計程車兵，對於戰爭的意義，有了新的理解。
之前，他們只知道羯人佔他們家園，屠戮他們的家人，姦淫他們的妻女，逼迫他們背井離鄉，逃到南方，對羯人心中充滿著濃濃的仇恨。
但是隨著北伐戰爭的一路大勝，不但將羯人全部趕到了黃河以北，而且這幾年之間，不知屠戮了多少的羯人，心中的仇恨雖然依舊濃烈，卻比當初北伐初始之時要減了幾分。