鐵人隊和西洋兵加入戰場，又有其他軍隊的掩護，城內的東瀛兵雖然戰鬥意志強，但是在絕對實力面前，逐漸被打下城牆，鐵人隊第一波登上城牆，被打死一批，又衝上來一批，用人命開啟城門。
西洋兵和其他明軍發出地震山搖的呼喊聲，像瘋了一樣攻入城中，殘餘東瀛兵不能抵擋，在巷戰中被明軍盡數殲滅。
小田根戰死在城牆上，他的身體被明軍用長矛貫穿，腦袋被渡邊武砍下來去領賞，阿部忠秋在惠州城城內最高的一座建築物，看著部下被明軍消滅，長嘆一聲，跪坐在地上，剖腹見天皇。
明軍攻入建築物，看見阿部忠秋正在破腹，不等他破腹，連忙上前將其刀子踢開，然後五花大綁，渡邊武告訴明軍將領，此人是東瀛軍隊最高指揮官，能夠生擒此人，大功啊。
帶兵的將領是馬錫大將孟龍，他看著阿部忠秋，不過是一老頭兒，下令將其帶到鄭成功等高階將領面前，鄭成功懂得東瀛語，和阿部忠秋說道：“阿部大臣，可好啊？”
阿部忠秋一言不發，只求速死，鄭成功可不會讓他死，要用他來恐嚇東瀛援兵，讓部下伺候阿部忠秋，要是死了，都陪葬去。
天亮以後，城內東瀛兵死絕，整個華南地區只有渡邊武和他一百多部下活下來。
這部分軍隊獲得瞿式耜信任，瞿式耜下令將其殘部調到桂平城，和江臂通的錦衣衛整編為新錦衣衛，渡邊武為錦衣衛指揮同知，是江臂通的副將。
江臂通和渡邊武打過招呼，接受東瀛人成為他的下屬，渡邊武和他的部下全部換掉東瀛軍裝，穿上錦衣衛飛魚服，這些東瀛錦衣衛因為子彈打光了，被迫使用大明錦衣衛武器，也就是繡春刀，徹底成為大明軍人。
這也是渡邊武沒有在華南地區殘殺明人百姓，江臂通才沒有對他下死手，但是也把他的部下分到最偏遠鄉村，和當地的鄉勇擔任衛戍部隊，二十年後可以退伍回家。
這些都是後話，瞿式耜在接到攻破惠州城捷報，下令各部在惠州府駐紮，鄭成功等弘光系軍隊，也在惠州府駐紮。
因為鄭成功麾下有一隻西洋兵，還有魯王，弘光軍隊支援，東瀛援軍又即將登陸，所以兩支不同派系的軍隊沒有內訌，都在想辦法組織東瀛軍隊進攻。
東瀛軍隊遲遲沒有登陸，在港口的斥候也沒有見到東瀛艦隊影子，眾人等了三天，仍舊沒有東瀛艦隊登陸的影子，鄭成功不相信，福建斥候明明看見東瀛艦隊沿著海岸線南下，怎麼突然就不見了，莫非這支艦隊沒有抵達廣東，去了南洋？
謎底在第二天早上被揭開，鄭成功帶領部隊撤回惠州城，卻在沙灘上驚訝發現很多船隻的碎片，還有一些身著東瀛海軍軍裝的屍體，鄭成功若有所思看著海面，突然發出狂笑，部下大多是海寇出身，看著海面上東瀛海軍屍體和船隻碎片，跟著鄭成功一起哈哈大笑。
焦璉也帶著部下來到港口，看著鄭成功和他的部下發狂，有些不解，問道這是咋回事？
鄭成功興奮告訴他，東瀛援軍沒了，東瀛艦隊也沒了。
焦璉也是聰明人，看著海面上的屍體，也抑制不住興奮的情緒，和鄭成功等人開懷大笑，隨後又越來越多的東瀛海軍屍體和船隻碎片被衝到海邊。
原來是東瀛聯合艦隊即將抵達廣東，在海面上遇到暴風雨，整個艦隊被暴風雨埋沒，第二師團也跟著聯合艦隊一起命喪大海。
這一場暴風雨就像是一把大刀，將大明，東瀛，韃子勢力拉到同一起跑線。
永曆和弘光兩系軍隊在獲得東瀛艦隊和援軍覆滅以後，兩支不同陣營的軍隊，在廣東形成敵對狀態，但是誰也不敢進攻，因為兩支軍隊勢力旗鼓相當。
瞿式耜吞併吸收何騰蛟部隊以後，實力得到增長，但是渡邊武這支生力軍卻在攻打惠州城戰役中損失殆盡，鄭成功麾下西洋兵也在惠州城戰役中損失近一半力量，張名振，馬錫，焦璉等部隊也都有較大的損失，雙方都沒有力氣再進行下一場戰爭，在各自將領下死守城池，等待恢復實力，一較高下。
因為實力相當，弘光和永曆進入難得的和平期，這給秦楚繼續進攻金聲恆的機會，秦楚想到他在韃子血戰時候，金聲恆屢次偷襲贛州府，建昌府，還支援贛州府六大家族勢力偷襲雩都城，這一次，他終於有機會一雪前恥，給金聲恆一點顏色看看。
秦楚在建昌府休整部隊，隨後一路高歌，率領大軍來到南昌府，金聲恆也把麾下主力部隊集結到南昌府，欲和秦楚決一死戰，秦楚並不想消滅金聲恆，而是要儘可能削弱金聲恆，讓金聲勢力擴充到江西。
在北上之前，秦楚就已經讓左昌再一次前往南直隸，和金聲取得聯絡，在秦楚率軍抵達南昌府，金聲也率領主力部隊南下江西，九江的宋奎光不戰而降，金聲大軍從北進攻南昌府，秦楚大軍從東進攻南昌。
金聲恆在南昌城，和心腹吳尊週一起，他的部隊被何騰蛟一頓揍，雖然打退何騰蛟進攻，也損失部分兵馬，面對秦楚和金聲的進攻，金聲恆有信心守住南昌城，但是其他州府幾乎失守。
金聲恆不能接受這個損失，他讓吳尊周再一次去秦楚軍中，勸說秦楚不要繼續進攻南昌府，並且表示願意給秦楚補償。