編劇們絞盡腦汁編出了後兩部，導致吃書嚴重，很多角色也降智了。故事整體構架雖然沒有問題，不過細節上還是有過於牽強的。如果把無間道Ⅰ和無間道Ⅱ、Ⅲ放在一起看，可以明顯發現劇情存在前後矛盾，甚至可以說是割裂的……
比如說電影中在倪永孝被黃志誠一槍爆頭後，影片中的陳永仁眼神怒火沖天，下意識地便要撲向黃志誠和韓琛，明顯想要把他們打死，為哥哥報仇，結果在無間道Ⅰ裡又和黃志誠如莫逆之交，還臥底到了韓琛這邊。
這是很不合理的，既不符合人物性格，也不符合劇情走向。
因為在倪永孝死了以後，陳永仁無論憑能力還是血脈的兄終弟及，都有機會成為三合會龍頭，讓幫派變成一個由警方控制的三合會，或者暗地裡配合警方徹底摧毀三合會的勢力，堂堂正正恢復警察身份，這是最符合利益的。
在這過程中，韓琛根本威脅不到什麼，他在香港的勢力早被倪永孝清除了，就算有泰國人撐腰，也絕不會鬥得過血統正、能力強、根基深，加上警方暗中支援的陳永仁。
可陳永仁和香港警方偏偏腦筋碰線或者說編劇為了銜接《無間道Ⅰ》的劇情，只能硬生生讓陳永仁放著臥底成黑老大這條康莊大道不走，反而向韓琛投誠，交出了全部地盤和人馬，自己心甘情願去當韓琛手下一個小弟，繼續臥底，試圖扳倒韓琛。
韓琛也是腦筋有問題，他害死了倪永孝，屠盡了倪家老小，還敢讓陳永仁這個唯一的倪家血脈留在自己身邊做事，簡直是弱智中的弱智，他是真不怕陳永仁隨時反水把他滅掉。
反觀陳永仁，他也是真夠勇，絲毫不怕韓琛把他這個倪家獨苗順手拍死……
還比如說，陳永仁在發現劉建明是韓琛派的臥底後，立刻走掉並與劉相約天台，來了一場個人英雄主義的決鬥，卻被韓琛派出的另一個臥底大B一槍爆頭……這明顯是電影為了設計高潮，為了悲劇而悲劇設計的橋段。陳永仁當時明明有一萬種可以恢復警察身份，並揭穿劉建明的辦法，唯獨選了最蠢的一種。
以及在無間道Ⅰ影片開頭，韓琛居然把幾個臥底都召集在一起給他們敬酒送行，這操作堪稱智熄，完全違背臥底單線聯絡的規矩。而在後續，劉建明那五個臥底一起喝酒踐行，一起警校同學，一起臥底在警局，居然也能互相不認識……諸如此類的‘錯誤、硬傷’，無間道三部曲裡還有很多很多。
最不應該的，就是倪永孝和韓琛這兩個黑社會居然敢殺高階警司，而且採取的方式一個是汽車炸彈，一個是從高空把人扔下來，都是大庭廣眾下惡劣影響極大的。這真是自尋死路，黑社會歸根結底是為了獲取利益，是搞生意，不是玩恐怖襲擊的恐怖分子。從他們做出這種舉動之後，唯一的下場就是滅亡，沒有別的結果。
實際上現實裡的香島，不論什麼時代，黑社會也不敢動警察。兩者地位差距非常懸殊，哪怕被最低階的巡警扇耳光，最囂張的幫派成員也只能服服帖帖的站著。
那些O記（全稱有組織罪案及三合會調查科）的探長時常就會把各堂口的老大叫過去，當著其小弟的面把他們老大訓的跟狗一樣。
所以，無間道這部電影，全都是編劇構架的玄幻背景，用來體現黑白對抗，善惡對立，臥底兩難心理用的。當然，這就是純屬和電影戰設定了，雞蛋裡挑骨頭，來一句架空位面完全可以解決這些問題……
“以電影來說，戲劇性和邏輯性上找到完美的組合是相當困難的事。所以妥協之下，從商業角度來說，當然是戲劇性更重要，後者可以部分被捨棄。”
李尋安挑了一堆電影中大大小小的劇情漏洞和硬傷，聽得陳永仁頭皮發麻，最後還做出了總結。
“而真正的生活嘛，很複雜，比電影更講邏輯，也更荒誕離奇。當然不是編劇和作家那貧瘠的大腦所能描繪出來的，你說是不是？”
“……嗯。”
陳永仁沉默片刻，點了點頭又望向窗外，扯動嘴角露出一個不是很由衷的笑：“陪我出去逛逛吧？難得來一次。如果可能，我其實挺想看看現在的香港，還有那個長得和我一樣的演員。”
李尋安不置可否：“皇家警察陳sir，你沒有港澳通行證，所以就不要多想了。”